Как видно из ответа царя, влияние Марии Федоровны на него в это время имело уже свои пределы.
Как явствует из документов архива Марии Федоровны, в 1903 году она обращалась к министру внутренних дел Плеве с просьбой взять под свой контроль дело арестованных по распоряжению Бобрикова финских граждан — председателя Перносской общинной управы Мейнандера и коллежского асессора Сегерстроля, обвиненных «в противоправительственной деятельности» и доставленных в Петербург для водворения затем «под полицейский надзор в Новгородскую губернию».
Позже Мария Федоровна жаловалась князю Святополк-Мирскому, что ее сын не может критически подойти к выбору своих советников: «Эти свиньи вынуждают сына делать Бог знает что и говорят, что муж мой желал этого».
Видя тщетность своих попыток повлиять на Николая II в так называемом финляндском вопросе, Мария Федоровна выражала свое недовольство царским министрам. Так, в дневнике А. Н. Куропаткина от 26 декабря 1902 года читаем: «Сегодня был в Гатчине. Государыня императрица Мария Федоровна более 40 минут вела со мною разговор о финляндских делах. Горячилась и волновалась. Раза два выступали на глазах ее слезы… Оправдывался, сколько мог, но, кажется, прежнего расположения все еще возвратить не мог».
По свидетельству того же Куропаткина, Николай II жаловался ему на постоянное вмешательство Марии Федоровны, защищавшей финляндцев. Ежегодные визиты Николая II в Копенгаген, к деду Кристиану IX, становились реже. Одной из причин были разногласия, касающиеся финляндского вопроса.
30 июля 1904 года родился цесаревич Алексей, которого так долго ждали. Радостный отец записал в дневнике: «Незабвенный великий день для нас, в который так явно посетила нас милость Божья. У Аликс родился сын, которого при молитве нарекли Алексеем… Утром побывал как всегда у Мама́, затем принял доклад Коковцова и раненного при Вафангоу арт[иллерийского] офицера Клепикова… Дорогая Аликс чувствовала себя очень хорошо. Мама́ приехала в 2 часа и долго просидела со мною до первого свидания с новым внуком…»
Цесаревича крестили в Петергофском соборе Петра и Павла в присутствии многочисленной родни. «Кристиан (племянник Марии Федоровны, позже король Кристиан X. —
Однако уже в конце сентября произошло неприятное событие, взволновавшее царя и царицу. У маленького Алексея неожиданно началось кровотечение. Николай II в письме матери с тревогой сообщал: «Аликс и я были очень обеспокоены кровотечением у маленького Алексея, которое продолжалось с перерывами до вечера, из пуповины! Пришлось выписать Коровина и хирурга Федорова: около 7 часов наложили повязку. Маленький был удивительно спокоен и весел! Как тяжело переживать такие минуты беспокойства».
Шли месяцы, синяки и шишки, возникавшие у малыша в местах ушибов и быстро превращавшиеся в синеватые опухоли, подтвердили догадку врачей. Цесаревич был болен неизлечимой болезнью — гемофилией.
В один из дней маленький Алексей слег. Великая княгиня Ольга Александровна вспоминала: «Бедный малыш лежал в страшных мучениях, с темными кругами под глазами, весь скрюченный, со страшно распухшей ножкой. Доктора просто ничем не могли помочь. Они выглядели более напуганными, чем любой из нас, и все время перешептывались. Врачи не знали, что делать, проходил час за часом, и они потеряли всякую надежду. Время было позднее, и меня уговорили пойти к себе. Затем Аликс послала в Петербург за Распутиным. Он прибыл во дворец около полуночи или даже позднее… Рано утром Аликс позвала меня в комнату Алексея. Я просто не поверила своим глазам. Малыш был не просто жив, он был здоров. Он сидел в кроватке, лихорадка прошла, опухоли на ноге не было и в помине… Позднее я узнала от Аликс, что Распутин даже не дотронулся до ребенка, он просто стоял в ногах постели и просто молился».