Основные положения принятого в 1929 г. Албанским Св. Синодом первого Устава об управлении Церковью утверждали исключительно национальный характер Церкви. В уставе говорилось, что архиепископ и епископы должны быть по крови и языку албанцами и албанскими подданными. Эти положения Устава явились прямым нарушением слов апостольских о Церкви Христовой, в которой «нет уже иудея, ни язычника», но все составляют «одно во Христе Иисусе» (Гал. 3, 28). Константинопольская Патриархия отрицательно восприняла свершившееся в Абланской Православной Церкви. Непризнание Поместными Православными Церквами автокефалии Албанской Церкви, усиленная католическая пропаганда и недоброжелательное отношение к Православию правительства Зогу поставили Албанскую Церковь в труднейшие условия. В 1930 г. правительство Зогу издало декрет «О религиозных общинах», согласно которому церковное имущество поступало в распоряжение местных властей, а не самих общин. Священнослужители были лишены избирательных прав.
В мае 1936 г. архиепископ Виссарион подал в отставку. В апреле 1937 г. делегация албанских церковных деятелей во главе с епископом Синадским Христофором (управлял Бератской митрополией) вступила в переговоры с Константинополем о даровании законной автокефалии Албанской Церкви. Переговоры закончились успешно — 12 апреля-1937 г. последовал Синодальный Томос, признавший автокефалию Албанской Православной Церкви.
Почти вся албанская иерархия была сменена. Архиепископом Тираны и всея Албании был поставлен Синадский епископ Христофор. В Константинополе были хиротонисаны епископы на Корчинскую и Аргирокастрскую кафедры. Албанский архиепископ должен был брать св. Миро в Константинополе и туда же обращаться с вопросами общецерковного характера.
В годы Второй мировой войны, когда в 1939 г. Албанию оккупировала фашистская Италия, многие священнослужители молодой Автокефальной Православной Церкви приняли непосредственное участие в борьбе с захватчиками. Начались попытки подчинения православного населения власти Римского престола через унию. С этой целью римско-католические миссионерские ордена стали проникать в южные районы страны.
Известнейшим предстоятелем Албанской Православной Церкви был архиепископ Паисий (Водица, 1886–1966). В ноябре 1942 г. архимандрит Паисий был избран членом Национально-Освободительного Совета. В августе 1949 г. он был возведен на пост главы Албанской Православной Церкви. В качестве его преемника был избран 73-летний епископ Дамиан (Коконеши). На кафедре Предстоятеля Церкви он пробыл всего около года — в 1967 г. его заключили в тюрьму, где он, предположительно, в ноябре 1973 г. и скончался.
11.1.4. Албанская Церковь в условиях коммунистического режима. Налаживание церковной жизни
После освобождения Албании от захватчиков к власти в стране пришли коммунисты. В январе 1946 г. была провозглашена Народная Республика Албания во главе с генеральным секретарем Коммунистической партии Албании Э. Ходжей (1908–1985). Начались политические репрессии, преследование верующих.
Со второй половины 60-х годов никаких известий о положении Албанской Православной Церкви не поступало. Коммунистический режим Энвера Ходжи в 1967 г. закрыл все церкви, а правительство заявило, что Албания является первой страной в мире, в которой полностью ликвидированы все религиозные объединения. 4 апреля 1967 г. появился документ, запрещающий любое отправление культа. Албания была объявлена атеистическим государством. Конституция 1976 г. содержала статьи о непризнании религии государством и о запрещении религиозных организаций, религиозной деятельности и пропаганды. Гонения приняли массовый характер. Были разрушены сотни храмов, большинство монастырей, уцелевшие храмы и монастыри превращены в мастерские, склады и т. п. Клирики были лишены сана. Священнослужителей и активных прихожан отправляли в места заключения, многие из них приняли мученическую смерть. Отказывавшихся подчиниться расстреливали на месте. Тех верующих, которые дерзали перекреститься на виду у других, осуждали к тюремному заключению на 10 лет.
Со смертью Э. Ходжа в 1985 г. усилилось общественное противостояние безбожному режиму. Весной 1991 г. пал коммунистический режим и в Албании установилась многопартийная система. Началось восстановление Православной Церкви и всей религиозной жизни в стране. В 1991 г. около трех тысяч православных в Албании собрались на пасхальное богослужение в единственном действующем в Тиране православном храме.