С борьбой против антиканонических мероприятий правительства братья Скрибаны сочетали и ученую деятельность. Они написали и перевели (главным образом с русского) на румынский язык много трудов. Они составили учебники почти по всем школьным предметам. Кроме того, епископу Неофиту принадлежат: Исторические очерки (по всеобщей истории), Краткая история молдавских митрополитов и доказательство автокефальности Молдавской митрополии (сочинение было использовано для утверждения автокефалии Румынской Церкви), и др. Епископ Филарет написал: Краткую Румынскую церковную историю, Пространную Румынскую церковную историю (в шести томах; материал для этого труда Филарет собирал еще в бытность студентом КДА), различные сочинения критического и полемического направления.
Смелые обличители князя Кузы были отстранены от участия в церковных делах. Протесты Константинопольского Патриарха против насилий остались без ответа. Период ожесточенной борьбы Скрибанов сначала с реформами правительства Кузы, а потом (с 1866 г.) Карла, известен в истории Румынской Церкви под именем борьбы за канонический строй Церкви.
Произвол Кузы привел в конце концов к тому, что в 1866 г. он был арестован в собственном дворце заговорщиками, потребовавшими от него немедленной отставки, а на место Кузы западными державами поставлен родственник прусского короля католик Карл. В 1872 г. был издан новый «Закон об избрании митрополитов и епархиальных епископов, а также об устройстве Священного Синода Православной Румынской Церкви», по которому Румынской Церкви предоставлялось больше свободы. Синоду было дано новое устройство, согласно которому членами его могли быть только епископы, отменено название Синода епископов «Генеральным, национальным», заимствованное из протестантского церковного устройства. Когда-то всесильный министр исповеданий получил в Синоде лишь совещательный голос. Но полной свободы от правительственного гнета Церковь не получила и теперь.
Таким образом, результаты борьбы братьев Скрибанов были весьма значительны. Прежде всего, в обществе вновь пробудился интерес к Православию. Кроме того, не осуществилось введение задуманных Кузой новшеств (кроме секуляризации монастырских имуществ).
Важнейшим вопросом церковной и государственной жизни Румынии, подлежавшим решению нового князя, явилось получение Румынской Церковью законной автокефалии. На примере своего предшественника князь Карл убедился, что решить этот вопрос благоприятно можно лишь путем мирных переговоров с Константинопольской Патриархией. Он представил Патриарху проект провозглашения автокефалии Румынской Церкви с просьбой рассмотреть его. Однако в Константинополе не спешили. Дело продвинулось вперед лишь после русско-турецкой войны 1877–1878 г.г., когда Румыния получила полную политическую независимость от Турции. В ответ на новую просьбу Синода Румынской Церкви Константинопольский Патриарх Иоаким III вместе со своим Синодом составили акт, провозглашавший Румынскую Церковь автокефальной, но с оставлением за собой права посылать ей святое Миро. Но румынские церковные деятели стремились к полной независимости, в связи с чем сами совершили освящение св. Мира в Бухарестском кафедральном соборе. Узнав об этом, Патриарх Иоаким не только не послал Акта о признании автокефалии Румынской Церкви, но и осудил этот поступок как разрывающий единение с «Великой Церковью». Синод же Румынской Церкви увидел в протесте Константинопольского Патриарха притязания его на вселенское главенство в Церкви и не замедлил ответить, что Миропомазание есть таинство, а Церковь должна владеть всеми средствами к совершению таинства, и искание этого средства в других Церквах означало бы, что эта Церковь не владеет полнотой средств к освящению и спасению; следовательно, освящение Мира есть неотъемлемый атрибут всякой Автокефальной Церкви.
Только следующий Константинопольский Патриарх Иоаким IV в 1885 г. предоставил Румынской Церкви Томос об автокефалии. Предстоятель Церкви стал именоваться Митрополитом-Примасом. В том же году был издан новый государственный закон о Церкви, стесняющий ее деятельность. Этот закон запрещал членам Св. Синода участвовать в каких-либо собраниях для обсуждения церковных дел, кроме заседаний Синода, а также выезжать за границу без специального разрешения правительства. Этим самым стремились ограничить деятельность румынских иерархов, чтобы не допустить их совместной с епископами других Православных Церквей борьбы за Православие.
Противоцерковный дух проник, к сожалению, и в часть духовенства, породив среди них такое ненормальное явление, как «протестантствующие епископы». Но у румынского народа были достойные архипастыри. Среди них — ученики Филарета Скрибана Мелхиседек Романский (Стефанеску) и Сильвестр Хушский (Баланеску).