Для реализации операции «Боджинка» Юсуфу требовалось за неделю изготовить 11 компактных разборных бомб с часовым механизмом. Для этого ему было необходимо не менее 60 килограммов взрывчатого вещества. На конспиративную квартиру в манильском отеле «Дон Джозеф», в котором была оборудована химическая лаборатория, Юсуф и Минкас завезли несколько центнеров аммонийной селитры. Этот химикат широко используется как удобрение, в том числе в городе, для подкормки травяных газонов. Селитру, не вызывая подозрений, можно приобрести в хозяйственном магазине, она же является исходным сырьем для изготовления взрывчатки. 6 января 1995 года во время этого процесса Юсуф совершил ошибку, в результате которой возникло возгорание вещества. В течение нескольких минут пламя охватило всю комнату и грозило распространиться дальше. Соседи и уличные прохожие, заметив дым в одном из окон отеля, вызвали полицию и пожарников. Поначалу Юсуф и Минкас пытались собственными силами загасить пожар, но, завидев полицейские машины, поспешили скрыться, оставив в горящей комнате массу разнообразных улик. Теперь они наблюдали за происходящим со стороны. Пожар был быстро погашен, и Юсуф понял, какая добыча досталась полиции. Он приказал Минкасу вернуться в отель и, пользуясь суматохой, попытаться выкрасть из-под носа полиции портативный компьютер. Риск был очень велик, но в компьютере содержалась важнейшая информация о террористической сети на Филиппинах, столь упорно создаваемой Юсуфом. Приказы Юсуфа не подлежали обсуждению, и Минкас отправился навстречу своему аресту. Он был тут же опознан служащими и постояльцами отеля и задержан.
А прибывшим на место агентам спецслужб досталась богатая добыча. Были обнаружены фотографии стратегических объектов филиппинской столицы; чертежи «Боинга-747» с пометками Юсуфа, заранее закупленные на 21 января 1995 года авиабилеты, большое количество химикалий, необходимых для производства взрывчатки, корпуса для бомб с часовым механизмом; крупные суммы в иностранной и филиппинской валюте, фальшивые иностранные паспорта и личная записная книжка Рамзи Юсуфа с контактными телефонами бин-Ладена и других известных террористов, находящихся в международном розыске. Но подлинные масштабы деятельности Юсуфа оперативники смогли оценить, проанализировав информацию его персонального компьютера. Помимо планов покушения на папу римского Иоанна Павла II и взрыва самолетов компьютер содержал разработки операций по дестабилизации всей жизни Филиппин посредством убийства известных политических деятелей и взрывов в людных местах Манилы. Было очевидно, что многие из планов близки к осуществлению и являются делом ближайшего месяца. На это указывали загодя отпечатанные листовки. Ответственность за готовящиеся теракты брала на себя организация, именующая себя «Пятый батальон Армии Освобождения». Организация была известна, с ней был связан взрыв Всемирного торгового центра. Информация немедленно ушла к американским спецслужбам. После двухлетних безуспешных поисков у них появился реальный шанс добраться до неуловимого Юсуфа. Его настоящее имя Абд эль-Басит Махмуд Абд аль-Карим было уже известно. К тому же стал давать показания задержанный Минкас.
К этому времени в Соединенных Штатах была разработана специальная программа по розыску особо опасных международных преступников с многозначительным названием «Герой». За информацию, которая могла бы существенно помочь в поиске и задержании преступника, правительство США выплачивало крупное денежное вознаграждение, сохраняя при этом анонимность получателя. Эта программа уже дала обнадеживающие результаты, и теперь была использована. За информацию, обеспечивающую поимку Ахмеда Рамзи Юсуфа, ФБР обещало денежное вознаграждение в размере 2 миллионов долларов. Плакаты с фотографией Юсуфа, под которой было крупно обозначено «$ 2 000 000», были расклеены по всей Маниле. Но к этому времени Юсуф уже успел покинуть страну. На следующий день после провала подпольной лаборатории, 7 января 1995 года, он, как всегда первым классом, вылетел из Манилы в Гонконг, а оттуда в Карачи.
Его сообщникам повезло меньше, хотя поначалу случилось невероятное. Минкас, уже дававший признательные показания, сумел сбежать из филиппинской тюрьмы. Он даже успел вылететь в Малайзию, но здесь был задержан местными полицейскими, возвращен на Филиппины, а оттуда немедленно депортирован в США.