Своим отношением к румынам фанариоты вызвали у них такое негодование, что румыны во время Морейского восстания греков (1821) помогли туркам подавить восставших. В расчете на поддержку в дальнейшем, султан в 1822 г. удовлетворил просьбу молдавских и валашских бояр о восстановлении права избрания румынских господарей. С этого момента политическая зависимость румын от Турции начинает ослабевать. Происходит сильный подъем национального духа: учреждаются румынские школы для народа, в 1836 г. открываются духовные семинарии в Бухаресте и Бузэу, греческий язык богослужения заменяется родным, румынская молодежь устремляется для получения образования за границу.
Последнее обстоятельство оторвало молодое поколение от родных традиций, поставило на путь рабского увлечения Западом, особенно Францией, ее языком и идейными течениями. Воспитанная на Западе новая румынская интеллигенция стала проявлять враждебное отношение к Православной Церкви. Ненависть к фанариотам несправедливо была перенесена и на православие, и это вызвало враждебное отношение румынской интеллигенции к России.
Движение против Православной Церкви нашло поддержку в румынском правительстве. В 1859 г. произошло объединение княжеств Валахии и Молдовы (историческая область в составе Молдавского княжества) в одно государство — Румынию. Под давлением Франции князем был избран Александр Куза. Он провел ряд реформ — конфисковал в пользу государства все имущество монастырей, в результате чего многие монастыри были закрыты; в 1865 г., без согласия Константинопольского Патриархата, была провозглашена автокефалия Румынской Церкви; управление Церковью было вверено «Генеральному Национальному Синоду», который имел право собираться лишь раз в два года и был подчинен светской власти. Кроме того, в Православие начали вводить элементы западных вероисповеданий: распространять григорианский календарь, допускать за богослужением звучание органа и пение Символа веры с Филиокве, широкая свобода была предоставлена и протестантскому прозелитизму. Заговорили о полном уничтожении монашества, издав специальные правила, по которым в монахи могли постригаться только 60-летние мужчины и 40-летние женщины. Правительство хотело полностью воспринять культуру Европейского Запада. Министр-президент М.Когальничано в национальном собрании предложил принять римский католицизм в качестве официальной религии на том основании, что «православие служит единственным препятствием благоденствию румын».
Патриарх Константинопольский Софроний выступил с резкими протестами против новоявленной автокефалии, которые направлял князю, митрополиту Валашскому и местоблюстителю митрополии Молдовы. Было направлено послание и Св. Синоду Русской Православной Церкви с призывом оказать духовную помощь в этой ситуации.
С критикой правительственных антиканонических мер выступили виднейшие деятели Румынской Церкви: митрополит Софроний, епископы Филарет и Неофит Скрибаны, позже епископ Романский Мелхиседек, епископ Хушский Сильвестр, митрополит Молдовы Иосиф и другие представители клира.
Митрополит Софроний (+1861) был воспитанником Нямецкой Лавры, постриженником и учеником митрополита Вениамина Костаки. Возглавляя митрополию Молдовы в годы правления А. Кузы, Софроний бесстрашно отдал свой богатый проповеднический талант на защиту Церкви. Румынское правительство отправило его в ссылку, но борьба не прекратилась.
Из среды иерархов выступили и другие самоотверженные защитники Православия. Во главе их — великий святитель румынской земли Филарет Скрибан (+1873). Он окончил Ясскую духовную школу. Уже будучи профессором этой семинарии, он поступает в Киевскую Духовную Академию, успешно ее оканчивает, принимает монашество в Киево-Печерской Лавре. После возвращения на родину Филарет в течение двадцати лет возглавлял Сокольскую Ясскую Духовную Семинарию, которую поднял на высокий уровень — преобразовал ее в 8-классную полную семинарию, значительно обогатил семинарскую библиотеку, основал типографию. За свою ученость и глубоко содержательные проповеди он получил в Румынии имя «профессора профессоров». Князь А. Куза предложил талантливому епископу пост митрополита Молдовы, а его брату Неофиту (+1884) — пост митрополита Валашского, желая таким образом привлечь их на свою сторону. Но оба они решительно отказались принять назначение от светского правителя и бесстрашно выступили на борьбу с церковными реформами князя.