В новую Конституцию, принятую 12 декабря 1993 года на референдуме, Федеративный договор включен не был. Согласно заключительным положениям Конституции, в случае несоответствия положений Федеративного договора положениям Конституции РФ действуют положения Конституции РФ. При этом, согласно части 3 статьи 11 Конституции РФ, принятой 12.12.1993,
15 февраля 1994 года после длительных переговоров был подписан первый индивидуальный договор федерального центра с конкретным регионом – Республикой Татарстан, который не подписал Федеративный договор 1992 года и не принял участия в референдуме по проекту новой Конституции РФ 12 декабря 1993 года. Данный двусторонний договор в результате стал самым правовым актом, который определил положение республики в российской политической системе на все последующие годы. Затем началось подписание отдельных договоров с иными субъектами: в 1994 году было подписано 3 договора (1 июля – с КБР, 3 августа – с Башкортостаном), в 1995 году 4 (23 марта – с Северной Осетией, 29 июня – с Республикой Саха (Якутия), 29 августа – с Бурятией, 17 октября – с Удмуртией). Как хорошо видно, в эти годы такие договора заключались только с республиками, причем только с некоторыми из них.
В данных договорах центр фактически признавал за республиками статус суверенных государств. Так, договор с Татарстаном по некоторым формулировкам может трактоваться как учредительный и межгосударственный. Фактически по ряду вопросов республики приобретали полномочия, которые относятся к федеральной компетенции. Так, Татарстан получал почти полную бюджетную автономию, его отчисления в федеральный бюджет были минимальны и определялись двусторонним соглашением. Соглашение от 1994 года определило взносы Татарстана в бюджет РФ (13 % налога на прибыль, 1 % подоходного налога, НДС по ежегодно согласуемому нормативу), при этом регион получал все акцизы и доходы от приватизации. Почти все государственные активы на территории Татарстана оказывались в республиканской государственной собственности (исключение сделано для силовых и некоторых других федеральных структур, отдельных предприятий ВПК). Он распоряжался всеми водными, лесными и другими природными ресурсами на своей территории, еще по соглашению 1992 года самостоятельно контролировал разработку, добычу и реализацию природных ресурсов, прежде всего нефти и продуктов нефтегазохимической переработки. Республика получила право на участие в международных отношениях и самостоятельное осуществление внешнеэкономической деятельности. Аналогичные параметры экономического и частичного политического суверенитета были определены договорами с Башкортостаном и Якутией.
Показательно, что фактически до 1997 года федеральный центр воздерживался от назначения в республики представителей президента, которые во все иные регионы системно назначались с 1991 года. Попытки назначить представителей президента в Кабардино-Балкарию и Чечено-Ингушетию фактически закончились неудачей, только в Чувашии в 1992 году появился представитель президента (им стал бывший председатель Совмина республики). Затем представители президента в республики назначались только в исключительных случаях по одному в год: Мордовия в 1993 году, Чечня в 1994 году, Калмыкия в 1995 году. В 1996 году существовавшее под разными названиями представительство в зоне осетино-ингушского конфликта было преобразовано в представительство президента в Ингушетии и Северной Осетии[29]
.Притом что федеральный центр, очевидно, шел на существенные уступки в первую очередь лидерам национальных республик, при этом он явно сопротивлялся всем попыткам расширить список «особых» регионов, которые предпринимались в эти годы. При этом борьба за превращение областей в республики рассматривалась частью политической элиты как способ институционально уравнять республики с другими регионами и реформировать саму систему территориального устройства. Таким образом, в самой федеральной политике присутствовали элементы двойственности: одновременно одни боролись за устранение асимметрии прав и статуса регионов через попытки остановить или как минимум ослабить усиление регионов, а другие – через попытки, наоборот, усилить всех до уровня республик. Выдвигались, в частности, проекты создания «земель» или даже «республик» из нескольких областей и краев[30]
. Один из самых известных случаев – несостоявшаяся Уральская Республика.