В свете этих требований и был составлен Мегарский указ 432 г. до н. э. (или так называемая Мегарская псефизма), которым был введен полный экономический бойкот острова Мегара, поскольку мегарцы «осквернили» афинские храмы и укрывали рабов, бежавших из Афин. Перикл был опять же загнан в угол. Отказ от бойкота привел бы к ослаблению его позиций в Афинах и показал бы Спарте, что спартанцы могут наносить ущерб афинским владениям в других местах. Если бы Спарта не стала следовать этому курсу, решили бы, что спартанский царь Архидам II ставит личную дружбу с Периклом выше интересов полиса. Народы призывали обоих лидеров действовать, проводя политику, которую каждый из лидеров считал опасной и ведущей к дестабилизации. С точки зрения и Фукидида, и таких современных историков, как Аллен, ловушка возникает даже тогда, когда лидеры осознают опасности, но обстоятельства заставляют их действовать определенным образом, который в других условиях был бы иррациональным и опасным. По рассказу Фукидида, после одного бурного спора партия войны в Спарте одержала победу и голосованием было принято решение начать войну, поскольку спартанцы боялись, что Афины станут самой сильной державой в греческом мире.
Силы Спарты вторглись в Аттику и начали опустошать афинские территории и владения. Афинская стратегия, разработанная главным стратегом Периклом, состояла в том, чтобы укрыться за городскими стенами и, полагаясь на богатство города и флот, поджидать спартанцев, совершая при этом морские набеги, но не вступать в прямые столкновения. Стратегия и лидерство Перикла – одна из главных тем в повествовании Фукидида. «Надгробная речь» Перикла и следующие за ней речи – прославление афинского богатства, силы и политической мудрости, но в то же время косвенная апология консервативного курса самого Перикла. Однако в 430 г. до н. э. Афины поразила вспышка чумы, от которой погибла примерно треть афинского населения (Фукидид тоже ее подхватил, но выжил, что придает дополнительное значение тому, как у него обсуждается это событие). Чума поставила под вопрос мудрость стратегии Перикла. Она ярко высветила важные качества афинской политической культуры, которые мы будем исследовать далее. После чумы Перикла сняли с должности, а его противники попытались заключить мир со Спартой, но не добились успеха. В результате этой неудачи Перикла снова избрали, но в 429 г. до н. э. он умер от последствий чумы.
Заключительный промежуток первой войны (429–421 гг. до н. э.) и Никиев мир характеризовались борьбой различных афинских фракций, стремившихся занять лидерские позиции в отсутствие Перикла, а также поисками нового военного курса. В 428 г. до н. э. город Митилена на Лесбосе взбунтовался против афинян, что вызвало у последних опасение в общем развале Афинской империи. Митиленский бунт завершился неудачей, однако он стал началом для знаменитого спора о наказании митиленцев (подробнее мы обсудим его далее). В споре участвовал и Клеон, ставший лидером партии войны. Клеон – герой, которого Фукидид, очевидно, не уважал, однако изобразил его в качестве представителя более агрессивной стратегии, которая привела к победе в Пилосе. Эта стратегия была продолжена Клеоном, а на спартанской стороне ее аналог развивался военачальником Брасидом. Они сошлись друг с другом в битве под Амфиполем в 422 г. до н. э. Брасид руководил захватом Амфиполя, отбитого у афинян, тогда как Фукидид был военачальником, отвечавшим за расположенный неподалеку афинский флот. Поражение в этой битве привело к обвинению Фукидида в предательстве и изгнанию из Афин, когда он и стал писать свою историю. Клеон руководил экспедицией, нацеленной на то, чтобы снова отобрать Амфиполь у Брасида; и он, и Брасид погибли в этой битве, причем победа досталась спартанцам. В результате смерти двух протагонистов обеих сторон, поддерживавших агрессивную политику, партия мира в Афинах (которой руководил Никий) стала требовать мирного договора, что ознаменовало конец первой части войны, которую часто называют Архидамовой войной.
Хотя Никиев мир продлился четыре года, он никогда не был устойчивым, поскольку его условия не удовлетворяли ни одну из сторон, а многие союзники Спарты отказались его ратифицировать. Конфликт продолжился завоеванием Афинами острова Мелос, послужившим основой для Мелосского диалога. Однако наиболее важным актом, оборвавшим мир, оказалась масштабная кампания Афин против Сиракуз в Сицилии. Сицилийская кампания и вызванные ею споры стали фоном для введения Фукидидом нового героя – Алкивиада, племянника Перикла, сыгравшего противоречивую роль в последовавшей войне и отличившегося в разные времена в Афинах, Спарте и даже Персии.