Как ни кратковременно было двухлетнее супружество Марии, она и за этот срок насмотрелась резни и ужасов. Она была свидетельницей неудавшегося протестантского восстания в Амбуазе и жестокого его подавления с пытками, публичными казнями на площадях, колесованием и четвертованием заживо – всем изощренным мучительствам, отличающим это страшное время.
В странном сочетании с этими зверствами протекала утонченная жизнь двора, его увеселения, балы, празднества и театральные представления. Есть указания на то, какое впечатление производила и какое место занимала Мария в этом круге.
Старший ее современник, французский придворный Брантом, рисует ее в своих записках красавицей и всеобщею любимицей. Будущая ее нетерпеливая страстность и нравственная неосторожность зародились в этом блестящем, бездушном и распущенном кругу, но еще не определились. Всесторонне образованная в духе Сен-Жермена того времени, говорившая и писавшая на многих языках, Мария была наделена от природы незаурядным поэтическим даром. Ронсар до рождения Марии Стюарт служил у ее отца в пажах в Шотландии. Ронсар был теперь ее учителем в Париже. Брантом часто приводит французские стихотворения Марии, пережитые, сосредоточенные, убеждающие, полные печальной выразительной силы.
Почти в эти же дни умерла Мария Гиз, мать Марии, правившая за нее в Шотландии регентшею. Мария отправилась в далекое, по наследству доставшееся ей, раздираемое междоусобиями, почти незнакомое королевство.
Написавший трилогию о Марии Стюарт английский поэт Суинберн именно этими днями возвращения Марии в Шотландию открывает свою первую трагедию о ней. Первоначальную, коренную вину Марии, влекущую за собой позднейшее, долго тянущееся воздаяние, ту вину героини, в которой трагик нуждается как в завязке для своего драматического построения, Суинберн видит в поведении Марии тех дней, в ее стремительном, безоглядном легкомыслии. Внутренне безобидное, простодушное, оно часто вело к гибельным последствиям, неотвратимым, смертоносным. Мария была новым человеком среди местных условий и их особенностей, она их не знала. Она не знала людей, с которыми политически сближалась. Человека, которому она сегодня оказывала предпочтение, она завтра под давлением обстоятельств забывала. Она не знала, что каждый шаг ее как-то оценивается и что-то значит и что, нечаянно лишая человека покровительства, она его губит. Она не соразмеряла действия своих движений и слов, она преуменьшала опасность, которой подвергала людей, очаровывая их, и эту беззаботность, по мысли Суинберна, судьба потом ей попомнила.
Заговоры, волнения и беспорядки не были новостью в Шотландии. Начиная с четырнадцатого века сильная и непокорная знать враждовала в ней с королями из дома Стюартов. Почти все они, не дожив до старости, кончали насильственной смертью. Новым оружием этой аристократии против верного католичеству корлоевского дома было пуританство. Оно очень распространилось среди простого народа и сближало с ним мятежных вельмож.
Мария застала в Шотландии дела еще более сложные и запутанные, чем во Франции. Она стала искать опоры в чуждой ее душе протестантской партии. Вождем недовольных лордов был Муррей, двоюродный брат Марии. Марии все больше и больше приходилось ладить и сговариваться с людьми неприятными ей и которые на самом деле ее отталкивали. Вторым браком она вышла замуж за другого своего родственника, лорда Дарнлея, страстно влюбленного в нее, красивого, вздорного и неопытного юношу. Вскоре он из неосновательной ревности на глазах у Марии заколол ее секретаря Риццио. Мария не забыла ему это и не простила. Она не помешала новому своему ухаживателю, силачу и сумасброду графу Ботвелю, которым она увлеклась до самозабвенья, разделаться с соперником и после убийства Дарнлея отдала свою руку убийце Ботвелю, который стал ее третьим мужем.
Эти происшествия не ограничивались личною жизнью Марии. Они сопровождались политическими брожениями. им сопутствовало образование в обществе дружественных и враждебных Марии группировок, с которыми Мария заключала союз или боролась. В Шотландии происходили восстания, начиналась и все жарче разгоралась гражданская война. Мария набирала войска и то побеждала, то терпела поражения и отступала. Весной 1568 года она с верными ей отрядами оттеснена была к южной границе Шотландии, перешла ее и вынуждена была обратиться к Елизавете с просьбой о пристанище. В мягкой и неоскорбительной форме, походившей на почетный домашний арест, Елизавета приказала взять ее под стражу. Начались мытарства девятнадцатилетнего тюремного заключения Марии. Ее переводили из замка в замок. Условия ее содержания постепенно ухудшались. Особенно изменились они резко к худшему с переводом ее к Паулету в Фотерингей, в последние четыре года ее пребывания под стражей, когда участились и ранее происходившие в ее пользу восстания английских католиков и отдельные попытки силою освободить ее самоотверженных, слепо преданных ей одиночек.