Сменилось правительство. При обсуждении на правительственном совещании в Царском Селе 7–12 апреля 1906 г. «Основных законов», формулирующих суть самодержавной власти в России (они были приняты 24 апреля, за три дня до открытия 1-й Думы) и аграрной программы Витте председатель правительства подвергся резкой критике со стороны членов совещания и был вынужден 15 апреля подать в отставку. 17 апреля царь предложил составить новое правительство И.Л. Горемыкину (главному оппоненту Витте в аграрном вопросе). 26 апреля пост министра внутренних дел в этом правительстве было предложено занять П.А. Столыпину, намеревавшемуся подавить революцию сочетанием либеральных реформ с антиреволюционным террором. На следующий день, 27 апреля, Государственная дума приступила к работе.
Горемыкин принял решение передать дело на рассмотрение Судебной палаты с участием сословных представителей (ими были четверо судей, представитель дворянства Петербургского уезда граф Гудович, октябрист Тройницкий, являвшийся представителем Петербургской думы, и старшина одной из окрестных волостей). В обвинительном акте содержались обвинения членов Совета в подготовке вооружённого восстания, что подпадало под две статьи, одна из которых предусматривала каторгу до восьми лет, а другая — до двенадцати, но не исключала и смертной казни.
Получив обвинительное заключение, Троцкий написал документ под заголовком «Совет и прокуратура», в котором детально разобрал все пункты обвинений, предъявленных 52 членам Совета (остальные арестованные из этого дела были исключены). Заявление Троцкого было тайно передано социал-демократической фракции Госдумы, которая предполагала выступить с запросом. Внести запрос, однако, не удалось.
В своём документе Троцкий прибегал к разного рода политическим и юридическим ухищрениям, стремясь показать необоснованность и бессмысленность обвинительного акта. Прежде всего, он видел прямое противоречие между сущностью обвинения и той картиной деятельности, которая вменялась в вину обвиняемым. Все 52 члена Совета обвинялись в том, что они вступили в сообщество, поставившее целью
По мнению Троцкого, обвинительный акт закрывал глаза на выборный характер Совета и взамен этого рассматривал его как «союз революционеров-единомышленников». Из состава Совета искусственно выделялся его Исполком, причём игнорировался его выборный и изменявшийся характер. Исполкому приписывались решения, которые принимались Советом в полном составе. Кроме членов Исполкома обвинение требовало наказать депутатов, принимавших активное участие в деятельности Совета, однако не определяло критериев такой деятельности, в результате чего в качестве «активного участия» фигурировали контроль над входными билетами, стояние в стачечном пикете или даже собственное признание. «Безобразным произволом» Троцкий называл привлечение к суду нескольких человек, которые оказались в зале случайно в качестве гостей в день ареста, в состав Совета не входили и не произнесли на его заседании ни одного слова.
Расширяя круг возражений против обвинения, Троцкий выдвигал весьма сомнительное соображение о том, что в 1905 г. непрерывность действия правовых норм в России была нарушена.