28 мая в Киев отправился премьер-министр России В. Черномырдин, который подписал три документа о Черноморском флоте: «О взаиморасчетах, связанных с разделом Черноморского флота и пребыванием ЧФ России на территории Украины», «О статусе и условиях пребывания ЧФ России на территории Украины», «О параметрах раздела Черноморского флота». В соответствии с ними Россия арендовала базу, акваторию и инфраструктуру ЧФ сроком на 20 лет (при возможности продления срока аренды каждые следующие пять лет при условии взаимного согласия сторон). Россия отказалась от формулировки «главная база ЧФ — Севастополь» и от жесткого понимания принципа раздельного базирования ЧФ и ВМС Украины. Согласно договоренностям 525 боевых кораблей и судов обеспечения (уменьшение количества кораблей по сравнению с сочинскими документами объясняется их сокращением из-за износа) разделялись между Россией (271) и Украиной (254) в соотношении 50 на 50. При этом Украина передавала России в порядке взаиморасчетов 117 кораблей и судов, стоимость которых определялась около 520 млн. долл. в счет погашения долга по российским кредитам.[152]
Соглашения предусматривали, что ЧФ России разместится в трех из пяти основных бухт Севастополя — Севастопольской, Южной и Карантинной, а ВМСУ будет использовать Стрелецкую бухту, одна из бухт должна быть демилитаризована. У России оставались аэродромы в Гвардейском и в Каче, а также ряд небольших военных объектов на крымском побережье. Как отмечается украинскими обозревателями: «в целом, инфраструктура ЧФ разделена не в соотношении 50:50, как было обусловлено предыдущими соглашениями, а в соотношении 56:44, из которых украинской стороне принадлежит 44 %, а российской — 56 %».[153] Общий состав флотского контингента определялся в 25 тыс. чел. Сухопутные силы флота, по условиям договоренностей, не могут иметь более 132 бронемашин, 24 артсистем, калибром более 100 мм, и 22 самолетов[154] (ВМС Украины получали 30 боевых кораблей и катеров, одну подводную лодку, 90 боевых самолетов, 6 кораблей специального назначения, 28 судов обеспечения[155]). Стороны достигли компромисса по проблеме взаиморасчетов и арендной платы. Согласно документам ежегодная сумма арендной платы определялась в 97,7 млн. долл., которые будут погашаться в счет долга Украины перед Россией за поставки нефти и газа. Согласно российской военной доктрине ЧФ должен состоять из двух оперативно-тактических группировок — Восточной с базой в Новороссийске и Западной с базой в Севастополе, за которым, как уже говорилось, оставался статус «главной базы флота».12 июня в день независимости России на кораблях ЧФ были подняты вместо военно-морских флагов бывшего СССР андреевские флаги ВМФ России, что знаменовало собой конец неопределенности в судьбе Черноморского флота. 30 июня Б. Ельцин и Л. Кучма подписали Договор о «Дружбе, сотрудничестве и партнерстве» между Россией и Украиной, в известном смысле, поставивший точку в решении проблемы ЧФ и украино-российских взаимоотношений.[156]