Небольшие группы роялистов часто собирались в определенных тавернах Лондона и провинциальных городов, где обсуждали заговоры против протектората. Однако там, где есть тайные организации, должны быть также осведомители и провокаторы. В феврале 1654 года в Лондоне в таверне «Корабль» на Олд-Бейли арестовали одиннадцать человек. В процессе следствия выяснилось, что влиятельная группа роялистов готовилась спровоцировать народное восстание. Организация называлась Общество запечатанного узла. Король в изгнании поддерживал постоянную тайную переписку со своими сторонниками и был особенно заинтересован в заговоре с целью убийства Кромвеля. Протектора должны были застрелить, когда он воскресным утром направится из Уайтхолла в Хэмптон-Корт.
Однако Кромвель создал очень эффективную секретную службу под командованием государственного секретаря Джона Тёрло, и детали заговора стали известны практически сразу, как только они были сформулированы. Получив предупреждение от шефа секретной службы, Кромвель в то утро отправился в Хэмптон-Корт по реке и избежал покушения. Вскоре после провала заговора власти провели облавы в тавернах и частных домах Лондона. В ходе этой операции арестовали 500 человек. Двух руководителей казнили, а остальных отправили в ссылку на Барбадос. Старого католического священника тоже схватили и казнили.
Однако преследования не отпугнули других заговорщиков, которые вскоре опять попытались организовать восстание. Кромвелю представили копию письма нового короля, в котором Карл советует своим приверженцам «обсудить с теми, кому вы осмелитесь довериться, и, если вы готовы, назначить время…». Теперь Кромвель всегда носил с собой оружие. Через несколько месяцев в результате несчастного случая во время верховой езды пистолет в кармане выстрелил, и рана уложила протектора в постель на три недели.
Теперь, в соответствии с «Орудием управления», наступило время для созыва парламента. 4 сентября 1654 года в Расписной палате Вестминстера Кромвель обратился к новому собранию. Он сидел в государственном кресле, члены ассамблеи – на скамьях вдоль стен. «Джентльмены, – говорил он им, – вы собрались здесь по случаю самого великого события в истории Англии». Три часа Кромвель говорил о различных проявлениях Божьего Провидения, его речь перетекала от мессианского воодушевления к толкованиям выдержек из Священного Писания. Это он созвал парламент, но его «призыв исходил от Бога». Он таким образом подтверждал вновь – но на собственный лад – божественное право королей. Он был над парламентом. Однако пришел к ним сегодня не как господин, а как слуга, такой же, как все. Пришло время для «исцеления и умиротворения».
Однако новый парламент был не то чтобы покладист. Несколько дней парламентарии вели дискуссии и так и не пришли к решению, следует ли им поддержать протекторат. 12 сентября перед ними закрыли двери зала заседаний и пригласили снова собраться в Расписной палате, где к ним желает обратиться протектор. Кромвель осудил парламентариев за пренебрежение к государственным интересам, которые они «так мало ценят и так сильно не уважают», и объявил, что не позволит продолжать заседания, пока они не примут присягу «установленной форме правления». Все члены парламента должны были согласиться с условием, что «избранные члены не будут иметь права изменять форму правления, которая теперь представлена одним человеком и парламентом». «Извините, – сказал он, – извините еще раз, и я мог бы извиняться до самой смерти за то, что появились основания для такого шага. Однако основания есть…»
Некоторые члены парламента выразили протест и отказались подписывать документ, но большинство либо согласилось, либо по крайней мере подчинилось. Кромвель по-прежнему не пытался руководить дебатами, однако его все больше раздражал характер парламентских дискуссий. Сообщалось, что он говорил в тот период: «Лучше бы я пас овец, чем имел дело с управлением людьми». Овцы, по крайней мере, подчиняются. Парламентарии решили ограничить власть протектора до права вето; они также постановили, что их решения выше по значению, чем постановления Государственного совета. Другими словами, они считали, что парламент должен по-прежнему оставаться верховной властью государства. Кромвель так не думал. Изо дня в день они обсуждали каждую статью «Орудия управления» с явным желанием заменить его на собственную конституцию. 3 января 1655 года они проголосовали за подтверждение ограничений веротерпимости; через два дня решили урезать денежное довольствие в армии, тем самым ударив по основному электорату Кромвеля. 20 января они начали обсуждать создание милиции, подконтрольной парламенту.