В ходе освобождения от оккупантов зимой и весной 1942 года 27 районов Московской области в числе прочего «антисоветского элемента» НКВД арестовал 10 «служителей религиозного культа». Кроме того, в качестве «социально чуждого элемента» арестовали 15 бывших «служителей религиозного культа» и 16 «детей служителей религиозного культа».
Смягчение карательной политики, начавшееся с марта 1942 года, вызвало протест немалого числа судебных работников, которых совсем недавно тот же самый Верховный суд СССР ориентировал на ее ужесточение. Зам. председателя ВС РСФСР С. А. Пашутина критиковала ВС СССР за либеральное отношение к осужденным, выразившееся в замене «ВМН лишением свободы лицам классово чуждым Советской власти: б[ывшим] кулакам, белогвардейцам,
Год спустя после начала войны одна из высших чиновниц в российской судебной иерархии не ведала о каком-либо изменении официальной политики в отношении «служителей культа». Причина очевидна: реального изменения политики в отношении верующих не произошло.
Какое-либо влияние религии или религиозных институций в армии не допускалось. К примеру, военной цензурой Сталинградского фронта конфисковывались направленные на фронт «религиозные» письма наряду с «упадническими», содержащими «побуждение к дезертирству», «жалобы семей военнослужащих», «сообщения о результатах бомбежек вражеской авиацией». Все они маркировались как содержащие «отрицательные высказывания».
Открыть и содержать свой лазарет прихожанам Князь-Владимирского собора в Ленинграде не разрешили: «подобная конкретная благотворительная деятельность осталась под запретом и после начала войны. Приходам позволяли перечислять деньги только в общие фонды: Красного Креста, обороны и т. п.» В апреле 1943 года по предложению епископа Калужского Питирима местные «церковники» приняли шефство над одним из госпиталей. Это быстро вызвало соответствующую реакцию НКГБ. Уже 12 мая 1943 года зам. наркома НКГБ СССР Б. З. Кобулов докладывал А. С. Щербакову: «НКГБ СССР приняты меры к недопущению впредь попыток со стороны церковников входить в непосредственные сношения с командованием госпиталей и ранеными
Мало что в этом отношении изменилось и после «примирения» с Церковью в сентябре 1943 года. Капитан М. М. Коряков, военный корреспондент при штабе 6‐й воздушной армии, 21 мая 1944 года сообщил старосте церкви местечка на Волыни, в котором стояла редакция его газеты, о кончине патриарха Сергия. В тот же день в церкви отслужили панихиду. Это было интерпретировано его начальством как то, что Коряков панихиду заказал. В ходе проработки ему разъяснили «политику партии»: «Если мы сейчас даже с такой сволочью, как Черчилль, находимся в коалиции, то могли войти на время в соглашение и с попами… после войны мы сведем счеты и с поповской сволочью». Коряков был отстранен от литературной работы как «идеологически чуждый человек» и отправлен в пехоту.
Снижение масштабов и смягчение жестокости репрессий против «церковников и сектантов» не означало их прекращения. В 1942 году были репрессированы 1106 человек. При этом численность населения, оказавшегося на оккупированных территориях, в то время достигала своего максимума — приблизительно 68 млн человек. Не прекращались репрессии даже в блокадном Ленинграде. По данным Управления НКВД по Ленинградской области на 1 октября 1942 года, с начала войны в Ленинграде было «вскрыто и ликвидировано 625 контрреволюционных групп и формирований, из них 7 церковносектантских». В июне — июле 1942 года были арестованы 18 членов нелегальной общины иосифлян во главе с архимандритом Клавдием (К. С. Савинским). Третьего августа 1942 года ВТ войск НКВД Ленинградского округа приговорил архимандрита Клавдия, монахиню Евдокию (Е. П. Дешкину) и А. Ф. Чистякова к расстрелу (казнены 18 августа), остальных 15 подсудимых — к различным срокам заключения.
Продолжалось истребление верующих женщин в лагерях. Свердловский облсуд 4 июля 1942 года приговорил к расстрелу Елену Стребкову, Марию Кузнецову, Анну Гаврилову и Дарью Назарову за то, что они «под прикрытием религиозных убеждений категорически отказались выходить на работу». Осужденные отказались не только подписать приговор, но и выслушать его. Четырнадцатого сентября 1942 года их расстреляли. Двадцать девятого июля 1942 года Карагандинский облсуд приговорил к расстрелу Марию Быковскую, Агафью Буркину, Афимию Гудееву-Атапину, Елену Дуванскую за организацию «контрреволюционной группы», в которую они «вовлекали новых участников, проводя среди заключенных под видом религиозных собеседований антисоветскую агитацию». Все «агитаторы», трое из которых были неграмотными, а одна — малограмотной, были расстреляны 20 октября 1942 года.