Своеобразна сама техника кладки стен из плит, установленных «на иконку» с грубо отколотыми краями. Новгородские мастера в середине XVI в. эту технику не употребляли. В Москве она вообще неизвестна. Она присутствует в стенах Ивангородской крепости раннего строительного периода, возведенных на полстолетия ранее церкви в Каменных Полянах. Строительное своеобразие последней, по мнению петербургского историка О. А. Прудникова, могло быть вызвано следующим обстоятельством. «В XVII веке в Тесовской волости производились разработки строительного материала, использовавшегося в Новгороде для мощения полов. Доставка плит в Новгород могла осуществляться только по Иваногородской дороге, на которой между Тесовым и Новгородом стояло село Поляны. Если допустить существование Тесовских разработок и в более раннее время, то окажется вполне возможным использование этого транзита строительных материалов для строительства Полянского храма». Исследователь подчеркивает: «Остается отдать должное древним каменщикам за их уникальную технику, позволившую предельно рационально использовать этот не предусмотренный для стенной кладки строительный материал».
Второй уникальной особенностью храма была изначальная двухглавость, не свойственная Новгородской традиции. О. А. Прудников связывает это с тем, что строительство храма велось под наблюдением архиепископа Пимена, который с 1552 г. занимал Новгородскую кафедру. Он был выходцем из Кирилло-Белозерского монастыря, «для архитектурного комплекса которого характерны именно двухглавые храмы». Вторая, малая глава Каменнополянского храма находилась в его юго-восточной части, над находящимся здесь приделом.
Прошло двадцать лет. Нет числа тем бедствиям, что вынесли за эти годы приграничные новгородские земли. Здесь и бешеный разгул опричнины, и опустошительные движения войск, и мор, и голод, и массовое бегство населения хоть в разбойники, хоть в партизаны, лишь бы уйти от гибельных тягот. Безлюдье стало участью многих сел и деревень, расположенных вдоль стратегических дорог. Не избежали этой участи и Каменные Поляны. В Писцовой книге 1582 г. отмечено, что здешняя каменная Предтеченская церковь «стоит без пения», то есть без церковных служб. Лишь через добрый десяток лет, к середине 1590-х гг., село стало принимать обустроенный вид, храмовые службы возобновились. В 1602 г. через Каменные Поляны проехал со свитой жених Ксении Годуновой, датский принц Ганс, вскоре умерший в Москве. Секретарь принца Ганса Аксель Гюльден-Стиерне, проезжая через Каменные Поляны, отметил: «Проехали мы мимо одного села, принадлежащего вместе со всем приходом патриарху» (А. А. Селин).
Следующее упоминание Каменнополянской церкви относится к 1613 г. в связи с ее освящением «после более чем вероятного разорения села в период Смутного времени» (О. А. Прудников).
На 1646 г. село числилось за новгородским митрополитом Афонием. К этому времени и позже не раз менялось посвящение ее приделов. В 1646 г. она имела придел во имя Свт. Иоанна, архиепископа Новгородского, к 1718 г. в ней находились каменный придел во имя Св. Духа и деревянный – Св. Климента, папы Римского.
В начале XVIII в. церковь с запада и юга была обстроена папертью. При храме имелась настенная звонница. К 1718 г. ее заменили деревянной колокольней, которая сгорела при пожаре 1827 г. Пожар стал поводом для крупномасштабной перестройки храма. Церковь дополнили тремя новыми (малыми) главами, растесали старые и пробили новые оконные проемы, оштукатурили фасады, срубив весь древний декор.
В 1830-е гг. устроили теплый храм в подцерковье и кирпичную паперть с колокольней. Трехъярусная колокольня существенно исказила древний облик храма, заслонив его главный вид. Также и вновь устроенное пятиглавие лишило храм его древней примечательности, каким было его двухглавое завершение.
Сведения второй половины XIX в. излагают краткую историю церкви: «Климентовского погоста в выставке и селе Полянах церковь Святого Пророка и Предтечи Иоанна, каменная, построена блаженныя памяти при митрополите Макарии Новгородском, которая церковь построена по повелению блаженныя и вечной славы достойныя памяти Государя царя и Великого князя Иоанна Васильевича всея России самодержца, которая и доныне стоит благополучно».
Стоит благополучно… Увы, но сегодня о состоянии этого памятника былинных времен так уже не скажешь.