Намечая широкие наступательные действия, Верховный правитель издал новый приказ о проведении в Сибири массовой мобилизации. В солдаты набирались прежде всего антисоветски настроенные молодые люди из зажиточных семей, во вторую очередь – крестьяне и рабочие. Командный состав формировался из бывших царских кадровых офицеров, осевших в тыловых гарнизонах, и выпускников офицерских и унтер-офицерских школ. Для обеспечения бесперебойных военных перевозок потребовалось коренное улучшение работы транспорта, особенно Великой Транссибирской железнодорожной магистрали. С этой целью в Токио было подписано соглашение об образовании Межсоюзного железнодорожного комитета. В него вошли: министр путей сообщения омского правительства Л. А. Устругов (председатель комитета), глава технического совета американский инженер Д. Ф. Стивенс, глава совета по перевозкам – японский представитель.
Между тем возникало немало проблем в тылу.
Поднимались на борьбу рабочие и крестьяне Иркутской и других губерний, но они пока действовали небольшими отрядами и группами. Среди них выделялся партизанский отряд политического ссыльного Н. А. Каландаришвили. Всю борьбу народных масс в «Колчакии» возглавило подпольное Сибирское бюро (его часто называли Уральско-Сибирским), созданное ЦК РКП/б/в декабре 1918 года из 5 человек: Ф. Голощекина, А. Масленникова, А. Нейбута, И. Смирнова и Ф. Суховерхова (Сычева). Оно, в свою очередь, образовало подпольные сибирские областные бюро, в которые входили военно-революционные штабы, крестьянские секции, отделения общества Красного Креста, паспортное и информационное бюро и редколлегия. Эти бюро или комитеты руководили партийными организациями на предприятиях, в железнодорожных мастерских, партизанских отрядах и в подпольных комитетах революционно настроенных солдат и иностранных военнопленных.
В феврале в селе Большой Улуй состоялся съезд представителей девяти волостей Енисейской губернии, в которых была восстановлена Советская власть. Съезд принял решение о развитии партизанской борьбы с колчаковцами, срыве их военных перевозок по Транссибирской магистрали. 17 февраля в селе Шитки Канского уезда восставшие крестьяне создали партизанский отряд, который позже разросся до таких размеров, что держал под своим контролем тринадцать волостей. К тому времени в Енисейской губернии, объявленной на военном положении, определились три центра партизанской борьбы: северная часть Ачинского уезда, где действовал отряд бывшего штабс-капитана П. Е. Щетинкина, Степно-Баджейская волость Красноярского уезда, ставшая районом действий отряда во главе с бывшим прапорщиком А. Д. Кравченко, и Тасеевская волость, контролируемая отрядом, руководимым бывшими политическими ссыльными Ф. Астафьевым и В. Яковлевым.
Участились революционные выступления рабочих Иркутска, Черемхова, Усолья и Бодайбо.
Размах народной борьбы вызвал со стороны властей усиление карательных мер. Колчак шел на это крайне неохотно. Он прекрасно понимал, что это – заколдованный круг: чем больше будет ужесточаться карательная практика администрации, тем больший масштаб приобретет народное сопротивление. Но, опасаясь стихийного развития партизанщины, он не мог уже разорвать этот порочный круг.
15 мая против отрядов Щетинкина и Кравченко генерал Розанов направил 12-тысячное войско при 25 орудиях и 50 пулеметах. Партизаны начали с боями отходить к реке Мана. В оставленных ими деревнях, по приказу Розанова от 4 апреля, белогвардейцы расстреливали каждого десятого жителя.
С нарастанием общенародной борьбы в Сибири ужесточались и карательные действия тыловых армейских и казачьих отрядов. Колчак, верный своему принципу – подавлять вооруженные восстания силой оружия, подписал приказ об изъятии у крестьян, явно связанных с партизанами, земель и имущества в пользу карателей. А те вопреки приказу зачастую без разбора чинили расстрелы и расправы над сельским населением, сжигали целые деревни. В феврале усилиями нового директора департамента милиции В. Н. Пепеляева в губерниях при органах министерства внутренних дел для подавления мятежников начали создаваться отряды особого назначения.
В Восточной Сибири и на Дальнем Востоке казачьи отряды Семенова, Калмыкова, Гамова, Кузнецова и других атаманов чинили произвол и насилие. В рукописном дневнике «В семеновском царстве» Г. Е. Катанаев приводит факты настоящего бандитизма и беззакония, творимых семеновцами и головорезами из других казачьих отрядов. Так, семеновские молодчики ограбили местное отделение государственного банка, изъяв из его сейфов 3,5 миллиона рублей; позже учинили поголовную порку рабочих кровельного цеха читинских железнодорожных мастерских только по подозрению их в причастности к большевикам. Все эти акции вандализма белогвардейской военщины, озлоблявшие трудящихся сибиряков, заносились ими на «лицевой» счет самого Колчака, режим правления которого получил название «колчаковщины».