Создание эффектных образов было не единственным инструментом правления Мюрата. Как и во Франции, опорой бонапартистского режима должно было стать масонство. До Французской революции в Италии к масонству относились более или менее терпимо. После того как Французская революция разнесла по всей Европе страх подрывной деятельности, масонство было запрещено и продолжало существовать в подполье. В наполеоновской же Италии, напротив, оно стало квазиофициальным. Вступив на южноитальянский престол в 1806 году, Жозеф Бонапарт был избран Великим мастером «Великого востока Неаполя», нового высшего собрания, связанного с аналогичными органами на севере Италии, который еще раньше оказался под контролем Франции. В 1808 году Мюрат завершил процесс интеграции масонства в монархию Наполеона, приняв высокие масонские должности Жозефа и установив во главе южных итальянских лож высокопоставленных правительственных чиновников. Великими мастерами побывали многие из сподвижников Мюрата.
Но в Неаполе наполеоновский вариант масонства не прижился. Уже в первую зиму своего правления Мюрат написал императору о том, что масонские ложи используются как места встреч заговорщиков. Масонские или квазимасонские тайные общества, противостоящие наполеоновскому правлению, в Италии существовали и раньше.
На оккупированном севере в конце 1790-х годов появились антифранцузские братства, такие как Lega Nera («Черная лига») и Raggi («Лучи»). После 1800 года к ним прибавились Adelfi (от древнегреческого «братья»); Guelfi (от названия средневекового политического союза); Spilla Nera («Черная булавка»); Decisi («Решительней»). Многие масоны возмущались вмешательством французского государства в их заветные ритуалы. Те, кого раздражала иноземная оккупация, в ложах могли бранить императора, не опасаясь за свою жизнь. Или же масонские ложи использовались как образцы для создания братств с политическим уклоном. Но в стране происходило и нечто более примечательное. Французы покорили и унизили народы итальянского полуострова, однако, таким образом, народы смогли объединиться под общим правлением и воспринять идеи Французской революции. В результате впервые в истории появилась возможность создания единой Италии. Агенты Мюрата в масонских кругах заметили признаки зарождения итальянского национального самосознания. Масоны были одними из первых, кто это почувствовал. Мюрат писал Наполеону: «Я повторяю вам, сир: их единственная мечта — объединение всей Италии».
При Мюрате мир масонства с самого начала почувствовал на себе действие разнонаправленных политических сил. Со временем силовое поле еще более усложнилось, поскольку самого Мюрата начало раздражать вмешательство Наполеона в дела его королевства. Он стремился к большей автономии.
24 июня 1811 года, в День святого Иоанна, Мюрат председательствовал на грандиозном масонском обеде для полутора тысяч братьев со всей страны. Примечательно, что праздник проходил рядом с великолепным монастырем Санти Апостоли — шедевром архитектуры барокко. Мюрат, боровшийся с религиозными орденами, недавно выгнал оттуда монахов-театинцев. Увы, его изображений в церемониальных масонских одеждах не сохранилось.
Среди масонов, в тот день увенчавших свой обед чашечкой кофе, мороженым и ликером розолио, были итальянцы, занимавшие важные посты в наполеоновской администрации и вооруженных силах, а значит, бывшие ядром мюратовского политического электората. Естественно, местные жители, работавшие на него, оказались в двусмысленном положении, ведь свою власть они получили из рук иноземных захватчиков. Тем не менее многие из них были сторонниками реформ и им нравилось, как благодаря новому режиму в южноитальянское общество внедрялись идеи Просвещения: уходили в прошлое феодальные привилегии дворянства и духовенства, церковные земли приватизировались, а управление страной доверялось молодым и энергичным людям. Французское правление дало многим братьям-масонам возможность модернизировать свою родину в соответствии с идеалами рационализма, которые они пестовали в ложах. Были даже те, кто надеялся, что именно государство Мюрата ляжет в основу единой демократической Италии. Некоторые итальянские чиновники Мюрата были бывшими членами антифранцузских тайных обществ севера. И они были готовы следовать за Мюратом, если бы он ослабил гнет Парижа и стал номинальным главой независимого королевства.
Осознание масштаба опасностей, таящихся в масонских ложах Южной Италии, придет только в роковом 1812 году. Этим летом великая армия Наполеона в составе 600 тысяч человек продвинулась в глубь России. Как всегда, Мюрат был рядом со своим императором. Однако уже к декабрю подавляющее большинство солдат умерло от холода и голода. Император, авторитет которого был катастрофически подорван, вернулся в Париж, оставив почти полностью уничтоженную армию Мюрату.