Тем не менее одновременно с введением военно-полевых судов Столыпин начал серию социально-политических реформ в духе Манифеста 17 октября[484]
. Это предопределило обвинительный, но в то же время относительно либеральный характер предстоявшего судебного процесса по делу Петербургского Совета. Весьма важным был вопрос о том, какой линии поведения будут придерживаться члены Совета на суде. Социал-демократическое руководство занимало неопределённую позицию, что выражалось в письмах, пересланных ЦК в тюрьму Троцкому. Троцкий полагал, однако, что решения ЦК не могут иметь для подсудимых социал-демократов обязательной силы уже потому, что им необходимо было действовать солидарно с арестованными эсерами и беспартийными:Троцкий смог передать на волю письмо в ЦК РСДРП, причём подразумевая, по всей видимости, под ЦК РСДРП не только ЦК, избранный на большевистском III съезде партии, но и меньшевистский центр. По вопросам поведения на суде подсудимые «сносились одновременно с большевистским и меньшевистским центрами». Позиция Троцкого и других подсудимых была ближе к линии большевистского руководства, и подсудимые меньшевики
В письме партийным руководителям Троцкий решительно возражал против предложения последних опираться на суде на Манифест 17 октября и отрицать политическую подготовку вооружённого восстания. На совещании подсудимых было единогласно решено, что защитительные речи произноситься не будут, а подсудимые, распределив между собой «темы показаний» на суде, будут подчёркивать, что Совет являлся учреждением выборным, отражавшим взгляды и настроения масс, и идейно-организационная подготовка восстания была
Судебные заседания начались 19 сентября и продолжались на протяжении целого месяца. Это было время «первого междумья», то есть период между разгоном 1-й и созывом 2-й Государственной думы. Судебный процесс проводился относительно открыто. На суд было вызвано около 400 свидетелей. Примерно половина из них явилась на заседания. Столь низкая явка объяснялась, в частности, тем, что часть свидетелей уже отбывала наказания после вынесенных им приговоров. Другие, наоборот, находились в подполье или же в эмиграции. В числе свидетелей были люди совершенно разного социального положения — от рабочих, солдат и гимназистов до сенаторов, фабрикантов и профессоров университета. Показания свидетелей, как и самих обвиняемых, были источником огромной важности для истории Совета и революции в целом, и Троцкий это отчётливо понимал. Вскоре он выражал глубочайшее сожаление, что стенографический отчёт процесса не издан: он должен был бы составить несколько объёмистых томов, содержащих