Также в последующие годы прямые выборы высшего должностного лица региона были введены во всех субъектах РФ, кроме Республики Дагестан, глава которой (председатель Государственного Совета) избирался не законодательным органом, а более широким кругом выборщиков вплоть до отмены прямых выборов глав регионов в конце 2004 года. Перешли на прямые выборы Республика Алтай (первые выборы в декабре 1997 года), Хакасия (первые выборы в конце 1996 года) и вновь Мордовия (первые прямые выборы в 1991-м, в 1993-м прямые выборы президента отменили, с 1998-го проводились прямые выборы главы республики). Тем не менее в течение ряда лет прямые выборы главы региона отсутствовали еще в двух регионах: Карачаево-Черкесской Республике (до 1999 года) и Удмуртской Республике (до 2000 года).
В результате от прежнего институционального единообразия быстро не осталось и следа. Некоторые регионы создавали двухпалатные парламенты, некоторые использовали смешанную избирательную систему, некоторые – чисто мажоритарную, некоторые – блоковую (многомандатные округа), разным стало разделение властей (в одних регионах формировалось как отдельный институт региональное правительство, в других исполнительную власть напрямую возглавляло высшее должностное лицо, разным был перечень должностей для назначения на которые требовалось согласие регионального парламента) и т. д. Дифференциация политических режимов регионов существенно увеличилась – наряду с успешно развивавшимися демократическими режимами (Санкт-Петербург, Карелия, Свердловская область и др.), целый ряд территорий превратились в настоящие автократии, порой значительно игнорирующие федеральное законодательство. Так, в Калмыкии, в частности, дошло до фактического назначения в 1994-м части депутатов Народного хурала республики президентом Калмыкии (9 из 27 депутатов избирались по единому списку кандидатов, выдвигаемому президентом Калмыкии). Фактически подобная система взаимоотношений центра и регионов напоминала полуфеодальные взаимоотношения короля и феодалов по принципу «вассал моего вассала – не мой вассал». Именно в это время на страницах газет появилась метафора «региональный феодализм» – пусть и не очень точная, но подразумевающая как значительный уровень децентрализации, так и авторитарный характер подавляющего большинства региональных режимов.
Во многом описанный выше процесс правовых трансформаций хронологически совпадал с процессом политического торга между федеральной исполнительной и законодательной властью и стремлением президента РФ Б. Н. Ельцина в процессе противостояния не только заменить нелояльных себе глав регионов, но и опереться на региональные элиты. В ходе конфликта со Съездом народных депутатов и Верховным Советом президентская сторона сделала ставку на руководителей исполнительной власти в регионах, позволив им значительно усилить свою власть. В дальнейшем федеральный центр зачастую закрывал глаза на нарушения в регионах федерального законодательства в обмен на политическую лояльность их глав и готовность обеспечить нужные результаты на федеральных выборах. Особенно часто это касалось «национальных» регионов[28]
.Одним из пунктов программы Б. Н. Ельцина еще при избрании Председателем Верховного Совета РСФСР в мае 1990 года было подписание Федеративного договора. Данный договор был подписан 31 марта 1992 года Б. Н. Ельциным, Председателем Верховного Совета РФ Р. И. Хасбулатовым и руководителями 86 из 88 тогда существовавших субъектов Федерации. Под договором были оставлены места для подписей представителей Татарстана и Чечено-Ингушетии (они так и не были поставлены). 10 апреля 1992 года постановлением Съезда народных депутатов РФ Федеративный договор был включен в Конституцию РФ как ее составная часть. Федеративный договор в реальности состоял из трех договоров, которые вместе им и именовались (отдельные договора о разграничении предметов ведения и полномочий между федеральными органами государственной власти РФ и органами власти суверенных республик; органами власти краев, областей, городов Москвы и Санкт-Петербурга; органами власти автономной области, автономных округов), и двух протоколов к первым двум договорам. Показательно, что даже в названии договора республики были названы суверенными.