В последующие месяцы преимущество в войне, казалось, склонялось в пользу роялистов, но определенности еще не наступило. Боевые столкновения происходили, но незначительного масштаба и зачастую с неясным исходом, локальные победы одерживали обе стороны. Лучшими бойцами, естественно, оказывались те, кто сражался за свою землю, и никакое крупное сражение не изменило хода войны.
Войну вели уже по всей стране без серьезного общего плана и контроля. Например, роялистам пришлось брать Лидс, чтобы помочь графу Ньюкаслу, который затем мог бы оказать поддержку графу Дерби, испытывавшему затруднения в графстве Ланкашир. Войска короля осаждали Глостер, но армия лондонцев под командованием Эссекса освободила город. Роялисты делали успехи на севере, однако потеряли ключевой город Рединг. Кавалеры овладели Тонтоном, но парламентский флот отстоял Плимут. Почти во всех графствах разгорелись локальные конфликты. Жители одного городка могли предоставить отряд парламенту, а соседние поместья собирали войска для короля. Военные действия не координировались должным образом. Противоборствующие армии обычно атаковали друг друга, не сообразуясь с общим планом кампании. Никто не знал, что происходит на самом деле.
Лондон захлестнули страхи и слухи, в столицу стекались беженцы из разных районов военных действий. Весной 1643 года вокруг города начали возводить огромные оборонительные земляные укрепления, многие дома на окраинах снесли, чтобы обеспечить свободную линию стрельбы из двадцати восьми фортов, сооруженных вдоль вала. Его насыпали за рвом шириной 2,7 метра, высота укреплений в некоторых местах достигала 5,5 метра, окружность стены вокруг города составляла 17,7 километра. Большую ее часть за три месяца построили сами горожане. Венецианский посол полагал, что в этой работе участвовали 20 000 мужчин, женщин и детей. «Неистовые и усердные» люди, как описал их Джон Ивлин, проявляли такой энтузиазм, что работали даже по воскресеньям. Сегодня от этой великой стены Лондона не осталось и следа.
Город требовалось защищать и от внутреннего врага. Считалось, что треть населения по-прежнему поддерживает короля, а многие роялисты просочились в ряды правоохранительных отрядов. В начале июня был раскрыт роялистский заговор с целью захватить власть в городе и арестовать ведущих сторонников парламента: длинные языки некоторых из заговорщиков привели всех к задержанию и допросам. В городе был и еще один внутренний враг. Вышел приказ убрать Чипсайдский крест с того места, где он простоял 350 лет; все другие «папистские памятники» тоже подлежали сносу.
В мае 1643 года произошла небольшая стычка, получившая в ретроспективе серьезное значение. Оливер Кромвель с небольшим отрядом кавалеристов в 3,2 километра от Грэнтема натолкнулся на дивизию роялистов. Кромвель в два раза уступал неприятелю по численности, но немедленно подал сигнал к атаке. Стремительность и внезапность всегда оставались его излюбленными приемами ведения военных действий. Ряды роялистов расстроились, и они побежали с поля боя, или, как сформулировал сам Кромвель, «этой горсткой Господь пожелал решить исход дела». Маленький отряд «божьих» людей, вдохновляемых своим командиром, разбил более мощного противника.
В начале июля настало время навести порядок в духовном мире. В Вестминстере собралась ассамблея служителей церкви, чтобы произвести тщательную чистку основ вероисповедания и системы обрядов, религиозных порядков и общего управления. Делегатам предстояло разработать «руководство» вместо Книги общих молитв и составить «исповедание», которое должны будут разделить все люди. Это играло главную роль в недавно начавшемся гражданском противостоянии. Поначалу духовенство заседало в часовне Генриха VII, но, поскольку погода ухудшилась, ассамблея переместилась в относительный комфорт Иерусалимской палаты. Работа продолжалась пять лет, состоялось более 1000 заседаний с девяти часов утра до часу-двух пополудни.
Делегаты рыдали, постились и молились. Роберт Бейлли, один из присоединившихся позднее представителей Шотландии, описывал, что «после того, как доктор Твиссе начал с короткой молитвы, мистер Маршал очень истово молился целых два часа. После часовой проповеди мистера Эрроусмита спели псалом, потом мистер Вайнз около двух часов читал молитву; час проповедовал мистер Палмер, два часа мистер Симэн читал молитву, а затем псалом. После чего мистер Хендерсон провел с ними краткий приятный обмен мнениями о групповой исповеди и других видимых ошибках, которые следует исправить, а также о благоприятной возможности проповедовать против всех сект, в особенности против баптистов и антиномистов».