Англичане нанесли ответный удар. Посол Джером Боус, жалуясь на то, что английским купцам не делается послаблений в торговле, объяснял это тем, что конкуренты-голландцы подкупили трех главных царских советников — Никиту Романовича Захарьина-Юрьева, Богдана Бельского и Андрея Щелкалова. Купцы якобы взяли у них взаймы деньги под большие проценты, за что и платили каждому из этих царских слуг по 5 тысяч рублей ежегодно.
Выдвигались против нашего героя и другие обвинения. В 1588 году «дело Щелкалова» разбирала сама королева Елизавета. Поводом стал арест в Москве английского купца Антона Мерша, который набрал денег в долг у бояр, купцов, монахов и даже у самого Бориса Годунова, и отказался расплачиваться. Сумма была по тем временам огромная — 23 тысячи рублей. Мерш во всем обвинил… Андрея Щелкалова: дескать, так велел ему поступить московский «канцлер». Впрочем, когда новый английский посол Джильс Флетчер передал эти показания царю Федору Ивановичу, то в ответ услышал, что «Мерш — вор ведомый, сказал слова ложные», а также что то «диво великое, что королевнины думные люди не умели такого ведомого вора обличить в своей земле, обыскать об его воровстве его же товарищами».
Временный правитель
Первые месяцы после смерти Ивана IV Москву сотрясав ли волнения и заговоры. Уже на следующий день после кончины Грозного последовала внезапная высылка в Углич многочисленного клана Нагих во главе с царицей Марией, последней супругой Ивана IV (новые власти отказались признать этот брак законным). Переворот, затеянный Богданом Бельским, не увенчался успехом, и фаворита Грозного сослали в Нижний Новгород.
Вскоре в политическую борьбу вступил главный боярин Думы князь Иван Мстиславский. Он потребовал от царя Федора Ивановича развестись с женой Ириной по причине ее бесплодия. Для Бориса Годунова развод означал опалу.
На помощь Годунову пришел Щелкалов. Историки утверждают, что именно Андрей Яковлевич сыграл решающую роль в борьбе с Мстиславским. Иван Тимофеев (работавший под началом Щелкалова) называл главного дьяка думы наставником Бориса, научившим его «одолевать благородных».
Каким же образом действовал Щелкалов?
Одним из активных сторонников князя Мстиславского был главный казначей Петр Головин. По словам Р. Г. Скрыпникова, «более века Головины из поколения в поколение служили главными финансистами при московских государях. Но никогда они не распоряжались государственной казной так бесконтрольно, как при Федоре». По совету Щелкалова Борис Годунов на заседании правительства поднял вопрос о полной ревизии казны. Хищения оказались столь велики, что суд приговорил Петра Головина к смерти, его брата Владимира, другого казначея, — к ссылке и конфискации имущества. Третий брат, Михаил Головин, бежал в Польшу. Самого Мстиславского обвинили в попытке покушения на Годунова (якобы с этими целями князь зазывал царского шурина к себе на пир) и предложили по-тихому уйти на покой, приняв монашество в Кирилло-Белозерском монастыре.
Именно в это время Щелкалов достиг наивысшей власти. Исаак Масса отмечал позднее: «Во всех областях и городах ничего не делалось без его ведома и желания… Борис, считая его необходимым для управления государством, был очень ковским: одного из них зовут Борисом Федоровичем Годуновым… а другой — временный правитель или нечто вроде этого — Андрей Щелкалов», и многие считают, что «положение Щелкалова более прочное, чем у зятя князя»…
Учреждение патриархии
Отличным дипломатом (хотя и на российский, несколько своеобразный, манер) Андрей Щелкалов показал себя в 1588 году, когда царь Федор Иванович поручил ему и Борису Годунову вести переговоры с константинопольским патриархом Иеремией но поводу учреждения патриаршества в Москве. Дьяку удалось выяснить, что Иеремия терпит большие притеснения от турецкого султана, обеднел и залез в долги. Именно поэтому высокого гостя, прибывшего в Москву за финансовой помощью, приняли по-царски: отвели ему роскошные хоромы, осыпали дарами, из дворца доставляли изысканную еду и обильное питье. Однако почти на год патриарха полностью изолировали от внешнего мира. Ему даже запретили покидать двор. Андрей Щелкалов регулярно заводил с Иеремией разговоры о необходимости учредить патриаршество на Руси, обещал тому дорогие подарки, богатое содержание и даже города и области в управление. (Когда один из сопровождающих Иеремию иерархов — митрополит Иерофей — высказался против «поставления» московского патриарха, Щелкалов пригрозил утопить его в реке; другого сопровождающего — епископа Арсения Елассонского — он просто подкупил: во время прощального приема тот попросил у царя Федора Ивановича разрешения остаться в России).