Так, 7 декабря 1896 года, обращаясь к своему деду Кристиану IX с просьбой «отпустить» российского посла в Дании графа Муравьева в Петербург в связи с назначением его на должность министра иностранных дел, Николай II обронил: «Но я говорил с Мама́, и она не видит препятствий к этому». О влиянии «женской политики» в Петербурге (подразумевалось влияние Марии Федоровны) писал в феврале 1898 года французский посол в Копенгагене Поль Камбон в связи с выдвижением афинским правительством в 1897 году на пост генерал-губернатора Крита принца Георга (сына греческого короля Георга, брата Марии Федоровны). В первые годы царствования на Николая II оказывала влияние не только его мать, но и великие князья, и царский наставник К. П. Победоносцев. После смерти Александра III на имя Марии Федоровны продолжали регулярно поступать записки и отчеты губернаторов о состоянии дел в губерниях, о студенческих волнениях в высших учебных заведениях России в 1899–1901 годах. Все они хранятся в российских архивах.
В 1895 году в присутствии вдовствующей императрицы Марии Федоровны, императора Николая II и других членов императорской семьи в Петербурге состоялось торжественное открытие Русского музея императора Александра III, делу создания которого император и императрица отдали много лет. В Именном Высочайшем Указе императора Николая II от 13 октября 1895 года говорилось: «Незабвенный Родитель Наш, в мудрой заботливости о развитии и процветании отечественного искусства, предуказал необходимость образования в С.-Петербурге обширного музея, в коем были бы сосредоточены выдающиеся произведения русской живописи и ваяния. Таковому высокополезному намерению почившего Монарха не суждено было, однако, осуществиться при Его жизни. Ныне, отвечая душевной потребности неотложно исполнить означенную волю покойного Государя, признали Мы за благо учредить особое установление под названием „Русский Музей Императора Александра III“ с возложением заведования оным на одного из Членов Императорского Дома по Нашему избранию, с присвоением Ему звания Управляющего упомянутым Музеем…»
В 1896 году известный русский ювелир Карл Фаберже в память почившего императора Александра III создал прекрасное художественное творение — пасхальное яйцо под названием «Роза». Внутри яйца, покрытого синей эмалью и украшенного сапфирами и алмазами, находился «сюрприз» — шесть миниатюрных портретов Александра III. Это творение Фаберже предназначалось императрице Марии Федоровне.
Императрица-мать, находившаяся в пасхальные дни 1896 года на юге Франции у сына Георгия, получила этот подарок от Николая II. Восхищенная увиденным, она писала сыну:
«Мой милый, дорогой душка Ники! Христос воскресе!
С моими самыми хорошими пожеланиями со светлым праздником!
Я не могу найти слов, чтобы описать тебе, мой дорогой Ники, как тронута и взволнована я была, получив твое идеальное яйцо с прекрасными портретами дорогого любимого Папа́! Это такая красивая идея с нашими монограммами сверху, я благодарю тебя за это от всего сердца, я была тронута и счастлива, что ты мне сделал такой подарок, и я тронута больше, чем могу это выразить!»
Это великолепное творение Фаберже, а также и многие другие произведения искусства, принадлежавшие царской семье, бесследно исчезли из России в годы революции и Гражданской войны.
В 1898 году в Москве на Волхонке состоялась закладка Музея изящных искусств, который также получил имя императора Александра III. Душою создания музея был профессор Московского университета И. В. Цветаев. По его предложению музей и получил имя императора Александра III. И. В. Цветаев высоко ценил покойного и называл его «державным покровителем искусств и наук в нашем отечестве». «Русский народ, — писал он в одной из своих записок, посвященных памяти Александра III, — высоко и искренно чтит в нашем почившем Государе также и ту сторону Его нравственного характера, которую он вместе с церковью называл „благочестием“».