Давно ходят слухи, что Альберт Пайк якобы стоял во главе этой организации, хотя тому нет никаких доказательств. Однако нет сомнений в том, что Пайк был их идейным вдохновителем. В апреле 1868 года он деликатно сформулировал и выпустил редакционную статью о Клане для своей газеты Memphis Daily Appeal. Раскритиковав прессу северян за чрезмерное преувеличение проблемы Клана, Пайк объяснил, что Ку-клукс-клан изначально был основан с целью увеселения и подшучивания над слишком суеверными чернокожими. Он утверждал, что все «проделки» Клана так красочны и скандальны, что всерьез их воспринимать ни в коем случае нельзя. Пайк уверял, что все очевидно: следуя своей первоначальной задумке, организация ничего не добьется. Чтобы действия возымели эффект, Ку-клукс-клан должен был перейти на качественно новый уровень. Неискренность этих слов подкреплялась тем фактом, что Клан уже далеко отошел от так называемой первоначальной задумки. Их целями был политический террор, а вовсе не увеселение и подшучивание. Что же имел в виду Пайк, говоря о качественно новом уровне?
Пайк отвечает на этот вопрос. И ответом его стало осуждение все более невыносимых «притеснений» и «унижений», причиняемых Югу деятелями Бюро вольноотпущенников и «гадкими черными». Пайк заявил, что само присутствие чернокожих в числе свидетелей и присяжных есть не что иное, как кощунство и издевательство над правосудием: Бесправный народ Юга лишен всех гарантий Конституции… ничто, кроме тайного объединения, не сможет дать народу защиту собственности, жизни и свободы. Все усилия не для сумасбродства и бесчинств, но для взаимности, мира и законной самообороны. Если бы то было в наших силах… мы объединили бы всех белых людей на Юге, которые противятся негритянскому избирательному праву. Объединили бы в один великий орден Южного братства. В полноценную, активную и энергичную организацию, в которой немногие сосредоточили бы волю всех остальных. В организацию, само существование которой должно быть скрыто от всех, кроме ее членов.
Пайк буквально спал и видел, когда масонское или квазимасонское тайное общество устроит заговор, чтобы взять закон в свои руки и защитить интересы белых, лишив освобожденных рабов права голоса. Возможно, Ку-клукс-клан тогда не был организацией того уровня, на который рассчитывал Пайк. Однако громилы из Клана восприняли его статью как одобрение их действий, поэтому Пайк и прощал им все несоответствия.
После Гражданской войны масонство Принса Холла возобновило свои решительные попытки добиться признания со стороны белого масонства. Пайк в ответ лишь выражал презрение к самой идее членства чернокожих в масонском сообществе. В сентябре 1875 года он изложил свою позицию единомышленнику по Шотландскому уставу. Мотивируя отказ признавать черное масонство, Пайк не особо ссылался на исторические и юридические прецеденты, как то делал Макей. Пайк признавал ложу Принса Холла, как и любую другую масонскую организацию, созданную компетентной властью. Он также считал, что эта ложа имеет полное право основывать другие ложи. Тем не менее он настаивал на том, чтобы белые масоны действовали в соответствии с расовыми предубеждениями. Пайк напомнил, что имеет обязательства только перед белыми. «Если мне придется выбирать: принять ли мне чернокожих как братьев или уйти из масонства, я выберу второе. Я заинтересован в том, чтобы Древний и принятый Шотландский устав не был загрязнен проказой негритянского сообщества хотя бы в нашей стране», — заявлял он.
Между тем идеи доктора Альберта Макея также были в авангарде расистской мысли. Его должность давала ему, его родственникам и друзьям вполне рабочий механизм покровительства. Он стал назначать на должности только белых сотрудников, включая бывших солдат Конфедерации и тех, кто отказался присягать на верность республиканцам. В итоге возмущенная его предпочтениями при приеме на работу группа политиков, в которую входили и чернокожие, сняла Макея с должности.