Исчезновение со страниц газет и журналов антирелигиозной пропаганды объяснялось прежде всего давлением со стороны союзников: им стремились угодить если не на деле, то хотя бы на словах. Первое упоминание о патриотической деятельности РПЦ появилось в советской печати 16 августа 1941 года. Почин положила «Правда». Несомненно, сама публикация с позитивным упоминанием деятельности верующих появилась не случайно. Столь же несомненно, что обнаружить это упоминание мог только очень внимательный читатель. В разделе «Фонд обороны» в маленькой корреспонденции из Харькова, озаглавленной «Взносы растут с каждым днем», наряду с информацией о внесении в фонд обороны трудящимися Харькова 4 млн 184 тыс. рублей, золотых изделий двумя испанскими эмигрантами, а также гражданами Межейка и Высоцкой, сообщалось: «В сберкассу Кагановичского района поступило следующее заявление от гражданина В. Е. Секалова: „По решению церковного совета Казанской религиозной общины (тихоновской ориентации) перечислено 11 007 рублей в фонд обороны. Совет просит опубликовать в местной прессе“».
Это была не единственная публикация на «религиозную» тему в этом номере «Правды». Ей были посвящены две специальные заметки: «Выступления католического духовенства Голландии против фашистов» и «Преследования католиков в оккупированной Польше». В последней заметке сообщалось, что германскими фашистами были арестованы или сосланы более половины священников Лодзинской области, «под арестом оказался также епископ». «Немцами были запрещены венчания по католическим обрядам. Многие монастыри и церкви превращены в гостиницы и дансинги». Последний текст можно было бы счесть провокацией: сравнения напрашивались.
Патриарший местоблюститель в послании от 22 июня 1941 года писал: если «молчаливость пастыря, его некасательство к переживаемому паствой объяснится еще и лукавыми соображениями насчет возможных выгод на той стороне границы, то это будет прямая измена родине и своему пастырскому долгу». Он, несомненно, предвидел, что немало священнослужителей будет не слишком опечалено исчезновением советской власти. Но вряд ли мог предположить, что кошмар материализуется так скоро и так «близко». Бывший управляющий делами Московской патриархии, экзарх Прибалтики митрополит Сергий (Воскресенский) уклонился от эвакуации, спрятавшись в крипте Рижского собора, пошел на сотрудничество с оккупантами и занял однозначно антисоветскую позицию.
Не способствовала повышению доверия власти к Церкви и деятельность на оккупированной территории иерархов меньшего калибра, так же как сотен священников, служивших в стремительно открывавшихся при содействии или при молчаливом согласии оккупантов храмах. Всего их на оккупированной территории РСФСР, Белоруссии и Украины было открыто свыше восьми тысяч.
После оккупации Ростова-на-Дону немцами в июле 1942 года живший на покое архиепископ Ростовский Николай (Амасийский) возглавил епархиальное управление. В это время в городе оставался один действующий храм. Престарелый архиепископ Николай (1859 г. р.) неоднократно подвергался арестам и ссылкам, из последней ссылки — в Казахстан — вернулся в 1941 году. Его сын священник Николай Николаевич Амасийский в 1937 году был приговорен к десяти годам лагерей и в 1938 году умер в заключении. К моменту освобождения города в феврале 1943 года в Ростове-на-Дону действовали 8 храмов, в Ростовской области — 243. Епископ Таганрогский Иосиф (Чернов) также вновь возглавил епархию. Чернов вернулся в Таганрог в декабре 1940 года, отбыв пятилетнее заключение в лагере в Коми АССР. Из Таганрога был выслан в Азов, где работал сторожем и истопником в детских яслях.
Так что на одной чаше весов лежали слова Патриаршего местоблюстителя Сергия (Страгородского), а на другой — дела Сергия младшего (Воскресенского). Судя по всему, словам Сергия «старшего» советская власть не слишком доверяла. Эвакуация Патриаршего местоблюстителя из Москвы 14 октября 1941 года вместе с лидером обновленцев митрополитом Александром Введенским и старообрядческим архиепископом Иринархом (Парфеновым) носила не слишком добровольный характер (Сергий был болен) и больше напоминала высылку. Об этом говорил и первоначальный пункт назначения — Чкалов (Оренбург). Она была осуществлена с единственной целью — не допустить возможности захвата и дальнейшего использования церковных иерархов немцами. Лишь тяжелая болезнь престарелого местоблюстителя привела к изменению места пребывания: им стал Ульяновск, в то время районный центр Куйбышевской области с населением 110 тыс. человек.