В этом процессе выделялись некоторые духовные лица: митрополит Варлаам, служивший во времена Василия Лупу и напечатавший Румынскую Книгу Педагогики, или Казанию, в 1643 г., и митрополит Досифей в Молдове. Он считается первым великим румынским поэтом (Псалтырь в стихах, 1673 г.). Он также зарекомендовал себя великим писателем («Жизнь и смерть святых», в 4-х томах), первым переводчиком мировых театральных постановок, именно он впервые издал литургические книги в Молдове. В Валахии можно отметить митрополита Анфима Ивирянула, одного из великих иерархов, цензора типографий в Бухаресте, Брашове, Снагове, Рамнице, где было издано 60 книг на румынском, греческом, славянском и арабском, это он завершил процесс романизации религиозных служб, он был автором хорошо известных Дидахи, основателем монастыря Всех Святых в Бухаресте. Он служил во время правления Константина Бранковяну, последнего румынского господаря Валахии, принявшего мученическую кончину в Константинополе вместе со своими сыновьями в 1715 г.
В Трансильвании видны признаки существования организованной жизни Церкви с первой четверти XIV в., когда она возглавлялась архиепископом или митрополитом, которые не имели постоянного места, но должны были быть там, где им разрешали правители Трансильвании. Важно отметить, что в Трансильвании Румынская Православная Церковь не была государственной, официальной конфессией, но, напротив, «терпимой» религией, в отличие от других четырех деноминации, которые считались «приемлемыми».
Румынская Православная Церковь поддерживала отношения с другими Православными Церквами. В 1642 г. в Яссах (Молдова) состоялся собор, в котором участвовали представители греческого, славянского и румынского Православия. На нем было принято «Исповедание веры» Киевского митрополита Петра Могилы. В первой половине XVII в. князь Василий Лупу оплатил все долги Вселенской Патриархии, в благодарность за что Патриарх Парфений подарил Молдавской митрополии мощи св. Параскевы. В начале XVII в. румынские земли посетил Александрийский Патриарх Кирилл Лукарис. Иерусалимский Патриарх Досифей (1669–1707) основал греческую типографию в монастыре Четэцуя. В конце XVII в. в Мунтении побывал Антиохийский Патриарх Иоаким V. В XVII в. румынские митрополиты материально помогали монастырям Афона. При Киевском митрополите Петре Могиле, сыне молдавского господаря, укрепились связи с Православной Церковью в Украине. Заботами митрополита были устроены типографии в Кымпулунге, в Говоре, Тырговиште, Яссах. Он также способствовал основанию Высшей Школы в Яссах, направлял туда профессоров из Киева. В XVII в. развиваются отношения с Русской Православной Церковью, к которой обращались за помощью. Для Румынской Церкви в Москве, Киеве и Чернигове печатались книги.
В начале XVIII в., во времена митрополита Афанасия Ангела, для получения больших политических прав некоторые из румынских клириков заключают унию с Католической Церковью. Таким образом, в Румынской Церкви произошло разделение, хотя кроме признания папского примата, вся доктрина, чин богослужения и структура Церкви остались неизменными.
С XVIII в. положение Молдавии и Валахии еще более ухудшилось. Господари этих государств в 1711 г. были союзниками русского императора Петра I во время Прутского похода против турок, который закончился неудачно. Оказавшись победителями, турки жестоко расправились с беззащитными княжествами, казнили валашского князя Брынковяну с его тремя малолетними сыновьями. В 1711 г. и затем в 1716 г. турки отдали Молдавию и Валахию под безраздельную власть греков-фанариотов.
Правление фанариотов, продолжавшееся более столетия, — один из труднейших периодов в истории православного румынского народа. Покупая себе власть над страной, князья-фанариоты стремились с лихвой возместить понесенные затраты; население подвергалось систематическим поборам, приводившим его к обнищанию; закон был заменен произволом. Стремясь создать взамен павшей Византии греческое царство из народностей Балканского полуострова, князья-фанариоты всячески старались насадить здесь греческую культуру и подавить все национальное и самобытное. Массы греческого народа переселялись в Молдово-Валахию, где правили князья их национальности.
Содействие эллинизации румынского народа оказывала и греческая иерархия. Если прежде зависимость Церкви Молдавии и Валахии от Константинопольского Патриархата была номинальной, то теперь епископами назначали греков, богослужение в городах совершалось на греческом языке и т. п. Низшее духовенство продолжало оставаться национальным, но оно было бесправно. Подрывала нормальное течение церковной жизни и развивавшаяся в стране симония. Некоторые епископы-греки, получив назначение на доходное место за деньги, старались возместить свои затраты, направляя на церковные должности всякого, кто мог внести в их казну значительную сумму денег. В результате появилось немало безместных священников, которые бродили по стране, предлагая свои услуги за насущный хлеб и роняя еще ниже и без того невысокий авторитет духовного сана.