В Восточной Словакии в среде униатов вновь участились случаи возвращения в Православие. Этому способствовало уничтожение греко-католических церквей на Украине, в Закарпатье и Румынии. Однако этот естественный процесс был форсирован властями по политическим мотивам, что впоследствии создало серьезную церковную проблему, не решенную и поныне. 28 апреля 1950 г. собор греко-католического духовенства и мирян в Прешове окончательно ликвидировал Ужгородскую унию. В Восточной Словакии были созданы две епархии — Прешовская во главе с епископом Алексеем (Дехтяревым) и Михайловская во главе с епископом Александром (Михаличем). Таким образом, к середине 1950 г. Экзархат Московской Патриархии в Чехословакии включал в себя четыре епархии.
В 1951 г. Священный Синод РПЦ предоставил Православной Церкви Чехословакии автокефалию по просьбе Экзаршего Совета. Первым митрополитом независимой Церкви стал владыка Елевферий (1892–1959), пробывший на этом посту до 1955 г. Его преемниками были митрополит Иоанн (Кухтин, 1901–1975) в 1956–1964 г.г., митрополит Дорофей (Филипп, 1913–1999) в 1964–1999 г.г., и с 2000 г. — митрополит Николай (Коцвар).
Дарование автокефалии православным чехам и словакам Русской Церковью не было признано Константинопольским Патриархатом, который с 1923 г. рассматривал Чешскую Церковь как свою автономию без достаточных к тому оснований. Вслед за ним и другие греческие Церкви — Александрийская, Иерусалимская, Кипрская и Элладская не признали Акта о даровании Чехословацкой Церкви автокефалии.
Архиепископ Савватий (Врабец) не вошел в юрисдикцию Московской Патриархии. Оставшись без храмов, он продолжал жить в Праге, имея незначительное число сторонников. Скончался в ноябре 1959 г.
В 1968 г. в Чехословакии была восстановлена Греко-Католическая Церковь. Это вызвало в Восточной Словакии процесс массового возвращения в унию, сопровождавшийся насильственными захватами храмов и церковных учреждений.
После крушения коммунистической системы к концу 1992 г. стал очевидным скорый распад Чехословацкой Федеративной Республики на два независимых государства. В связи с этим Поместный собор Чехословацкой Православной Церкви высказался за сохранение единой автокефальной Церкви, распространяющей свою юрисдикцию на территорию двух независимых государств. Однако в соответствии с новой политической ситуацией было принято решение о перемене официального наименования Церкви. Отныне она стала называться Православной Церковью в Чешских землях и Словакии. Был принят новый Устав Церкви, по которому единый Митрополичий совет был разделен на два самостоятельных органа — Митрополичий совет Чешских земель в Праге и Митрополичий совет Словакии в Прешове. Предстоятелем Церкви отныне может быть избран как архиепископ Пражский, так и архиепископ Прешовский. Едиными для всей Церкви остались Священный Синод и Поместный собор. Прешовский собор 1992 г. принял решение о канонизации моравского князя Ростислава, инициатора кирилло-мефодиевской миссии среди славян.
1 января 1993 г. Чехословацкая Республика разделилась на два государства — Чехию и Словакию, на территорию которых распространяется каноническая власть единой Поместной Церкви.
27 августа 1998 г. Константинопольский Патриарх Варфоломей в ответ на послание митрополита Пражского издал Томос о даровании автокефалии Православной Церкви в Чешских землях и Словакии, который рассматривается современными чешскими канонистами как акт признания Константинополем автокефалии, полученной в 1951 г. от Русской Православной Церкви.
13.2. Современное положение церкви Чешских земель и Словакии
13.2.1. Каноническое устройство
Церковь Чешских земель и Словакии, возглавляемая Св. Синодом и Митрополичьим Советом, насчитывает 4 епархии — Пражскую и Оломоуцко-Брненскую, находящиеся на территории Чехии, и Прешовскую и Михаловскую — на территории Словакии; 166 приходов с 209 храмами и часовнями, 140 священников. На территории Пражской епархии находится 39 храмов и 10 часовен, объединенных в 31 приход, и 1 мужской монастырь преп. Прокопия Сазавского в Мосте. На территории Оломоуцко-Брненской епархии находится 23 храма и 9 часовен, объединенных в 30 приходов, и 2 монастыря (мужской святого Горазда в Грубе Вербке и женский Успения Пресвятой Богородицы в Вилемове у Литовле). На территории Прешовской епархии находится 100 храмов и 3 часовни, объединенных в 79 приходов, и 1 мужской монастырь Положения ризы Пресвятой Богородицы. На территории Михаловской епархии находится 25 храмов, объединенных в 26 приходов. 8 общин, не имеющих храмов, совершают богослужения на переносных престолах. Численность верующих около 53–55 тыс. человек. В Церкви нет викарных епископов. Служба в храмах совершается на церковно-славянском, а в некоторых местах на чешском и венгерском языках.