В большинстве республик сохранялось традиционное правило – необходимость получения кандидатом более половины голосов избирателей, принявших участие в выборах. В них однотуровая или двухтуровая система, наличие и размер порога явки для признания выборов состоявшимися и т. д. фактически устанавливались самостоятельно – Уставом (Конституцией) и региональным законом о выборах. Часть 2 статьи 11 Конституции РФ, принятой 12.12.1993, гласила, что «государственную власть в субъектах Российской Федерации осуществляют образуемые ими органы государственной власти». Считалось, что само собой разумеется, что органы исполнительной власти субъекта РФ формируются им самостоятельно, без участия федеральных органов власти.
В конце 1994 года был принят Федеральный закон № 56-ФЗ от 6 декабря 1994 года «Об основных гарантиях избирательных прав граждан РФ». В целом он касался только наиболее общих вопросов (сроки избирательных действий, правила образования избирательных округов и избирательных участков, порядок работы избирательных комиссий и т. д.) и фактически никак не ограничивал региональные избирательные системы. Так, не ограничивался ценз оседлости в отношении пассивного избирательного права, и иногда он использовался для ограничений конкуренции. В некоторых республиках избирательные законы содержали не предусмотренные федеральным законодательством цензы, в частности требование знания языка титульной нации. Так, в Кабардино-Балкарской Республике региональный закон о выборах президента ввел десятилетний ценз оседлости для кандидатов, что лишило возможности баллотироваться потенциальных конкурентов В. М. Кокова – лидеров национальных движений. В Башкортостане были введены цензы для кандидатов по времени проживания в республике (10 лет), возрасту (35–65 лет) и по языку (знание русского и башкирского языков). С принятием в августе 1997 Кодекса Республики Башкортостан «О выборах» ценз оседлости исчез, однако положение о языках осталось. В Бурятии еще в феврале 1994 года, когда принималась новая конституция региона, в ней было записано, что президентом может быть избран только гражданин республики, проживающий на ее территории и владеющий двумя государственными языками – русским и бурятским. В 1995 году эта норма перешла в закон о выборах Президента Бурятии.
Шесть регионов к концу 1995 года были парламентскими республиками (Республика Алтай, Дагестан, КЧР, Хакасия, Удмуртия, с оговорками Мордовия), где существовали сложные взаимоотношения между различными элитными группами, сформированными в том числе по этническому признаку.
Была попытка ввести систему парламентской республики в Ненецком автономном округе, после того как Ю. В. Комаровский 22 февраля 1996 года был уволен с поста губернатора указом президента РФ. Отставка была вызвана конфликтом с Собранием депутатов округа, обвинявшим Ю. В. Комаровского в нецелевом расходовании бюджетных средств, в результате чего округ лишился трех миллиардов рублей. Собрание депутатов заявило о «параличе исполнительной власти» в округе и выразило недоверие губернатору, так как администрация отказалась вносить на утверждение бюджет. Губернатора также обвиняли в раздувании штата, излишней роскоши при обстановке кабинета губернатора, неудачных действиях с долгами «Коминефти». Новым губернатором был назначен В. В. Хабаров, с 1994 года работавший управляющим отделением Пенсионного фонда РФ по Ненецкому автономному округу. Депутаты хотели ввести избрание губернатора окружным Собранием и отказались от идеи после длительного торга.
Наиболее известна попытка введения парламентарной системы в Алтайском крае, приведшая к решению Конституционного суда. Данная ситуация возникла из-за конфликта губернатора Л. А. Коршунова, который поддерживался федеральным центром (и, соответственно считался реформаторски ориентированным), и большинства депутатов Законодательного собрания, придерживавшихся левопатриотической ориентации (представлявших преимущественно КПРФ и АПР). Устав края, принятый 20 апреля 1995 года, предусматривал, что губернатор избирается не населением, а депутатами регионального парламента. Губернатор Л. А. Коршунов его подписывать отказался, Собрание преодолело вето. Тогда он обратился в Конституционный суд. 18 января 1996 года Конституционный суд РФ принял Постановление о проверке конституционности ряда положений Устава Алтайского края, в котором отметил, что такой порядок избрания главы администрации не соответствует Конституции РФ, поскольку из смысла ряда статей Конституции «вытекает, что высшее должностное лицо, формирующее орган исполнительной власти, получает свой мандат непосредственно от народа и перед ним ответственно». После этого регион перешел к «стандартному» в те годы формату – выборам губернатора населением.