Вернувшись в Псков, Шах-Али, по словам Б. Рюссова, направил епископу Герману письмо, в котором писал:
Первый акт ливонской драмы был сыгран, занавес опустился. За кулисами началась подготовка ко второму акту.
В современной западной историографии существует концепция, согласно которой раннемодерные государства (а Россия Ивана Грозного, вне всякого сомнения, может быть отнесена к таковым) являлись (по сравнению с современными) достаточно рыхлыми и слабо консолидированными – «лоскутными» (composite states). Сшитые, что называется, на живую нитку и представляющие собой конгломерат территорий и регионов, различающихся по уровню своего развития и свято хранящих память о своей «старине», эти государства были основаны не только и не столько на насилии, но и на компромиссе между верховной властью и местными провинциальными элитами. Компромисс этот заключался, в частности, и в том, что верховная власть допускала эти элиты к участию в управлении государством (хотя бы и на местном уровне), гарантируя им в обмен на лояльность сохранение прежних привилегий и «вольностей». Русское государство в этом отношении мало чем отличалось от своих европейских современников, и в его составе были области, которые, как отмечал отечественный историк М.М. Кром, «в обмен на лояльность пользовались в течение определенного времени значительной автономией».
Псков и Новгород (а отчасти, судя по всему, и весь Северо-Запад, в том числе и Тверь), по мнению многих российских исследователей, как раз относились к числу таких территорий, сохранивших значительную внутреннюю (и не только) автономию. Сохранение этой «особости» Северо-Запада было обусловлено целым рядом объективных причин. Здесь и известная экономическая обособленность Новгорода и Пскова от остальной Русской земли («Низа»), обусловленная с одной стороны, давними торговыми (и в определенной степени политическим и культурными) связями региона с Западом (через Ливонию и посредством Ганзы), а с другой стороны – неразвитостью инфраструктуры, которая прочно бы связывала «Низ» и Новгород в единый экономический организм. Другая причина – это аналогичная обособленность новгородской служилой корпорации, а также новгородских «гостей» и дома св. Софии, которые к тому же к середине XVI века прочно срослись с новгородской же бюрократией.
До поры до времени эта обособленность вполне устраивала равно и новгородских служилых людей, и «гостей», и «освященный чин», поскольку гарантировала им при невмешательстве московских властей известную степень свободы во внутриновгородских делах. При этом они имели все основания требовать внимания к своим нуждам в обмен на свою лояльность, угрожая в противном случае неповиновением (как это было в дни мятежа Андрея Старицкого или во время дворцового переворота в январе 1542 года). Однако со 2-й четверти XVI века новгородская элита стала испытывать все нарастающие трудности. Служилых людей все более и более волновал земельный вопрос, ибо четко обозначилась тенденция к сокращению числа как крупных, так и средних поместий, при одновременном росте числа мелких и мельчайших поместий, компенсировать же падающие доходы с земли за счет службы не представлялось возможным из-за все той же обособленности – путь «наверх», возможность сделать карьеру при царском дворе для выходцев из Новгорода были затруднены. Сложные времена переживали и новгородские «гости» вместе с домом св. Софии, столкнувшиеся с последствиями шедшей полным ходом экономической трансформации, о которой шла речь прежде.