В годы Великой Отечественной войны А. Е. Голованов командовал дальнебомбардировочным авиационным полком, авиационной дивизией дальнего действия, был командующим Авиацией дальнего действия. Он принимал непосредственное участие в боевых действиях по бомбардировке объектов противника, умело организовывал выполнение боевых задач вверенными ему авиационными частями и соединениями, мобилизовывал подчинённых на разгром врага, проявляя при этом личные мужество и храбрость. В послевоенный период А. Е. Голованов занимал ряд ответственных постов. В 1953 году по болезни был уволен в запас.
На всех участках, которые ему доверялись, А. Е. Голованов проявлял большое трудолюбие, активность, принципиальность, чуткость и внимание к людям. Он внёс заметный вклад в развитие Дальней авиации, в разработку и осуществление принципов её боевого применения.
Заслуги А. Е. Голованова высоко отмечены Советским государством. Он награждён двумя орденами Ленина, тремя орденами Красного Знамени, тремя орденами Суворова I степени, орденом Красной Звезды и многими медалями.
Светлая память об Александре Евгеньевиче Голованове, боевом товарище, пламенном патриоте социалистической Родины, видном советском военачальнике, навсегда сохранится в наших сердцах.
А. А. Гречко, Б. П. Бугаев, И. И. Якубовский, В. Г. Куликов, А. А. Епишев, С. Л. Соколов, В. Ф. Толубко, И. Г. Павловский, П. Ф. Батицкий, П. С. Кутахов, С. Г. Горшков, К. С. Москаленко, С. К. Куркоткин, Н. Н. Алексеев, Н. В. Огарков, А. Т. Алтунин, A. В. Геловани, Н. И. Савинкин, Н. И. Шкадов, Г. В. Средин, И. М. Мороз, А. Н. Ефимов, А. П. Силантьев, И. И. Пстыго, П. С. Кирсанов, В. З. Скубилин, М. Н. Мишук, В. С. Логинов, B. В. Решетников, Г. Н. Пакилев, П. И. Батов, А. А. Новиков, В. А. Судец, С. И. Руденко, С. А. Красовский, Ф. А. Агальцов, Н. С. Скрипко, Г. Г. Гурьянов.
Воины Советских Вооружённых сил, трудящиеся столицы 24 сентября проводили в последний путь видного советского военачальника, Главного маршала авиации Александра Евгеньевича Голованова, посвятившего всю свою сознательную жизнь служению социалистической Родине, укреплению её оборонного могущества…
Краснознамённый зал Центрального дома Советской армии имени М. В. Фрунзе, где установлен гроб с телом А. Е. Голованова, в траурном убранстве. Вокруг постамента венки от Министерства обороны СССР, Министерства гражданской авиации СССР, Генерального штаба Вооружённых сил СССР, Главного политического управления Советской армии и Военно-морского флота, Военного совета и политуправления ВВС, Советского комитета ветеранов войны, от родных и близких Александра Евгеньевича Голованова.
В 11 часов открывается доступ в Краснознамённый зал. Первыми траурную вахту несут члены комиссии по организации похорон, которую возглавляет командующий Дальней авиацией (1969–1980) Герой Советского Союза, генерал-полковник авиации В. В. Решетников.
В скорбном молчании перед гробом проходят воины столичного гарнизона, слушатели военных академий, трудящиеся Москвы. В почётный караул становятся заместители министра обороны СССР: Главнокомандующий ВВС Главный маршал авиации П. С. Кутахов, генерал-полковник-инженер Н. Н. Алексеев, генерал армии Н. В. Огарков, генерал-полковник А. Т. Алтунин, заместитель начальника Генерального штаба Вооружённых сил СССР генерал-лейтенант В. Я. Аболинс, заместитель начальника Главного политического управления Советской армии и Военно-морского флота генерал-лейтенант А. Г. Шелепин, генерал-лейтенант В. А. Гончаров, заведующий сектором отдела ЦК КПСС А. Е. Волков, генерал-полковник-инженер М. Н. Мишук, генерал-лейтенант авиации А. Н. Медведев, генерал-лейтенант авиации Н. А. Цымбал.
Проститься со своим соратником пришли Маршалы Советского Союза И. X. Баграмян и П. К. Кошевой, Главный маршал бронетанковых войск П. А. Ротмистров, генералы армии и маршалы родов войск, генералы, адмиралы, офицеры, ветераны Великой Отечественной войны.
В полдень под звуки траурной мелодии гроб с телом покойного выносится из Краснознамённого зала.
Траурный митинг на Новодевичьем кладбище открыл генерал-полковник авиации В. В. Решетников (командующий Дальней авиацией). Тепло и проникновенно говорили о покойном маршал авиации Н. С. Скрипко, генерал-лейтенант авиации запаса С. Я. Фёдоров, генерал-лейтенант-инженер в отставке Н. А. Захаров.
Раздаются залпы ружейного салюта, звучит Государственный гимн Советского Союза – последние воинские почести Главному маршалу авиации Александру Евгеньевичу Голованову.
«Красная Звезда», 25 сентября 1975 года
Главный маршал авиации А. Е. Голованов – пожалуй, единственный командующий Воздушной армией, который за годы войны не стал Героем Советского Союза! И не потому, что он этого звания недостоин! А просто потому, что А. Е. Голованов был весьма скромен и ни на что не претендовал. А Сталин, скорее всего, упустил это из виду…