В период исламского владычества самым серьезным испытанием для Церкви Албании было массовое принятие ислама албанцами. Исламизации населения способствовало и отсутствие христианской литературы на родном языке. В то же время в приморском регионе Химары действовали различные пропагандистские римо-католические миссии. Для укрепления Православия во многих районах с XVII в. возводились новые монастыри, которые превращались в центры духовного делания, противостояния иноверию, воспитания, напр., в монастырях Равенийском, Пепельском, Дринском, Чепском, Поличанском, Чатистском, Каменском, Лесиницком, Кокамьяском, Паяашском, Химарском, Дримадском, Кипарском, Хормовском, Кодрском, Арденицком, Аполлонийском, Предтеченском в Мосхополе (совр. Воскопоя), и др.
Православное население поддерживали клирики. Особенно отличался иеромонах Нектарий (Терпос) из Мосхополя. Он подвизался в период с 1719 по 1730 г.г. в области Берата и Спафии. Бежал от преследований в Италию, где издал свою книгу «Вера», которой старался отвратить православных от ислама.
Во многих местах Албании со строительством храмов и организацией школ сопротивление исламу усиливалось. В числе наиболее важных центров был Мосхополь, построенный в труднодоступной гористой местности. Большое положительное значение имело отсутствие в городе военной османской администрации, В XVIII в. он имел примерно 60 тыс. жителей. Население его было достаточно однородно в религиозном и социальном отношении — это были православные купцы и ремесленники. Экономическое благосостояние и городское самоуправление определили и высокий культурный уровень жизни в городе. Большую славу стяжала «Новая Академия» Мосхополя (1744), ее библиотека и типография. В городе было 20 храмов. До 1670 г. Мосхополь непосредственно подчинялся архиепископу Охридскому, а затем — Корчинской митрополии. Его упадок начался после разграбления, которому он в условиях феодальной анархии трижды подвергся в 60-80-х г.г. XVIII в.; ныне превратился в деревню.
Чтобы избежать исламизации и сохранить свою веру, отдельные группы христиан в период османского завоевания предпочитали становиться «криптохристианами». Они имели имена и внешее поведение мусульман, однако в семейной жизни сохраняли православные традиции. Наиболее типичным случаем криптохристианства в Албании является Тоскидон (Спафия) — горный район южнее Эльбасана. Это явление продолжалось с конца XVII в. до конца XIX в. В этом регионе были и новомученики.
Четвертый период истории Церкви в Албании продолжался от 1767 г., когда вместе с Охридской архиепископией албанские епархии были подчинены Константинопольской Патриархии, до 1937 г. — канонического дарования автокефалии Албанской Православной Церкви. В этот период реорганизуются митрополии и епископии, строятся новые храмы и предпринимаются систематические усилия по духовному пробуждению православных. Выдающейся личностью этой эпохи является св. Косма Этолийский, который с 1775 г. подвизался в Албании, завершив свою миссионерскую деятельность мученичеством в 1779 г. в Берате. В годы духовной зависимости православных албанцев от Константинополя в их школы и богослужение настойчиво вводился греческий язык.
В XIX в. в Албании пробуждается и быстро растет сильное движение против власти фанариотов. Создается албанская азбука, появляется национальная литература. Большую роль в духовном возрождении своего народа в это время сыграли православные албанцы, несколько ранее эмигрировавшие в Болгарию, Румынию и США. Они основали национальные «дружества», которые деятельно распространяли национальную литературу.
В XVIII–XIX в.в. предпринимались попытки перевода Священного Писания на албанский язык. Среди переводчиков первым упоминается иеромонах Григорий Константинидис, впоследствии митрополит Диррахия, который перевел Ветхий и Новый Завет, используя албанский шрифт, но этот перевод не сохранился. В XIX в. Григорий Агирокастрский (епископ Эвбейский) опубликовал перевод Нового Завета на албанском языке греческим шрифтом. Позднее свет увидели переводы К. Христофоридиса на гегском (1869) и тоскском (1879) наречиях также греческими литерами.
Конец XIX — начало XX столетий ознаменовались в истории Православия в Албании резким разделением в среде духовенства на высшее и низшее. Епископат, состоящий из греков, всеми способами стремился продолжить эллинизацию албанцев. Большинство же низшего духовенства, по национальности албанского, выступило за введение в богослужение своего языка и вообще за восстановление местных церковных традиций.