Шишкин создавал великое множество этюдов. Так он не только изучал природу, но и оттачивал свое профессиональное мастерство. И. Н. Крамской писал: «…Шишкин нас просто изумляет своими познаниями, по два и по три этюда в день катает, да каких сложных… И когда он перед натурой… то точно в своей стихии, тут он смел и ловок, не задумывается: тут он все знает… это человек-школа…». В творческом наследии Шишкина много самых разнообразных этюдов. Одни напоминают законченную картину, другие передают лишь какую-то отдельную деталь, деревце или кустик.
В 1878 году художник написал свою знаменитую «Рожь» (Третьяковская галерея, Москва). Очень лаконичная по композиции — на полотне только величественные сосны, бледно-голубое небо и тяжелые золотые колосья — картина проникнута чувством любви к родной земле, в каждой ее детали сквозит восхищение вольными русскими просторами. И хотя на полотне нет человеческих фигур, чувствуется, что люди и их труд, воплощенный в бескрайних полях ржи, для художника такая же часть родины, как небо и деревья под ним.
Живописным гимном могучей и прекрасной русской природе стала картина «Дебри» (1881, Третьяковская галерея, Москва). Стеной стоят высокие ели, мох устилает землю толстым ковром. Деревья растут так густо, что сквозь них не видно света. Солнечные лучи не пробиваются на эту землю, где нет ни одной травинки и ни одного цветочка. Только маленькие сосенки робко тянутся ввысь. Наступит время, и они заменят своих старых собратьев. Жизнь природы бесконечна.
Темные лесные дебри на картинах Шишкина не пугают своей мрачностью. Этот лес благожелателен к людям. Стоит только войти в него, понять и полюбить — и он откроет человеку свои тайны. Нередко искусствоведы сравнивают шишкинские деревья с богатырями другого истинно русского художника — В. М. Васнецова.
Крамской, считавший, что Шишкин — «единственный человек, который знает пейзаж ученым образом», отвергал наличие в его картинах музыкальности. Думается, что знаменитый мастер был не прав: в творчестве Шишкина удивительным образом сочетаются эпичность и лиризм. Таково полотно, которому автор дал необычное название — «Среди долины ровныя…» (1883). Это первая строка из стихотворения А. Ф. Мерзлякова. На полотне — могучий дуб, одиноко стоящий посреди долины. В глубине пространства сверкает лента реки. Мир природы, такой реальный, словно призывает зрителя войти в него, прикоснуться к вечной и величественной красоте.
Поэтично и другое, более позднее, полотно, названное словами из стихотворения М. Ю. Лермонтова — «На севере диком…» (1891, Музей русского искусства, Киев). Пейзаж был написан в годы дружбы с А. И. Куинджи. А. Комарова, племянница Шишкина, вспоминала, что Куинджи принял участие в создании этого произведения: он поставил кисточкой с кадмием крошечную точку, ставшую горящим вдали огоньком. Одинокая сосна, занесенная снегом, возвышается на скалистом уступе. В ночной тьме скрыты далекие леса. Лишь снег серебрится в свете луны. Картина стала несколько неожиданной для творчества Шишкина. Резкие контрасты, преобладание в цветовой гамме оттенков синего говорят об увлечении новаторскими методами Куинджи. Но и в таком необычном для него произведении Шишкин сумел показать все свое мастерство. Графический вариант картины художник подарил Д. И. Менделееву. Великий ученый ценил подарок своего друга. При жизни Менделеева пейзаж всегда висел над столом в его кабинете.
Еще более лиричными и эмоциональными стали работы, написанные Шишкиным начиная с середины 1880-х годов. Одно из таких произведений — «Лесные дали» (1884, Третьяковская галерея, Москва). Это уже пейзаж настроения, настолько точно и проникновенно передает мастер свои душевные переживания, проявившиеся во время общения с природой.
Один из самых задушевных и лиричных пейзажей в творчестве Шишкина — этюд «Сосны, освещенные солнцем» (1886, Третьяковская галерея, Москва). Пятидесятичетырехлетний художник создал удивительно радостное произведение, свидетельствующее о его душевной молодости. Все пространство полотна пронизано солнечным светом. Изумительны краски, которыми написан пейзаж. Золотистые, нежно-зеленые и изумрудные пятна, напитанные солнцем, делают лес нарядным и свежим.
Свет играет огромную роль и в других произведениях этого времени. С его помощью художник лепит объемы, делает предметы весомыми и выразительными. Пронизанные яркими лучами солнца стволы деревьев на картине «Дубы» (1887, Русский музей, Санкт-Петербург) кажутся необыкновенно сильными и мощными. Увлекаясь светом, Шишкин ни разу не забыл о вещественности предметов. Погруженные в солнечную дымку деревья, травы, камни не теряют своей материальности. Для мастера по-прежнему важно строение каждого ствола, каждой веточки и травинки.