Следует отметить, что при получении предоплаты, медицинская организация должна выписать счет-фактуру и зарегистрировать ее в книге продаж (п. 18 Правила ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 г. № 914.). При этом счет-фактура должна быть составлена даже в том случае, если выручка поступила по не облагаемым НДС услугам. Согласно поди. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ счет-фактура составляется в любом случае, когда совершается признаваемая объектом налогообложения операция, а полученный аванс является объектом налогообложения (п. 2 ст. 153 НК РФ). При этом при составлении счета-фактуры по полученному авансу по не облагаемым НДС услугам необходимо сделать на ней отметку или штамп «Без налога» (п. 5 ст. 168 НК РФ).
В целях налогообложения прибыли порядок учета предоплаты зависит от принятого организацией метода признания доходов и расходов.
Если учетной политикой для целей налогообложения предусмотрено признание доходов и расходов методом начисления, то порядок учета предоплаты зависит от ее вида. Например, если медицинская организация полученную предоплату в бухгалтерском учете учла в составе доходов будущих периодов, то этот доход относится к нескольким отчетным периодам и в налоговом учете. В связи с этим полученную предоплату необходимо распределить между отчетными периодами. При этом порядок распределения определяется медицинской организацией самостоятельно (п. 2 ст. 271 НК РФ). С целью максимального сближения бухгалтерского и налогового учета полученную предоплату и в бухгалтерском и налоговом учете целесообразно распределять равномерно в течение срока оказания медицинских услуг, за которые внесена предоплата.