С началом войны Балтийский флот перешел в подчинение командующего 6-й армией. По его приказу от 18 июля на флот возлагалась задача: «всеми способами и средствами препятствовать производству высадки в Финском заливе». Подтверждением этой задачи, собственно, и ограничились заботы по отношению к флоту.
А между тем командование флота находилось в полном неведении о политическом положении России, об оперативной обстановке на Балтийском театре военных действий. 21 июля Колчак в донесении в Морской Генеральный штаб, для передачи «в собственные руки» представителю ВМФ при командующем войсками Северного фронта капитану 1 ранга В. М. Альтфатеру, писал: «Мы совершенно лишены сведений о противнике. Разведке нашей цена 0. Она ничего путного не дает. Точно так же командующий не имеет даже политической ориентировки…»
Далее в донесении говорилось, что подготовка флота к войне прошла очень хорошо. «Все, конечно, надо отнести на долю Николая Оттовича. Его решимость, его энергия, отсутствие всяких личных соображений определили всю работу флота за последнюю неделю. Я убежден, что мы заслуживаем лучшего флота, чем имеем. С таким адмиралом, имея флот, – что можно сделать или, вернее, что нельзя сделать. Грустно делается, когда видишь наши «главные силы» из четырех стареньких линейных кораблей, четырех жалких «крейсеров» 1-й бригады и четырех, еще более плохих, 2-й бригады. Вчера Николай Оттович развернул свои силы на позиции, и чувство какой-то обиды явилось, глядя на наши старые, утратившие реальную боеспособность корабли. Неужели же мы не заслужили настоящих кораблей; ведь есть у нас и знание, и умение, и качества не хуже, чем у других». Донесение заканчивалось словами: «Последние дни мы ждем боя и хотим его. Долго высидеть на позиции невозможно. Офицеры и команды веселы, и подъем духа у всех большой, но долго его поддерживать нельзя… Вся надежда на Николая Оттовича, и с ним будут драться на чем угодно».
Торжественный молебен в Петербурге по случаю начала Первой мировой войны.
В письме Василию Михайловичу Альтфатеру от 24 июля Колчак высказывал предположение о ближайшем вмешательстве в военные действия Швеции на стороне Германии. Он сообщал, что Эссен – сторонник активных действий против шведов, которые под прикрытием своего нейтралитета тайно поддерживают Германию. Однако главнокомандующий запрещает такие действия со стороны флота. Далее Колчак просил ускорить постройку «новиков» и дать ответ на основной вопрос: «считает ли главнокомандующий связанными нас с обязательствами не оставлять Финский залив или нет и когда это обязательство заканчивается?»
Большое внимание уделял Колчак организации связи. По его приказу устанавливается четкий порядок прохождения информации от наблюдательных постов до заинтересованных лиц. При обнаружении кораблей противника одним из постов по всему отделению объявлялась боевая тревога. Начальник отделения лично составлял донесение по проверенным данным с подчиненных постов. Телефонисты и телеграфисты передавали его на центральную станцию, в соседние отделения, на батарею, а также в рядом расквартированную воинскую часть и находящиеся вблизи корабли. Результаты разведки морской авиации передавались в штаб флота через посты связи на аэродромах. Ежедневно составлялась оперативная сводка, которая дополнялась данными радиоперехвата и прогнозом погоды. Эти сведения наносились также на карту обстановки, находившуюся у начальника службы наблюдения и связи флота. С ней знакомились командиры соединений и кораблей перед выходом в море.
Первые действия немецких военно-морских сил на Балтике против русских носили преимущественно демонстрационный характер. В последние дни июля крейсера «Аугсбург» и «Магдебург» обстреляли подходные к Финскому заливу маяки Бенгштер и Дагеропт (Кыпу) и пограничные посты у Палангена (Паланги). Еще ранее они поставили минные заграждения у Либавы, не ведая, что она уже эвакуирована. 12 и 13 августа эти же крейсера пытались проникнуть в Финский залив. Обходя свое минное заграждение, поставленное у южного входа в залив, «Магдебург» в густом тумане наскочил на камни у острова Оденсхольм.
Ночью 13 августа с сигнального поста на острове Оденсхольм по телефону донесли в Ревель, что на расстоянии двух кабельтовых в тумане на мели засело четырехтрубное судно, слышится немецкая речь. Адмирал Эссен сразу же направил туда дивизион миноносцев и крейсера «Богатырь» и «Паллада». Из Ревеля также вышла группа кораблей с высшими чинами флота на борту.
Когда с наступлением дня видимость улучшилась, обнаружили, что на мели увяз крейсер «Магдебург», а на корму ему подан буксирный трос с большого миноносца, который пытался стащить корабль на большую воду. Русские крейсера немедленно открыли огонь. Миноносец быстро ушел в открытое море. «Магдебург» попытался сопротивляться, но положение его было безнадежным. Команда взорвала носовые погреба и капитулировала. При осмотре корабля на нем были обнаружены многие документы, в том числе и радиошифрограммы германского командования и шифры.