Резкий рост числа арестованных сразу после начала войны объяснялся вовсе не активизацией «контрреволюционеров». Арестовывали тех, кто находился на учете. Об этом ясно говорилось в отчете Молотовского областного суда о работе во второй половине 1941 года: «В мирное время были терпимы на свободе люди, в отношении которых имелись не совсем ясные материалы об их преступной деятельности. В военной же обстановке эти элементы на свободе терпимы быть не могут. Они были арестованы и преданы суду». Если в первом полугодии Молотовским облсудом приговоры выносились в среднем по 83,1 дела в месяц, то во втором — по 239,6. Кировский областной суд рапортовал о расстрелах участников Степановского мятежа в Нолинске в 1918 году, воров-рецидивистов, деятелей «православно-монархического подполья».
Волна репрессий, прокатившихся по стране во втором полугодии 1941-го — начале 1942 года, по ряду параметров напоминает «второе издание» Большого террора. Как и в 1937–1938 годах, репрессии носили превентивный характер и осуществлялись на всей территории страны, обрушившись на «подозрительных» не только в прифронтовых районах, но и на территориях за тысячи километров от театра боевых действий; объектами репрессий прежде всего стали определенные категории населения; наконец, период Большого террора напоминает крайняя жестокость приговоров. Если число осужденных судами РСФСР по 58‐й статье во втором полугодии 1941 года возросло в 1,4 раза по сравнению с первым, то число приговоренных к смертной казни — почти в 11,5 раза.
Во втором полугодии 1941 года были арестованы 1480 «церковников и сектантов». Можно с уверенностью утверждать, что число репрессированных по этой категории было существенно выше. Сведения по второму полугодию явно неполны в связи с оккупацией нацистами Украины, Белоруссии, Прибалтики, Молдавии, ряда областей РСФСР. В статистических сведениях НКВД за тот год даже отсутствует традиционная таблица со сведениями о числе арестованных по территориальным и структурным органам НКВД.
В литературе встречаются утверждения, что с первых дней Великой Отечественной войны «кое-что начало меняться» в отношении религии и Церкви, прекратилась антирелигиозная пропаганда, а советское государство начало «поиски новых отношений с религиозными организациями»; изменилась государственная политика по отношению к Московской патриархии: действительность заставила Сталина, руководство ВКП(б) «перейти к диалогу во имя единства верующих и атеистов в борьбе с общим врагом России». «Уже в первый период войны… практически прекратились аресты священнослужителей».
Причина сравнительно небольшого числа арестов священников объясняется прежде всего тем, что «арестовывать стало практически некого», ибо к началу войны подавляющее большинство священников уже были репрессированы. Только в 1937 году были репрессированы как минимум 33 382 «служителя религиозного культа», а всего по категории «духовенство, сектанты» — 37 331 человек. В 1938 году по категории «сектантско-церковная контрреволюция» — 13 438 человек. По-видимому, большинство из них были расстреляны. На территории современной Новгородской области в 1937–1938 годах «было расстреляно не менее 83 % священников, служивших на приходах Московской патриархии на начало 1937 г.: 298 человек из 362» (судьба еще нескольких десятков неизвестна); из 315 храмов, действовавших на начало 1937 года, осталось три. Аналогичная картина наблюдалась и в других областях. В Орловской области с 1 октября по 31 декабря 1937 года были осуждены «1667 церковников и сектантов, в том числе расстреляно 1130 человек, а к концу 1941 года всего осуждено по религиозным мотивам 1921 человек, из них 1209 к расстрелу… С октября по декабрь 1937 года в Орловской области практически все духовенство было ликвидировано». К началу войны в современных границах области остались две действующие церкви.