Работая над узакониванием мамлюкского султаната и своего положения, Бейбарс принимал меры к правительственной и административной централизации. Мамлюкский Каир превратился в безусловную столицу мусульманского Ближнего Востока, а султан был наделён деспотической властью, которой ещё не знал средневековый мир. В отличие от многих своих предшественников Бейбарс внимательно следил за государственными финансами и контролировал казну — эти меры дали ему богатство, необходимое для оплаты реформ.
Став султаном, Бейбарс мог ожидать, что его воля будет беспрекословно исполняться во всём мамлюкском мире, и он с готовностью использовал и прямую силу, и пропаганду, чтобы обеспечить подчинение и уступчивость со стороны региональных правителей — губернаторов. Эмиров, которые не могли незамедлительно собрать войска для военных действий, подвешивали за руки на три дня. Если находились глупцы, осмелившиеся на мятеж, их ожидали пытки от ослепления до расчленения и распятия. Как и правители до него, в том числе Нур ад-Дин и Саладин, Бейбарс использовал внешние угрозы, чтобы оправдать своё автократическое поведение, но теперь главными врагами государства считались монголы. Таким образом, когда султан в 1263 году пожелал отстранить от власти в Трансиордании мелкого князька аль-Мухита из Айюбидов, против него было выдвинуто обвинение в установлении отношений с ильханатом Персии, и в качестве свидетельств были представлены письма, якобы написанные аль-Мухиту Хулагу.
Но если отбросить в сторону обман и жестокость, истинным краеугольным камнем власти Бейбарса на Ближнем Востоке была связь. Он был первым мусульманином Средневековья, который справлялся с делом управления пан-Левантийской империей из Египта, потому что не пожалел средств на обширную сеть доставки сообщений. За много веков до него византийцы и ранние Аббасиды использовали громоздкую почтовую систему посыльных, но она давно не использовалась. Бейбарс создал
Практические и административные реформы служили укреплению мамлюкского государства и «королевской» власти. Между тем режим Бейбарса был не без недостатков. Успех в высшей степени централизованного подхода к управлению в основном зависел от личных качеств и навыков султана, и возникал закономерный вопрос, как со всем этим справится его будущий преемник. Желая задавить идею о том, что султан мамлюков должен избираться, Бейбарс предпринимал попытки заложить фундамент собственной семейной династии. Для этой цели он в августе 1264 года назначил своего четырёхлетнего сына Барака соправителем. Учитывая, что среди элиты мамлюков всегда ценились заслуги, а не наследственность, вопрос, сработает ли его план, оставался открытым.
Бейбарс также установил потенциально разрушительную связь с