С. Г. Шаумян и другие комиссары рассчитывали, что пароход доставит их в Астрахань, находившуюся тогда в руках большевиков. Но команда и судовой комитет неожиданно наотрез отказались следовать в Астрахань и направились в Красноводск. При этом все попытки В. Ф. Полухина и Э. А. Берга образумить коллег-матросов результата не имели. Ненависть к большевикам у матросов «Туркмена» оказалась больше, чем матросская солидарность. Красноводск в то время подчинялся ашхабадскому Закаспийскому временному правительству, которое состояло из эсеров во главе с машинистом паровоза Ф. А. Фунтиковым. По прибытии парохода «Туркмен» в Красноводск комиссарам Бакинского Совнаркома было предъявлено обвинение в сдаче Баку турецким войскам. И они были приговорены к смертной казни. 20 сентября 26 бакинских комиссаров расстреляли в глухой степи за Красноводском. В числе других были расстреляны и матросы-комиссары В. Ф. Полухин с Э. А. Бергом.
Историк М. А. Елизаров так оценивает трагедию бакинских комиссаров: «У англичан и сделавших на них ставку моряков-каспийцев было желание найти «козлов отпущения» за неудачу обороны города от турок. Это наложило отпечаток на то, что освобожденные перед эвакуацией большевистские руководители все-таки доставляются под влиянием сторонников Центрокаспия командой парохода «Туркмен» вместо Астрахани в Красноводск с эсеровской проанглийской властью, и вблизи него, как широко известно, вскоре расстреливаются «26 бакинских комиссаров» (среди них руководители балтийских матросов В. Ф. Полухин и Э. А. Берг). Причинам гибели «26» историки уделили немало внимания. Ими называется в основном стремление англичан и эсеров фактом расстрела «сжечь мосты» для возможности сближения Закаспийского правительства с Москвой. Следует обратить внимание, что такая возможность во многом создалась из-за потери бдительности бакинскими комиссарами, их идеализма по отношению к Центрокаспию, из-за недооценки ими смыкания левого и правого экстремизма в его деятельности. Таким образом, антибольшевистское восстание Каспийской флотилии летом 1918 года закончилось победой и его последствия соизмеримы с событиями 6–7 июля, Кронштадтом марта 1921 г. и др. решающими событиями гражданской войны. В дальнейшем матросов Каспийской флотилии ждала типичная судьба «третьей силы» в набиравшей обороты борьбе красных и белых».
В 30-е годы в беседе с главным редактором газеты «Правда» Д. Т. Шепиловым хорошо знакомый с обстоятельствами событий в Баку летом 1918 года И. В. Сталин так отозвался о комиссарах Бакинского Совнаркома: «Бакинские комиссары не заслуживают положительного отзыва. Их не надо афишировать. Они бросили власть, сдали ее врагу без боя. Сели на пароход и уехали… Мы их щадим. Мы их не критикуем. Почему? Они приняли мученическую смерть, были расстреляны англичанами. И мы щадим их память. Но они заслуживают суровой оценки. Они оказались плохими политиками. И когда пишется история, нужно говорить правду».
После ухода англичан началась подготовка к эвакуации и Каспийской флотилии. Узнав об этом, обезумевшее армянское население, боясь мести за мартовские события 1918 года, бросилось на суда. Создавшаяся паника и давка при посадке привела к гибели нескольких сотен людей. Когда в Баку вступили турки, там сразу же начались массовые погромы армянских кварталов. При этом их масштабы превзошли мартовские. Всего тогда погибло около 20 тысяч армян. Остававшихся еще в городе матросов погромы не коснулись. Более того, среди погромщиков попадались и одиночки-матросы. Что касается всей флотилии, то она, отправив пароходы с эвакуируемыми в Петровск, намеревалась повторить свой мартовский успех – артиллерийской стрельбой по городу не допустить возможных погромов русского населения. Но этот безумный шаг привел бы к обратному результату. К счастью, представители русской общественности города успели отговорить матросов.
Перед занятием города турками, по приказу Центрокаспия, часть кораблей и судов перешла в Астрахань и Петровск, часть судов так и осталась в Баку. В ноябре 1918 года, когда потерпевших поражение в Первой мировой войне турок в Баку снова сменили англичане, они перегнали корабли и суда бывшей Каспийской флотилии из Петровска в Баку и передали их проанглийскому правительству Азербайджана. 6 февраля 1919 года А. Г. Шляпников сообщил В. И. Ленину, что, по полученным им из Баку сведениям, рабочие бакинских предприятий и матросы с кораблей бывшей Каспийской флотилии настроены враждебно по отношению к английским оккупантам и что корабли и суда, на которых еще остались русские матросы, готовы перейти на сторону советской власти. А бакинские рабочие, при наступлении Красной армии, поднимут восстание. Но в реальности ничего этого так и не произошло.