Двадцать седьмого июня 1941 года был арестован возведенный в сан архиепископа в марте того же года Николай (Могилевский). В 1925–1927 и 1932–1937 годах он находился в заключении. Освободившись из лагеря, жил на покое в Егорьевске Московской области, затем в Киржаче Ивановской, время от времени наезжая в Москву. Был близок к Патриаршему местоблюстителю Сергию, исповедовал его и помогал в ведении дел Московской патриархии. Служил время от времени в московских храмах. Николая вывезли в Саратов; во время следствия он находился в тюрьме. Архиепископа обвиняли в том, что он, отбыв наказание, «возобновил антисоветскую деятельность». «Снабжал приезжавших епископов западных областей Украины, Белоруссии и прибалтийских республик антисоветской клеветнической информацией о положении религии в СССР с целью вызова недовольства среди верующих». В марте 1941 года на встрече с епископами, приезжавшими из западных областей УССР, заявил: «Большинство епископов в СССР находятся в ссылках… Советская власть усиливает свое давление на Церковь и верующих». Епископу Острожскому Симону (Ивановскому) Могилевский якобы говорил: «Вас на Западной Украине ждет то же, что пережили мы здесь. Будьте готовы к разгрому церкви и к террору над духовенством, к колхозным насилиям и к другим подобным прелестям».
Двадцать восьмого августа 1941 года Особое совещание приговорило Николая по статьям 58–10, ч. 2 и 58–11 к пяти годам ссылки в Казахстан. Приговор на фоне прочих на первый взгляд кажется «вегетарианским». На самом деле шансы 64-летнего архиепископа пережить ссылку были невысоки. Его продержали в тюрьме полгода, затем в арестантском вагоне отправили к месту назначения. Охранники вытолкали Николая на станции города Челкар Актюбинской области зимой в одном белье и рваном ватнике. Выжил он чудом и милостью добрых людей.
Председатель ВС УССР К. Т. Топчий в докладной записке о делах, рассмотренных в период с 15 июля по 1 августа 1941 года, писал: «Из рассмотренных Верховным Судом контрреволюционных дел обращают на себя внимание дела о деятельности разных антисоветских церковных групп, которые в последнее время расширили свою деятельность». Наиболее масштабным из приведенных Топчием процессов было рассмотренное Запорожским областным судом дело Красновского — бывшего епископа Московской епархии «и других в количестве 6-ти человек (все бывшие монашки и попы)». Все подсудимые были приговорены к расстрелу за то, что являлись «участниками контрреволюционной организации „Тихоновцев“, организовали подпольную церковь на квартире одного из членов этой организации, проводили подпольно религиозные обряды, собирались на нелегальные собрания, на которых проводили контрреволюционные разговоры, заявляли… что советская власть послана человечеству за грехи». Епископ Клинский, викарий Московской епархии Гавриил (В. В. Красновский) был арестован еще 9 апреля 1941 года. В конце 1920‐х годов он «отделился» от митрополита Сергия (Страгородского); с 1936‐го жил в Геническе, служил тайно. Епископа Гавриила и других осужденных по этому делу расстреляли 18 августа 1941 года.
Архиепископ Вологодский Стефан (Н. И. Знамировский) «отделился» от митрополита Сергия (Страгородского) в 1927 году, однако уже в 1929‐м с ним воссоединился. Неоднократно арестовывался, находился в заключении и ссылке. Освободился после трехлетнего заключения из Верхне-Човской колонии в Коми АССР в июне 1941 года, за неделю до начала войны. Девятого августа 1941 года был вновь арестован и отправлен обратно в колонию. Семнадцатого ноября 1941 года ВС Коми АССР приговорил его к расстрелу за «проведение во время заключения в ИТК к/р агитации, направленной на поражение существующего строя и восстановление капиталистического строя и религии, проведение в лагере треб и молебнов». Расстрелян в Сыктывкаре 18 марта 1942 года.
Тринадцатого июля 1941 года был арестован архиепископ Куйбышевский Андрей (А. А. Комаров), однако 7 сентября его освободили в связи с прекращением дела. Возможно, начал сказываться поворот в отношении к РПЦ.
Большинство репрессированных в годы войны за веру — «простые» люди. По-видимому, относительное большинство из них — «истинно-православные христиане», не принимавшие «сергианскую» церковь. Многие верующие были повторно осуждены в лагерях. Характерной чертой многих дел была высокая доля женщин и исключительная жестокость приговоров.
Карагандинский облсуд как будто поставил истребление верующих женщин-заключенных на конвейер. Седьмого августа 1941 года постоянная сессия Карагандинского облсуда при Карлаге приговорила Наталию Твердохлебову, Магдалину Сницер и Веру Дворникову по статьям 58–10, ч. 2 и 58–14 к расстрелу за то, что они «в целях контрреволюционного саботажа под видом религиозных убеждений отказывались от выхода на работу, проводили к/р агитацию, направленную на поражение Советского Союза в войне, дискредитирующую коммунистическую партию и Советскую власть».