Новым правителем Бахрейна при активном участи англичан стал шейх ‘Али ибн Халифа (правил 1868–1869). Данной акцией англичане продемонстрировали серьезную настроенность на свое активное участие в делах Бахрейна. Шейх ‘Али в присутствии семи шейхов и группы старшин знатных торговых семейств обязался передать в руки Л. Пелли шейха Мухаммада, если тот вернется на Бахрейн, и заплатить штраф за причиненный ущерб.
После Бахрейна Л. Пелли, имея в виду положить конец раздору между семействами Аль Тани и Аль Халифа, отправился в Катар. Заключил там соглашение (12 сентября) с шейхом семейства Аль Тани, согласно которому тот обязался не чинить беспорядков на море, признать шейха ‘Али законным правителем Бахрейна и подписать с ним договор о мире, что и было сделано (13 сентября 1868 г.). Кроме того, обещал передать англичанам шейха Мухаммада ибн Халифу, если тот «попадет ему в руки», а также в случае возникновения в будущем конфликтов и разногласий с шейхами соседних уделов обращаться за посредничеством к английскому политическому резиденту. Аналогичные обязательства Л. Пелли взял, к слову, с вождей всех катарских племен, подписав с ними еще одно соглашение.
Затем Л. Пелли проследовал в Абу-Даби. Переговоры, длившиеся в течение двух дней, не дали никаких результатов. И только после того, как Л. Пелли пригрозил шейху Заиду бомбардировкой Абу-Даби, тот пошел на попятную. Согласился отпустить уведенных из Катара пленных, уплатить компенсацию за причиненный ущерб и жить с Катаром в мире.
Персы на акцию англичан в отношении Бахрейна отреагировали негативно, резко и с раздражением. В беседе с послом Англии министр иностранных дел Ирана заявил, что Иран, будучи, дескать, сюзереном Бахрейна, должен был быть заблаговременно проинформирован Л. Пелли о планировавшихся англичанами действиях против Бахрейна. Высказал опасения, что «и другие персидские острова» в Заливе могут быть подвергнуты вмешательству со стороны англичан. Демарш персов посол воспринял спокойно. Подчеркнул, что британцы рассматривают Бахрейн как независимое шейхство, находящееся под протекторатом Англии (25).
Шейх Мухаммад, потесненный от власти, так просто не сдался. С разрешения эмира ‘Абд Аллаха ибн Файсала обосновался в Эль-Катифе, где с его же молчаливого согласия стал собирать сторонников для набега на Бахрейн. Ядро сил, с которыми он в 1869 г. напал на Бахрейн, составили: частью его родственники из семейства Аль Халифа во главе с шейхом Насиром ибн Мубараком; а частью — бедуины племени бану хаджир, с которыми шейха Насира связывали родственные узы через его жену и мать. Решающая схватка состоялась 23 сентября 1869 г. Шейх ‘Али ибн Халифа и его сын Ибрахим во время той сшибки погибли. Бахрейн и Мухаррак перешли в руки шейха Мухаммада. Племя бану хаджир учинило тотальный грабеж населения Манамы и окрестных сел.
Л. Пелли представил на рассмотрение английской колониальной администрации в Индии конкретный план действий. Для наведения порядка на островах предложил предпринять военную экспедицию; шейха Мухаммада и других лидеров мятежа арестовать; собственность участников мятежа, которой они владели на Бахрейне, изъять и раздать населению; племя бану хаджир в их поселениях на побережье Эль-Хасы осадить и заставить вернуть все награбленное и вывезенное ими с Бахрейна. Новым правителем Бахрейна рекомендовал поставить шейха ‘Ису, старшего сына шейха ‘Али, являвшегося наместником правителя Бахрейна в землях, подвластных роду Аль Халифа на полуострове Катар. Отметил, что шейх ‘Иса пользовался уважением и среди населения Бахрейна, и во многих племенах Катара, в том числе в племени бану на ’им.
В целом план Л. Пелли английская администрация в Индии одобрила. Не согласилась только с его предложениями о конфискации собственности мятежников, ибо это вызвало бы раздражение среди их родственников, что было не в интересах нового правителя; и о блокаде побережья Эль-Хасы, так как для проведения такой операции достаточным количеством военных судов англичане в то время в Персидском заливе не располагали.
В ноябре 1869 г. английская военная эскадра во главе с Л. Пелли подошла к берегам Бахрейна. Блокада острова продолжалась недолго. Перевес англичан в силе заставил мятежников сложить оружие. Главарей путчистов, в том числе шейха Мухаммада ибн ‘Абд Аллаха и его родственника шейха Мухаммада ибн Халифу, арестовали и сослали в ссылку, в Индию. Заточили в одной из крепостей в Бомбее. Удалось ускользнуть и скрыться только шейху Насиру ибн Мубараку. Новым правителем Бахрейна стал, в ноябре 1869 г., шейх ‘Иса ибн ‘Али Аль Халифа, сын шейха ‘Али.
Из пятерых членов семейства Аль Халифа, вывезенных в Индию, двое (Мухаммад ибн ‘Абд Аллах и Насир ибн Ахмад) скончались в тюрьме (1877). Остальных переместили на поселение в Аден. В 1880 г. двоих из них, Джасима ибн Мухаммада и ‘Али ибн Насира, освободили. Шейх Мухаммад ибн Халифа Аль Халифа обрел свободу только в 1887 г. Ему дозволили перебраться в Святые земли ислама, где он и умер (в Мекке, в 1890 г.).