«Тень эмира Файсала» нависла над Бахрейном. Англичане притязания эмира Файсала на Бахрейн отрицали, находили их никак и ничем не подтвержденными. Подчеркивали, что рассматривают Бахрейн как независимое шейхство. Выплату же шейхом Мухаммадом дани ваххабитам, что в понимании эмира Фейсала являлось проявлением вассальной зависимости Бахрейна от эмирата ваххабитов, считали ничем иным, как платежом за сохранность той недвижимой собственности, которой род Аль Халифа располагал в Катаре, на территории, подконтрольной ваххабитам.
Как бы то ни было, но набег на Бахрейн эмир Файсал решил предпринять. Парусники для газу ему обязались предоставить племена ал-бу-‘али и ал-бу-са’ид. Намерения его всецело поддержал Мухаммад ибн ‘Абд Аллах, тогдашний глава членов ветви ‘Абд Аллаха, которым эмир Файсал после их ухода с Бахрейна дозволил укрыться в Даммаме.
Дабы предотвратить возможность морского набега ваххабитов на Бахрейн, англичане разместили несколько своих боевых кораблей напротив Эль-Катифа и у побережья Бахрейна. Они оставались там до тех пор, пока эмир Файсал и шейх Мохаммад не заключили в 1855 г. договор о мире.
Однако в 1859 г. их отношения вновь осложнились. Эмир Файсал решил поддержать претензии на власть опального шейха ‘Абд Аллаха, проживавшего в Эль-Хасе, и организовал набег на Бахрейн. Окончился он бесславно. Англичане отбросили его от побережья, а затем, совместно с шейхом Мухаммадом, захватили порт Даммам.
В конце января 1861 г. шейх Мухаммад, признанный англичанами в качестве независимого правителя, подписал в Манаме с британским политическим резидентом в Персидском заливе конвенцию о «вечном мире и дружбе» с Британской империей. В ней он подтверждал все ранее заключенные Бахрейном договоры и соглашения с Англией, в том числе от 1820 г. (Генеральный договор о мире), 1835 г. (Первое морское соглашение), 1847 и 1856 гг. (о борьбе с работорговлей). В соответствии с этой конвенцией шейх Бахрейна обязался также не принимать участия в междоусобных конфликтах. Конвенция 1861 г. провозглашала приоритет Англии во внешней торговле Бахрейна; декларировала право Англии на самостоятельную эксплуатацию жемчужных отмелей. Взамен всего этого шейх Мухаммад получил обязательство британцев о предоставлении ими Бахрейну защиты от любой «внешней угрозы». Иными словами, в 1861 г. Бахрейн подпал под протекторат Британской империи де-факто.
В 1863 г. возник бахрейнско-катарский конфликт по вопросу о первенстве родов Аль Халифа и Аль Тани среди катарских племен и выплаты ими дани. В 1867 г. этот конфликт перерос в вооруженное противостояние. В ходе набега на Катар (октябрь 1867 г.), предпринятого шейхом Мухаммадом совместно с правителем Абу-Даби, поселения Эль-Бида’а и Эль-Вакра были разграблены и порушены, а стоявшие там суда катарских племен — сожжены.
Британский резидент в Персидском заливе, полковник Льюис Пелли, который не был уведомлен правителями Бахрейна и Абу-Даби об этом набеге, настаивал на проведении показательной «силовой акции». В рапорте на имя английских колониальных властей в Индии писал, что сделать это следовало бы непременно, ибо в противном случае престиж Британской империи как полицейского Персидского залива среди шейхов Прибрежной Аравии мог быть скомпрометирован, а система по поддержанию мира на море, столь долго выстраиваемая англичанами, — демонтирована. Он обвинил правителя Абу-Даби в нарушении договора о морском мире, а правителя Бахрейна — в попрании конвенции от 1861 года, и потребовал от них объяснений.
Шло время. Никакой помощи от англичан племена, подвергшиеся набегу и ограблению в Эль-Бида’а и Эль-Вакре, в плане получения возмещения за похищенную у них собственность и «пролитую кровь», так и не дождались. И тогда сами организовали налет на бахрейнский флот у Манамы. Все случившееся показало, что Залив — на грани выпадения из-под контроля Англии.
В начале сентября 1868 г. Л. Пелли получил разрешение на проведение карательной акции, а также необходимый для этого отряд кораблей. 6 сентября 1868 г. он с этим отрядом бомбардировал форт ‘Арад, тогдашнюю резиденцию шейха Мухаммада.
За сутки до этого шейх Мухаммад перебрался на материк. Укрылся в Эль-Катифе. Управлять делами оставил своего брата, шейха ‘Али. Намеревался возвратиться на Бахрейн сразу же после отбытия оттуда английского политического резидента. Тот в отношения с шейхом ‘Али вошел, но вот игрушкой в руках шейха Мухаммада не стал. Еще до прибытия на Бахрейн Л. Пелли получил от своих агентов-осведомителей информацию о том, что таким путем шейх Мухаммад намеревался избежать репрессивных в отношении себя акций. Донесли ему и о том, что уважением и любовью на Бахрейне из-за той тирании, что шейх установил в последние годы, он не пользовался. Притом не только среди обиравшихся им иностранных торговцев, но и у коренного населения. И тогда Л. Пелли решил воспользоваться представившейся ему возможностью — и шейха Мухаммада от власти подвинуть.