Лу и Пауль жили вместе до 1885 года в Берлине, однако любовниками они не стали, таким было её условие. В Берлине они собрали вокруг себя группу друзей-учёных, в которую входили литераторы, историки, философы, психологи, педагоги, геологи, путешественники.
Пауль нашёл радикальное средство нейтрализовать интеллектуальных соперников, предложив Лу уехать в санаторий Грис-Меран в Австрии, чтобы в тиши поработать там над своими книгами. Она — над «Борьбой за Бога», он над «Восстанием совести».
Лу позднее всегда лукаво недоумевала, почему её первая книга была столь доброжелательно встречена критикой. По её словам, она писалась с весьма утилитарной целью — оттянуть, под предлогом серьёзной писательской работы, вновь было нависшую угрозу возвращения в Петербург. Родные Лу опять смирились, но потребовали не впутывать в «авантюру» фамилию семьи. И книга вышла под мужским псевдонимом Генри Лу. Тем не менее эта первая беллетристическая проба пера была встречена с энтузиазмом и оценена позитивно.
Даже Ницше из своего уединения ознакомился с обеими книгами и выразил своё мнение:
Возможно, Ницше был польщён откровенной попыткой Лу переосмыслить опыт их отношений в истории близости героев повествования Куно и Маргариты.
Паулю действительно повезло значительно меньше: не только Ницше негативно оценил его книгу. Он пытался защитить свой текст в качестве диссертации и получил единогласный отказ.
Утраченные надежды привели к тому, что он решил расстаться с философией и в 1885 году начал изучать медицину. В 1886 году Лу и Пауль начали жить раздельно, поскольку, занявшись лечебной практикой, Пауль был вынужден каждое утро анатомировать и с этой целью снял себе маленькую комнатку возле университета. Возможно, для ликвидации совместного жилища были и другие причины, но об этом ни один из двоих сведений не оставил.
После успешного завершения своего обучения в Мюнхене Пауль поселился в Штиббе, в Западной Пруссии, в имении своего брата. Здесь он служил врачом, следя за здоровьем работников, трудившихся на ферме в поместье.
Став врачом, он вёл себя как последовательный поборник идеи равенства людей: помогал бедным, слабым, тем, кто не мог платить за лечение. Пауль лечил бедных со всей округи, часто за собственные деньги отправлял их в госпиталь в Берлин или Бреслау.
В конце жизни он поселился в деревне Селерина в Швейцарии, в том самом доме, в котором пятнадцать лет назад жил вместе с Лу. В глазах бедняков, которых он лечил бесплатно, он был почти святым. Некоторые считали его священником, избравшим особую форму богослужения — творить добро среди бедных. Таков был парадоксальный вираж судьбы человека, писавшего книги, наполненные вольтерьянским духом и повествующие о земных корнях всяческих религий.
Он жил на мизерную лепту благодарности своих больных и, казалось, в большем не нуждался.
Любил горные прогулки и во время одной из них, 28 сентября 1901 года, поскользнулся на скале и насмерть разбился, упав в реку Инн.
Была ли это трагическая случайность? Исследователи не исключают версии о самоубийстве. Это страшное подозрение не давало покоя и Лу. Получив известие о смерти Рэ, она написала своей подруге Фриде фон Бюлов:
Похороны «святого врача» в Селерине походили скорее на некое траурное религиозное паломничество. Пришедшие проститься воздавали ему поистине королевские почести.
Ницшеведы недоумевают, почему самым значимым человеком в своей жизни Лу Саломе всегда называла Пауля Рэ. Именно его утрату она считала самой болезненной в своей жизни, а пять прожитых с ним лет самым полным воплощением своей мечты.