Но требования восставших были близки и понятны многим красноармейцам (в основном выходцам из крестьян), поэтому командование часто сталкивалось с их нежеланием выполнять приказы и было вынуждено свои части пополнять или расформировывать, как «зараженные бандитизмом и массовым дезертирством», а для восстановления боеспособности личного состава применять аресты, предавать суду ревтрибунала многих красноармейцев[1012]
.В ликвидации повстанчества и бандитизма большой вклад внесли чекисты, которые применяли специальные методы борьбы. И главными из них были: внедрение агентуры в банды в целях выявления их состава и планов, уничтожали главарей банд, разлагали банды изнутри, применяли вооруженную силу по согласованию с военным командованием и др. Важным подспорьем в борьбе с бандитизмом был оперативный учет (регистрация), как составная часть наблюдения за противниками власти. В числе лиц, подлежавших регистрации, были участники повстанческого движения и бандитизма. Но, несмотря на наличие самостоятельных структур и своих войсковых формирований, учитывая их многочисленность и организованность, ВЧК не была в состоянии не только подавить мятежи и повстанческое движение, но и ликвидировать бандитизм. Поэтому предпочтение в решении этой задачи на начальном этапе было отдано частям РККА, которые координировали свои действия с аппаратом ВЧК. На втором этапе — при завершении операций, органы ГПУ-ОГПУ решали свои задачи собственными силами при активной помощи частей и подразделений РККА и частей ЧОН[1013]
.В 1919 г. для подавления мятежа на Дону в числе других были направлены командные курсы, и В.И. Ленин поручил 25 апреля Э.М. Склянскому, чтобы тот согласовал многие вопросы с Ф.Э. Дзержинским, в том числе и о направлении
Весной 1919 г. в Землянском уезде Воронежской губернии произошли выступления крестьян и дезертиров, организованные эсерами. Бандитами был разгромлен уездный комитет партии и ряд советских учреждений. По сообщению Землянского уездного исполкома, уезд оказался в катастрофическом положении. Восставшие дезертиры нарушили работу советских учреждений, прекратился сбор налогов. Медицинский персонал, не получая жалованья уже три месяца, отказался работать. Отсутствие средств грозило остановкой работы всех государственных учреждении. Уездный исполком просил выделить ему два миллиона рублей. 5 мая 1919 г. В.И. Ленин направил этот материал Ф.Э. Дзержинскому. Принятыми мерами ВЧК выступление крестьян и дезертиров было подавлено[1015]
.19 мая 1919 г. СТО поручил Дзержинскому и Склянскому «принять самые энергичные меры к тому, чтобы извлечь из страны то оружие, которое до сих пор не используется для военных надобностей, и передать его Военному ведомству». Особое внимание было обращено на Донскую область. Вместе с тем они должны проверить фактическую наличности оружия у Военного ведомства, еженедельно делая доклады в Совете Обороны по данному вопросу[1016]
.13 июня 1919 г. в фортах «Красная Горка», «Серая Лошадь» и «Обручев» вспыхнул мятеж, который по плану заговорщиков должен был послужить сигналом к восстанию в Кронштадтской крепости и в Петрограде. Чекисты, руководимые Я.Х. Петерсом и М.С. Кедровым, сумели в короткий срок выявить и взять под свой контроль нити заговора и в ночь на 14 июня нанесли упреждающий удар. Были арестованы руководители заговора в Кронштадте и на кораблях Балтийского флота, а при массовых обысках и облавах, проведенных совместно с отрядами рабочих удалось изъять 7 тыс. винтовок, более 140 тыс. патронов 600 револьверов и много другого оружия[1017]
. В ночь на 16 июня быстрыми и решительными ударами по фортам с моря и с суши мятеж был подавлен.11 июля 1919 г. по докладу Дзержинского «О восстаниях дезертиров и зеленых» СТО поручил РВС Республики принять меры к увеличению числа войск ВЧК[1018]
.В начале 1920 г. Дзержинский снова в центре событий. На севере Башкирии вспыхнуло восстание против советской власти. Положение в республике осложнилось из-за попытки руководителей Башкирского ревкома разгромить обком РКП (б). 16 февраля 1920 г. в ЦК РКП (б) Ф.Э. Дзержинским был сделан доклад о политическом положении в Башкирии. ЦК возложила на него борьбу с контрреволюцией в этой республике, а Артем (Ф.А. Сергеев) был назначен уполномоченным ВЧК по борьбе с башкирской контрреволюцией.