15 марта 1939 г. чешские земли были оккупированы фашистской Германией. Здесь был создан имперский протекторат в Чехии и Моравии. Немецкие власти стремились всех православных, проживающих на территории протектората, подчинить Берлинскому архиепископу Серафиму (Ляде, 1883–1950), который состоял в юрисдикции Карловацкого Синода. 3 ноября 1939 г. было заключено соглашение о переходе приходов, управляемых епископом Сергием Пражским, в ведение архиепископа Берлинского. В 1941 г. епископ Горазд вел переговоры с архиепископом Серафимом, Министерством церковных дел в Берлине и Министерством просвещения и народного образования в Праге о юридическом положении его епархии в новых условиях. 4 марта 1942 г. было утверждено специальное дополнение к уставу Чешской Православной епархии. В нем говорилось, что до времени окончательного решения юрисдикционного вопроса епархия, не отказываясь от сербской юрисдикции, временно подчиняется архиепископу Берлинскому.
27 мая 1942 г. группа чешских парашютистов, заброшенных из Великобритании, расстреляла генерала полиции обергруппенфюрера СС Рейнгарда Гейдриха. Священник пражского кафедрального собора святых Кирилла и Мефодия предоставил им убежище в крипте храма. Через 22 дня они были обнаружены гестапо. Епископ Горазд, священники кафедрального собора Вацлав Чикл и Владимир Петршик, а также староста храма Ян Сонневенд были взяты под стражу и расстреляны 4 сентября 1942 г. 27 сентября того же года было запрещено существование Чешской Православной Церкви, ее имущество конфисковано, все православные храмы были закрыты, духовенство подвергнуто арестам и заключениям, миряне отправлялись на принудительные работы в Германию.
30 мая 1942 г. был арестован и архиепископ Савватий. После месячного тюремного заключения его отправили в концентрационный лагерь Дахау. Ему вменялось в вину крещение пражских евреев. Поэтому вышеупомянутый запрет существования Чешской Православной Церкви распространялся на общины как сербской, так и константинопольской юрисдикции. Ликвидации избежали только русские приходы, управлявшиеся епископом Сергием.
После захвата фашистскими войсками чешских земель на территории Словакии было провозглашено самостоятельное государство, находившееся в фактической зависимости от немецких властей. Закарпатье вошло в венгерскую зону оккупации. Мукачевский епископ Владимир (Раич) был взят под стражу венгерскими властями. Православные приходы Закарпатья и Словакии перешли в подчинение архиепископу Серафиму (Ляде).
13.1.3. Установление автокефалии Чехословацкой Церкви
После войны церковная жизнь, несмотря на тяжелое положение после оккупации, стала налаживаться, и Православная Церковь получила равные права с другими исповеданиями, в том числе и на материальное обеспечение от государства.
Но Церковь была без епископа, не имелось даже кандидатов на этот пост. Поэтому она обратилась с просьбой к Церкви-Матери в Сербию. Однако Сербская Церковь сама нуждалась в кандидатах для епископского сана. В это время (в 1945 г.) ряд приходов Русской Церкви за границей во главе с епископом Сергием (Королевым) воссоединился с Московской Патриархией. Подкарпатская Русь вошла в СССР как Закарпатская область Украинской ССР. По соглашению Синодов Сербской и Русской Церквей Мукачевская епархия перешла в юрисдикцию Московской Патриархии. 8 ноября 1945 г. епархиальный съезд Чешской Православной епархии принял решение начать переговоры о выходе из юрисдикции Сербской Патриархии и переходе в подчинение Русской Церкви. В мае 1946 г. в Прагу прибыл из Москвы архиепископ Елевферий (Воронцов), создавший на территории Чехословацкого государства Экзархат Московской Патриархии, о чем ранее было достигнуто соглашение с Сербским Патриархатом. Тогда же произошло воссоединение Пряшевской епархии в Словакии с Чешской Церковью, а в 1948 г. Сербская Церковь окончательно отпустила православных чехов в юрисдикцию Московского Патриархата. Трудами архиепископа Пражского Елевферия была возрождена нормальная жизнь Православия в Чехословакии. В 1946–1947 г.г. в Чехословакию вернулись волынские чехи, которые также были православного вероисповедания. Их переселение было одной из причин численного роста православных общин. До 1949 г. Экзархат включал в себя две епархии — Чешско-Моравскую с центром в Праге и Восточно-Словацкую с центром в Прешове. В 1949 г. было решено разделить Чешско-Моравскую епархию на две — Пражскую и Оломоуцко-Брненскую.