В то время в рядах арагонцев играли потрясающие футболисты, которые были известны в Испании под прозвищем «Los Magníficos» («великолепные»). Среди них были Канарио, бразильский форвард, игравший в «Реале» и «Севилье»; Элеутерио Сантос, полузащитник с замечательным голевым чутьем, забивший за «Сарагосу» 96 мячей в 280 играх; Карлос Лапетра, забивавший в обоих победных финалах Кубка Короля; Марселино Мартинес, автор решающего мяча в ворота сборной СССР в финале чемпионата Европы в 1964-м, и Хуан Мануэль Вилья, воспитанник мадридского «Реала» и любимец сарагосских болельщиков. Эта пятерка, как через двадцать лет знаменитая «пятерка Бутрагеньо», была на слуху у всех любителей испанского футбола. А в 1962-м перуанец Хуан Семинарио завоевал трофей Пичичи, став лучшим бомбардиром Ла Лиги с 25 голами в 30 матчах – и это когда в Испании все еще играли великие Ди Стефано и Пушкаш.
Но футбол не стоит на месте, а клубы постоянно сменяют друг друга на вершинах чемпионатов и кубковых баталий. В сезоне 1970/71 «Сарагоса» вылетела в Сегунду, но сумела быстро вернуться в Ла Лигу и через четыре года даже сумела провести лучший сезон в испанском чемпионате в своей истории, заняв второе место после мадридского «Реала» и обойдя в турнирной таблице «Барселону» и «Реал Сосьедад». Всего через пару лет арагонцы вновь оказались в Сегунде.
80-е были более стабильными, а в 1986-м «Сарагоса» выиграла свой третий Кубок Короля – ровно через двадцать лет после второго. В полуфинале соревнования был повержен «Реал Мадрид», а в финале – «Барселона». В наступившей декаде арагонцы также оставались грозной силой в испанском футболе, завоевав четвертый Кубок страны в сезоне 1993/94.
Но самой громкой победой команды в 90-х стал, без сомнения, Кубок кубков в 1995-м, когда «Сарагоса» обыграла в четвертьфинале «Фейеноорд» Хенрика Ларссена, попав на «Челси» в полуфинале. Домашняя победа со счетом 3:0 в первом круге позволила подопечным Виктора Фернандеса выйти в финал, несмотря на поражение 1:3 на «Стэмфорд Бридж». Здесь испанцев поджидал действующий чемпион Англии, лондонский «Арсенал». На 68-й минуте «Сарагоса» вышла вперед благодаря голу Хуана Эснайдера, поигравшего потом в «Реале», «Атлетико» и «Ювентусе». Уже через 9 минут лондонцы ответили: мяч забил валлиец Джон Хартсон. Основное время завершилось при счете 1:1, дополнительное уже подходило к концу, и команды мысленно готовились к серии пенальти, когда воспитанник «Барселоны» полузащитник Найим заметил, что вратарь «Арсенала» Дэвид Симен далеко вышел из ворот, и неожиданным ударом с сорока метров принес своей команде победу и второй международный трофей в ее истории.
Через шесть лет «Сарагоса» вновь завоевала Кубок Короля, несмотря на 17-е место в Ла Лиге, обыграв в финале «Сельту», а в 2004-м к команде пришел предпоследний на данный момент трофейный успех. «Галактикос» из мадридского «Реала» не сумели вырвать победу в драматичном матче, где победный гол в дополнительное время забил Лусиано Галлетти, доведя счет до 3:2, после мячей Дани Гарсии с Давидом Вильей и Роберто Карлоса с Дэвидом Бэкхемом. Этот успех был дополнен августовским противостоянием с «Валенсией», где в двух матчах решалась судьба Суперкубка Испании. Несмотря на домашнее поражение с минимальным счетом, «Сарагоса» сумела отыграться на «Месталье», где выиграла 3:1 и завоевала трофей.
Успех в Кубке Короля позволил арагонцам выступить в Кубке УЕФА в победном для «ЦСКА» сезоне 2004/05, где испанская команда дошла до 1/8 финала и уступила «Аустрии» из Вены по разнице забитых мячей на чужом поле. Через два года «Сарагоса» завершила сезон на шестом месте в Ла Лиге, что вновь позволило ей попробовать собственные силы в Европе, но клуб не вышел даже в групповую стадию турнира. В чемпионате Испании команду также ждал провал, поскольку арагонцы завершили сезон на 18-м месте и вылетели из Ла Лиги. Несмотря на быстрое возвращение в элиту пиренейского футбола, клуб окончательно превратился в аутсайдера, последовательно став 14, 13, 16-м и, наконец, 20-м, чтобы покинуть Ла Лигу в 2013 году.
Этот вылет стал третьим для «Сарагосы» в новом тысячелетии. Клубу откровенно повезло, поскольку арагонцы должны были оказаться в Сегунде годом ранее, но тренеру Маноло Хименесу удалось спасти свою команду, забивавшую важные мячи на последних минутах, одержавшую несколько неожиданных побед с минимальным счетом и избежавшую вылета только в последнем туре. В том сезоне наставник «Сарагосы» говорил: