Нынешняя область Буковина прежде входила в состав Молдавского княжества. В Буковине имелась епископия Радовецкая (основана в 1402 г. молдавским князем Александром Добрым) со многими церквами, подчиненная митрополиту Молдавии, а после занятия этой области Австрией в 1783 г. она была подчинена, как и Сибиуская епископия, Карловацкому митрополиту. Австрийский император избирал Буковинского (или Черновицкого — по месту кафедры) епископа, а Карловацкий митрополит рукополагал. Зависимость от Карловацкого митрополита была небольшой, но зависимость от австрийского правительства ощущалась весьма. Под влиянием Сибиуского митрополита Андрея Шагуны в Буковине также началось движение за отделение от Карловацкой митрополии и объединение с Трансильванской Церковью в единую румынскую митрополию, но объединение не состоялось. В 1873 г. австрийскими властями Буковинская епископия была возведена в ранг самостоятельной митрополии с подчинением ей Далматской епархии, почему она и получила название «Буковинско-Далматская митрополия».
В 1875 г. в Черновцах был основан университет и при нем Греко-Восточный Богословский факультет.
Буковинско-Далматская Митрополия имела три епархии: Буковинско-Дал-матскую и Черновицкую, Далматско-Истрийскую, Боко-Которскую, Дубровницкую и Спичанскую.
После присоединения Буковины к Австрии (конец XVIII — начало XIX в.в.) многие румыны переселились в Молдавию, а в Буковину пришли украинцы из Галиции. В 1900 г. в Буковине имелось 500.000 православного населения, из них 270.000 украинцев и 230.000 румын. Несмотря на это, Буковинская Церковь считалась румынской. Епископы и митрополиты избирались из румын. Украинцы добивались введения в богослужение своего языка, а также предоставления им равноправия в церковном управлении. Однако их стремления, поддержанные австрийским правительством, вызвали только взаимное недовольство обеих общин, что расстроило жизнь Буковинской Церкви.
Так продолжалось до 1919 г., когда был созван Церковный Собор, на котором состоялось объединение епархий Румынии, Трансильвании и Буковины. Епископ Карансебешский (1910–1919) Мирон был избран Митрополитом-Примасом (титулом Митрополита-Примаса именовался Румынский первоиерарх с 1875 до 1925 г.). Воссоединение с Православием румын-униатов совершилось лишь в октябре 1948 г.
Решением Св. Синода от 4 февраля 1925 г. Румынская Православная Церковь была провозглашена Патриархатом. В том же году был выработан Устав («Положение») Церкви, действовавший до 1948 г. Это определение Поместные Православные Церкви признали каноническим (Константинопольский Патриарх признал Томосом от 30 июля 1925 г.). Первый Патриарх, Блаженнейший Мирон, возглавлял Церковь до 1938 г. Некоторое время он совмещал со званием Предстоятеля Церкви должность регента страны.
С 1939 до 1948 г. Румынскую Церковь возглавлял Патриарх Никодим, выпускник КДА. Он перевел с русского на румынский язык А. П. Лопухина «Библейскую историю» в 6 томах, «Толковую Библию», проповеди св. Димитрия Ростовского, и др.
В 1945 г. в Румынии установился коммунистический тоталитарный режим. Церковь была устранена из жизни государства. Было закрыто много духовных учебных заведений, периодических изданий, деятельность духовенства постоянно контролировалась, многих священников сослали. В то же время Церкви государством оказывалась материальная поддержка. В связи с тем, что Бессарабия была присоединена к СССР в 1944 г. и стала Молдавской СССР, Кишиневская епархия (около 200 храмов, один женский монастырь) на этой территории вошла в юрисдикцию Русской Православной Церкви.
В 1948–1977 г.г. Патриархом Румынским был святитель Юстиниан, известный своими незаурядными организаторскими способностями. Во всех областях церковной жизни он ввел строгую дисциплину и порядок. В октябре 1948 г. состоялось присоединение к Православной Церкви более полутора миллионов румын Трансильвании, которые в 1700 г. приняли унию с Католической Церковью.
В 1977–1986 г.г. предстоятелем Румынской Церкви был Патриарх Иустин. С 9 ноября 1986 г. Румынскую Православную Церковь возглавляет Блаженнейший Патриарх Феоктист.
После падения коммунистического режима в Румынии возобновилось униатское движение, и только мудрость румынского церковного руководства позволила сохранить за православными большинство храмов и избежать ненужных конфликтов. Эта же мудрость позволила Патриарху Феоктисту в 1989–1990 г.г. избежать раскола, вызванного демагогическими обвинениями демократической общественности в сотрудничестве Церкви с коммунистическим режимом. Патриарх на несколько месяцев уходит в монастырский затвор, принося таким образом необходимое покаяние, после чего всей полнотой Церкви он был возвращен к патриаршему служению.