Дзержинский нетерпимо относился к несогласованной работе чекистов с партийными комитетами.
15 апреля 1920 г. Дзержинский телеграфирует Пятакову о том, что РКП(б) поручает ему выехать в Челябинск для расследования и принять все меры к успокоению и налаживанию нормальных отношений с губкомом: «Губчека должна работать под контролем и при полной поддержке губкома. Без этого работа губчека не может быть плодотворной»19
.В 1921 г. от секретаря Башкирского обкома РКП (б) Викмана и члена ВЦИК Зудова в ЦК РКП поступило письмо Дзержинскому и Сталину, в котором они утверждали, что посланная телеграмма за подписью БашЧК от 17 марта о заговоре ответственных работников Башкирии не соответствует действительности и является результатом паники и непонимания условий работы в Башкирии. 22 апреля 1921 г. Дзержинский отдал распоряжение И.С. Уншлихту: «Ввиду решения об отзыве Каширина, надо его немедленно отозвать, назначив Востотделу (Могилевскому) расследование по обвинению, выдвинутому обкомом»20
.Приехавший из Крыма Н.И. Бухарин рассказал Дзержинскому о секретном циркуляре Особого отдела, подписанном Вихма-ном, в котором предлагалось выбирать на партийную конференцию его сотрудников «для поднятия авторитета». 18 мая 1921 г. Дзержинский в письме к Манцеву указал, что считает издание таких циркуляров делом недопустимым и антипартийным и предлагает Вихмана «немедленно из Крыма убрать, назначив и следствие21
. Через два дня Манцев сообщил в ВЧК о том, что «Вихман уже откомандирован в распоряжение ВУЧК и должен на днях выехать из Крыма. О сообщаемом Вами меня Крымский об-ластком поставил в известность, причем им постановлено просить ВУЧК об отозвании Вихмана из Крыма и о запрещении ему работать в Чека, занеся об этом в его партийную книжку. Ваше отношение к циркуляру Вихмана вполне разделяю и по приезде Вихмана в Харьков приму соответствующие меры, о таковых уведомлю Вас»22.Дзержинский пресекал всякое нарушение партийной дисциплины. Об этом свидетельствует дело полномочного представителя ГПУ на Северном Кавказе И.В. Трушина. Как к работнику руководящего звена, к нему и ранее предъявлялись серьезные претензии. Например, начальник секретного отдела ВЧК Т. Самсонов 29 декабря 1921 г. писал: «Ввиду того, что работа по политпартиям является одной из важнейших теперешних функций ВЧК и чтотов. Трушин по политпартиям доказал свою несостоятельность,
СО ВЧК просит снять т. Трушина с ПП ВЧК и назначить на его место более толкового и опытного по политпартиям работника». Но по каким-то причинам он не был снят, а более того, повышен в должности, в 1922 г. возглавил ПП ГПУ Юго-Востока России. 2 сентября 1922 г. ЦКК РКП (б) получила от А.А. Холщевникова данные о злоупотреблении Н.В. Трушиным и его подчиненными служебным положением: необоснованные аресты, хищения и растраты денег, продовольствия и др. Ему вменили в вину необоснованный арест супругов Шишковских «без достаточного материала», обвинение их в шпионаже, избиение арестованного Шабалина. Шишковская неоднократно вызывалась в кабинет Трушина «на допрос» и находилась там до утра, затем она была освобождена и ей выделена квартира, где встречи с Трушиным продолжались. Об их сожительстве стало известно всем сотрудникам ПП ОГПУ, да и сам Трушин не скрывал этого, а даже хвастался. Шишковская по заданию Трушина посылалась в Батуми для определения на закордонную работу, но оба раза по распоряжению В.Р. Менжинского возвращалась обратно. Трушин оформил ей паспорт подданной Греции и отправил из Новороссийска в Константинополь. После получения этого заявления началось разбирательство, которое закончилось тем, что Трушина... пожурили. За него вступились А.И. Микоян и К.Е. Ворошилов, говоря о нем, как «о весьма крупном организаторе»23
.5 сентября 1922 г. к Дзержинскому приехал С.М. Буденный, который говорил о колоссальных заслугах Трушина «по борьбе с бандитизмом и на спайке с армией, спайке, которой армия его до приезда Трушина не могла добиться». И ни Буденный, ни К.Е. Ворошилов, не видели необходимости снятия Трушина с занимаемой должности. Буденный прямо указал, что «в такой большой работе могли быть и промахи, но это не основание шельмовать такого человека и угрожать выгоном из партии. Т. Буденный усиленно ходатайствует ликвидировать это дело». Дзержинский предложил членам Коллегии запросить мнение секретаря Юго-Востбюро А.И. Микояна, отозвать комиссию и в Москве рассмотреть дело Трушина - «Необходимо принять во внимание мнение Ворошилова, Буденного и действительно большие заслуги т. Трушина»24
.Материалы на Трушина были переданы в ГПУ для принятия необходимы мер по его проступкам. Ими занялся следователь Хун-дадзе, который после ознакомления с документами 17 сентября 1922 г. направил в ЦКК на имя М.Ф. Шкирятова личное письмо.