Археологические свидетельства, в основном, согласуются с нарративными. Небольшой и скромный город VI в. до Р.Х. уже в начале V в. до Р.Х. превратится в активный ремесленно-торговый центр с плановой застройкой, достаточно развитой строительной техникой, фортификациями, сакральными постройками, общественными сооружениями, зернохранилищами. Соперничество милетских переселенцев с развивающимся местным ремеслом, способствовало общему прогрессу и концентрации малых и средних поселков и городов — материковых и островных — вокруг Пантикапея. Процесс не был однозначным: периоды подъема сменялись периодами упадка; — мы уже кратко касались этого в связи со скифо-сарматскими перемещениями и их отголосками на Боспоре. Но в период расцвета площадь Пантикапея достигала 100 га, и в IV в. до Р.Х. все более четко город приобретал столичный облик. Основная его часть располагалась на склонах горы Митридат, опоясанных искусственными земляными террасами, на которых стояли дома, группировавшиеся по сторонам распланированных улиц, которые соединялись переулками — лестницами. Террасы поддерживались подпорными стенами. Торговая и политическая активность столицы обеспечивалась хорошей гаванью. Все это, вопреки отмеченным отдельным периодам упадка, поддерживало определенную стабильность развития города вплоть до III—IV веков, когда серия бурных политических событий (восстание Савмака, вторжение Диофанта, войны Митридата VI) и естественных катастроф (землетрясение 60-х годов I в. до Р.Х.) привели к значительным разрушениям и потребовали больших восстановительных работ, которым резко препятствовала общая нестабильность в регионе, приведшая к бесконтрольному базированию здесь разбойничьих (на суше) и пиратских (на море) групп самого разного рода-племени: готов, боранов, геркулес, карпов и пр. Противостоять им законные жители Пантикапея были не в силах. В конце IV в. город был разрушен гуннами, и место его было обозначено лишь небольшим поселком с остатками разрушенных фундаментальных построек бывшей столицы Боспорского царства и обширным некрополем, где группы скромных грунтовых погребений сочетались с отдельными курганами над монументальными каменными конструкциями III-IV вв. до Р.Х. и склепами с росписью начала н.э.
Археологические раскопки Пантикапея и его некрополей начались еще в первой половине XIX в., но касались, в основном, погребальных памятников. На городище лишь ограниченные участки вскрыты вне единого плана и при достаточно низкой методике. Исключение составляли лишь раскопки К.Е. Думберга на грани XIX и XX вв. к востоку от экспланадной улицы, где удалось раскопать значительные остатки монументальных построек III-II вв. до Р.Х. и найти первоклассные образцы украшавшей их цветной расписной штукатурки. По предположению В.Д. Блаватского, здесь в указанный период была одна из богатых частей города.
Таково было состояние исследования этого замечательного памятника к моменту нашего приезда в Керчь летом 1945 года. По мере наших сил, мы вместе с полностью обновленным коллективом музея старались навести хотя бы минимальный порядок в том хаосе, который был оставлен оккупантами и в самом музее, и за его пределами — на горе Митридат и в окрестностях Керчи.
Несколько слов о самом музее. Его организационная, ученая, охранная деятельность по отношению к древностям, как и богатство его коллекций, получили широкое признание с начала XX в., особенно при директоре В.В. Шкорпиле, злодейски убитом «счастливчиками» (грабителями древних погребений).