При Чхве У, сыне и преемнике Чхве Чхунхона, правившем с 1219 по 1249 год, были созданы еще два ведомства — Политическое ведомство (Чонбан), ведавшее кадровыми назначениями, и Литературное ведомство (Собан), выполнявшее роль консультативного совета при военном правителе. К этому времени (двадцатые годы XIII века) в аппарате снова начали преобладать гражданские чиновники, которые более не подвергались никаким преследованиям. Но при этом статус гражданских и военных чиновников был примерно равным, и последнее слово в важных делах оставалось за военным диктатором. Также Чхве У создал три крупных военных отряда в дополнение к личной гвардии дома Чхве. Эти отряды получили название Трех отдельных корпусов (Самбёльчхо).
В правление Чхве У корёская военная диктатура более всего походила на японский сёгунат, с одним существенным отличием — сёгуны практически не зависели от японских императоров, они имели свои столицы и свой управленческий аппарат, называемый бакуфу, и не получали императорского одобрения (пусть и номинального) на каждое свое действие. Дом Чхве был более зависим от власти правителей, чем сёгунат, и эта зависимость в конечном итоге способствовала его падению. Способствовала, но не играла определяющей роли. Непосредственной причиной утраты власти домом Чхве стали сын Чхве У Чхве Хан, правивший с 1249 по 1257 год, и сын Чхве Хана Чхве Ый, правивший в 1257–1258 годах. Чхве Хван, бывший прежде буддийским монахом, не имел качеств, нужных для правления государством, и своего сына не подготовил к этой роли. А время между тем было сложное — надо было противостоять монгольской агрессии и сдерживать происки оппозиционных группировок. В результате в 1258 году Чхве Ый был убит командирами Трех отдельных корпусов. Новым военным диктатором стал военачальник Ким Инчжун. В 1268 году Ким Инчжуна сменил Лим Ён, после которого власть перешла к его сыну Лим Юму, последнему военному диктатору Корё.
Монгольская угроза
В 1206 году на собрании монгольской знати верховным правителем был провозглашен Темуджин, принявший имя Чингиз, которое в вольном переводе означало «Повелитель Вселенной». Заявка на мировое господство была не пустой похвальбой — монголы сразу же начали свои великие завоевания.
В 1211 году монголы вторглись в империю Цзинь, которая была полностью покорена в 1234 году. Кидани, находившиеся под властью Цзинь, воспользовались случаем и в 1212 году воссоздали к северу от Корё свое государство Ляо во главе с военачальником Елюй Люге (1180–1222). В 1215 году на Ляо напали монголы. Под их натиском киданьское войско переправилось реку Амноккан и начало разорять территории Корё. Вторжения киданей повторялись в 1216, 1217 и 1218 годах, а в 1219 году следом за киданями в Корё пришли монголы, которые в то время выступали в качестве союзников корейцев, ведь кидани были общим врагом. Разгромив киданей, монголы ушли обратно, но в том же году прислали в Корё посольство с требованием признания своего сюзеренитета. Правитель Кочжон с одобрения Чхве У, сменившего недавно умершего отца, согласился признать себя вассалом Монгольской империи и выплачивать дань. В отличие от империи Цзинь монголы требовали настоящей, большой дани — ткани, бумагу, меха и т. д. Подчинение алчным и «невежественным» варварам вызывало большое возмущение как у знатных корёсцев, так и у простолюдинов. В 1225 году это возмущение привело к инциденту, ставшему поводом для нападения монголов на Корё: монгольское посольство, возвращавшееся домой с полученной данью, было перебито во время переправы через Амноккан. Собственно говоря, напали на посольство какие-то разбойники, но в глазах монголов за все, что происходило в Корё, отвечал правитель государства.