Третий период истории Церкви на территории Албании продолжался с начала XI в. по 1767 г. В конце IX — начале XI в.в. Албания входила в Болгарское царство Самуила. В 1018 г., после завоевания Византией Болгарского царства, император Василий II для управления Церковью на присоединенных к империи болгарских землях создал Охридскую архиепископию, включив в ее юрисдикцию 32 церковные епархии на территории современных государств Болгарии, Македонии, Южной Сербии и Албании. На территории современной Албании в нее вошли пять епископий:
Акрокеравнийская (Главеница), Пульхериопольская (Берат), Церникская, Адрианопольская, Бутротская. Диррахийская митрополия в XI–XIII в.в. по-прежнему входила в юрисдикцию Константинопольского Патриархата. Последнее упоминание митрополита Диррахийского в юрисдикции Константинополя относится к 1280 г., позднее он числится в юрисдикции Охрида. Как произошел переход в другую юрисдикцию — неясно.
Захват Византийской империи латинянами (1204) привел к тому, что в регионе современной Албании, особенно в северном районе (Шкодер, Круя), было сильно влияние Католической Церкви. В 1273 г., после гибели во время землетрясения православного митрополита, на Диррахийскую кафедру был поставлен католический епископ.
Возникновение первого государственного объединения — Арберийского княжества, или принципата, — относится к концу XII в. В дальнейшем части территории Албании в разное время входили в состав Эпирского деспотата, Византии, Болгарского и Сербского царств.
В 1335 г. византийский император Андроник III предпринял поход из Константинополя и достиг Диррахия, восстанавливая византийское господство на территории Албании, но империя потеряла контроль над этими территориями уже в 40-х г.г. В середине XIV в. Албания попала под власть Сербского государства, что привело к упадку многие епархии. После смерти Стефана Душана (1355) его обширное царство распалось; на его территории стали образовываться небольшие княжества. Среди крупных родов выделялись Топия. В 1392 г. князья Топия передали Диррахий венецианцам, которые контролировали его до 1501 г.
В начале XV в. большинство районов Албании были покорены турецким султаном или признали вассальную зависимость от него. В течение почти всего XV в. Албания сопротивлялась турецкому завоеванию. Это сопротивление связано с именем национального героя Албании Георгия Кастриоти, прозванного Скандербегом. В 1443 г. он изгнал турок из своих родовых владений в Круе и поставил под свой контроль значительные территории современной Албании, создав союз (лигу) князей. Он успешно отразил карательные походы двух турецких султанов, заручился поддержкой Неаполитанского королевства и папства. После смерти Скандербега в 1468 г. его преемники продолжали оказывать сопротивление османским завоевателям. Только в 1479 г., после падения Шкодера и Дерреса, османам удалось установить свое господство над всей Албанией.
В период пребывания Диррахийской епархии в юрисдикции Охридской архиепископии в источниках упоминается то митрополит, носящий титул предстоятеля Церкви Диррахия и Гора-Мокра, то митрополит Диррахия и епископ Гора-Мокра.
О времени основания Белиградской митрополии точных сведений не сохранилось (Белиград — совр. Берат). Название Белиград встречается в начале XIV в. Город был завоеван османами в 1431 г. Упоминаются 20 имен архиереев Белиградской митрополии, из которых наиболее известными являются Игнатий (1691–1693) и Иоасаф (1752–1760 и 1765–1801). При Иоасафе Белиградская митрополия вернулась в юрисдикцию Константинопольского Патриархата.
Корчинская область еще до построения самого г. Корча (1490) относилась к Касторийской митрополии (Кастория — современная территория Греции), которая также входила в Охридскую архиепископию. Корчинская митрополия основана в начале XVII в., она объединила Колонийскую, Деволскую и Селасфорскую епископии. Первым известным епископом. Корчинским является Неофит (1624 и 1628). В 1670 г. архиепископ Охридский Парфений, происходивший из Корчи, возвысил свой родной город в ранг митрополии, первый епископ которой носил титул митрополита Корчинского, Селасфорского и Мосхопольского.
Епископии Южной Албании по-прежнему входили в юрисдикцию Константинопольского Патриархата. Из известных 18 Дельвинских епископов наиболее древний — Манасия (1270). Имеется множество свидетельств об истории епископии Дриинопольской в Х — XVIII в.в. Из известных 41 ее епископа такие выдающиеся, как Софиан (1672–1700) — борец против исламизации, Митрофан (1752–1760) — музыковед и Досифей (1760–1799), которому в эпоху господства мусульманских властей удалось воздвигнуть около 70 храмов.