Однако далеко сбежать комиссарам не удалось. В море на траверзе острова Жилого их перехватили канонерские лодки Каспийской флотилии «Карс» и «Ардаган» и, угрожая открыть огонь, от имени Диктатуры Центрокаспия приказали вернуться в Баку. Комиссары отказались выполнять приказ, тогда канонерская лодка «Ардаган» открыла огонь, причем огонь вели, прежде всего, по пароходу «Иван Колесников», на борту которого находились члены Совнаркома и их семьи. После нескольких залпов среди красноармейцев и членов семей советских работников появились убитые и раненые. На пароходах началась паника.
Поняв, что уйти не удастся, большевики, как сказано в обвинительном заключении по их делу Бакинской следственной комиссии, «умышленно, с целью уничтожения, бросили в море оружие, патроны, снаряды и прочее». В итоге город остался практически безоружным перед лицом атакующих турок.
17 августа возвратившиеся в Баку руководители Бакинской коммуны были арестованы «…за попытку бегства без сдачи отчета о расходовании народных денег, вывоз военного имущества и измену». В тот же день был разоружен отряд Петрова, состоявший из матросов-балтийцев. Разоруженных матросов отправили в Астрахань, а самого Г. К. Петрова присоединили к арестованным.
К чести В. Ф. Полухина, он в Астрахань с другими комиссарами не убегал, а оставался в Баку. Впрочем, от ареста это его не спасло. По дороге в Баиловскую тюрьму В. Ф. Полухин сумел переслать в Морскую коллегию последнюю телеграмму: «Турки в 5 верстах. Совнарком сложил полномочия. Шаумян, Петров с отрядами и эшелонами арестованы. Объявлена диктатура в составе пяти. Ориентация английская…»
Местная ЧК произвела следствие и 11 сентября опубликовала постановление о предании арестованных военно-полевому суду. Отметим, что матросы-каспийцы за комиссаров не вступились. Более того, именно они и были инициаторами ареста беглецов. Наряду с другими бакинскими комиссарами были заключены в тюрьму В. Ф. Полухин и Э. А. Берг. То, что братва не забрала их с собой, говорит о том, что матросы больше не считали Полухина с Бергом своими, а относились к ним исключительно как к большевикам. Над арестованными беглецами было назначено расследование. 7 сентября расследование было закончено. Руководители Бакинской коммуны были обвинены в трусости и измене. Среди обвиненных значились и В. Ф. Полухин с Г. Н. Коргановым.
После занятия англичанами Баку, часть матросов с канонерской лодки «Карс», транспортов «Лейтенант Шмидт» и «Эммануил» выразила желание перебраться в Астрахань. Однако было уже поздно.
Проходившая в те дни Бакинская конференция фабрично-заводских комитетов констатировала: «Конференция выражает негодование бывшим комиссарам, которые не только сбежали со своих постов и оставили фронт в момент смертельной опасности для пролетариата и всего населения Баку, но попытались изменнически захватить необходимые для обороны орудия, военное снаряжение и съестные припасы. Конференция считает их предателями и врагами народа». Это значило, что уже не только матросы Каспийской флотилии, но и бакинский пролетариат отвернулся от предавших их комиссаров-большевиков.
Но суда над изменниками-комиссарами не последовало. 14 сентября 1918 года турецкие войска и отряды мусаватистов перешли в генеральное наступление. Англичане поспешили оставить Баку. Началась эвакуация города. Дни Диктатуры Центрокаспия были уже сочтены. В середине сентября, перед самым занятием Баку турецкими захватчиками, Диктатура Центрокаспия перестала существовать.
До арестованных большевиков теперь уже никому не было дела. Впоследствии бывший заместитель председателя Чрезвычайной следственной комиссии эсер Л. Далин утверждал, что никаких распоряжений относительно арестованных большевиков он не получал: «Участь заключенных большевиков, очевидно, была Диктатурой решена – оставить их на растерзание туркам и мусаватистам…»
После ряда переговоров с представителями Центрокаспия глава Диктатуры эсер А. Велунц разрешил комиссару коммуны А. И. Микояну вывезти арестованных из Баку. На пароход «Севан», якобы имевший пробольшевистскую команду, комиссары не успели. По другой версии, матросы «Севана» просто не стали ждать непопулярных комиссаров, а ушли в море раньше времени. Поэтому комиссары и примкнувшие к ним погрузились на пароход «Туркмен», предоставленный для эвакуации дашнакского партизанского отряда Т. Амирова.