Об острой борьбе в Новгороде в 20-е годы говорит эпизод, глухо отмеченный новгородскими летописями: Ярослав захватил посадника Константина Добрынича, и по приказу князя его убили в ссылке в Муроме. Косвенный намек на столкновения с Иоакимом содержится еще в одном сообщении новгородских летописей. В 1030 году умер Иоаким, и на свое место он определил Ефрема, по-видимому, того самого, что позднее возглавлял киевскую митрополию. Сам факт такого назначения с канонической точки зрения неправомерен, хотя в ирландской церкви допускалось поставление епископа одним епископом. В данном же случае Ефрем епископом и не назван, что, может быть, указывает вообще на иную систему церковной организации (подобную киевской), отличающуюся от византийской и римской. Ярослав, однако, выбор Иоакима не признал. Он поставил епископом своего кандидата — Луку Жидяту, с византийской точки зрения вполне православного. И, как уже было сказано, продолжение этой борьбы последует двадцать лет спустя после смерти Ярослава, когда митрополит Ефрем осудит епископа Луку Жидяту.
Появление греческого митрополита в Киеве, естественно, обострило межобщинную борьбу. Именно в эту связь следует поставить странное сообщение летописи под 1039 годом об освящении церкви Богородицы. Церковь эта уже была освящена в 996 году. Но с точки зрения византийского православия это освящение было как бы недействительным, поскольку еретическим признавалось связанное с церковью вероучение.
Однако этим актом и ограничивается деятельность в Киеве первого митрополита. Активность греческого иерарха вызвала недовольство и самого Ярослава.
В 1043 году разрыв с Византией становится открытым, и русское войско отправляется в свой последний поход на Константинополь. В условиях разрыва с Константинополем вновь возрастает роль Десятинной церкви. В 1044 году, очевидно, по инициативе ее клира, были извлечены останки убитых в усобице 70-х годов X столетия Ярополка и Олега Святославичей, «и крестиша кости ею, и положиша и в церкви святыя Богородица». В высшей степени странный с канонической точки зрения акт был проведен фактически на государственном уровне. Русь христианская соединялась с языческой, как бы продолжая ее. Эта идея найдет отражение и в знаменитом «Слове о Законе и Благодати» Илариона, где подчеркнута чисто мирская слава отца и деда Владимира.
В конечном счете, Ярослав не отказался от византийской системы иерархического устройства. Все более обособляющаяся от общества власть подозрительно относилась ко всякой общинной самодеятельности, стремилась поставить ее под контроль, чему и служила иерархия, как она складывалась в главных христианских центрах. Но передавать рычаги управления церкви в руки византийских императоров и патриархов русскому князю, конечно, не хотелось. Поэтому и предпринимается попытка избрать митрополита-русина, воспользовавшись правилом, допускающим избрание митрополита советом епископов. Сам Иларион тоже не из-за простой лести величал Ярослава каганом: для уравнения прав русской иерархии с византийской надо было, прежде всего, поставить князя вровень с константинопольскими базилевсами. И в записи на стене киевской Софии о кончине князя он назван «царем». Однако международного признания эти притязания не получили, а потому и не были прочными.
Неустойчивость положения сказалась при преемниках Ярослава. В междоусобной борьбе каждый из соперников стремился опереться на определенную церковную общину. Старший, Изяслав Ярославич, держался Десятинной церкви, в которой и был затем похоронен. Святослав более ориентировался на греческую общину. Когда в 1069 году Изяслав с польской помощью устремился на Киев, дабы изгнать Всеслава Полоцкого и вернуть себе княжеский стол, киевляне обратились за помощью к Святославу и Всеволоду, угрожая «ступить в Гречьску землю». Святослав оказал поддержку этой провизантийски настроенной группе киевлян и впоследствии, видимо, опираясь на них, изгнал Изяслава из Киева. Не случайно и то, что, когда после возвращения из Польши Изяслав «нача гневатися на Антония из Всеслава», Святослав ночью вывез Антония в Чернигов, где тот основал новый монастырь. В Печерском монастыре Антоний представлял едва ли не самую крайнюю прогреческую традицию, тогда как Феодосий более ориентировался на собственно русские истоки и проблемы. В отличие от Антония Феодосий поддерживал Изяслава, а Святополк Изяславич в 1108 году впишет имя печерского игумена в синодик для поминания. Антония же будут более всего прославлять в Ростовской епархии, долго остававшейся одним из главных форпостов византийского влияния.