Вдова погибшего Е. Н. Винда вспоминала о последних словах А. Г. Железнякова несколько по-иному: «Я стояла в дверях купе, где лежал Анатолий; несколько врачей стояли возле него и собирались начать осмотр. Анатолий опять полубессознательно сказал что-то по адресу машиниста. Раздался третий звонок. В это время под окном послышалось пение «Интернационала». Это пела проходившая мимо воинская часть. Анатолий неожиданно приподнялся на локтях и, глядя невидящими глазами куда-то вдаль, хриплым голосом, но внятно произнес: «Да здравствует революция, да здравствует Советская социалистическая Россия! И упал на подушку».
Современный историк и биограф А. Г. Железнякова С. Ромадин пишет так: «Потом «выяснилось», что первые слова в последнем монологе героя: «Бронепоезд не сдавать!», что вполне может означать – его застрелили еще до начала прорыва бронепоезда через Верховцево. Другим нравилось рассказывать, что только на базе сознание вернулось к пламенному революционеру и то на миг. Но бесстрашный героический борец за счастье народа все же успел крикнуть: «Да здравствует революция!». Не знаю кому как, но эволюция анархиста-разбышаки, а, в принципе, хорошего парня, под воздействием мудрых товарищей-большевиков, в высоко сознательного борца за советскую социалистическую государственность – умиляет. Не то, что Нестор Иванович несмышленый – социализм без Советов и партий, не говоря уж о большевиках!»
Что касается бронепоезда «Имени Худякова», то он ненадолго пережил своего командира. Прикрывая очередной отход к армии, бронепоезд снова оказался в окружении. На этот раз вести его на прорыв было уже некому. Поэтому команда взорвала бронепоезд и вышла из окружения пешком. Впоследствии вышедшие из окружения вооружили импровизированный бронепоезд, назвав его «Имени Железнякова». Новый бронепоезд воевал в бригаде хорошо знавшего погибшего – Г. И. Котовского.
Но, как оказалось, со смертью А. Г. Железнякова все обстояло не так просто. По воспоминаниям Е. Н. Винды, по заключению фельдшера, который первым осматривал рану Железнякова, выстрел был произведен с короткой дистанции, а найдена пуля была револьверной. Это значило, что А. Г. Железнякова, возможно, убил кто-то из своих.
Из воспоминаний Н. Улановской: «Я приехала в Николаев, когда Железнякова уже убили, а Алеша (муж Н. Улановской
Впрочем, прямо имя потенциального убийцы А. Г. Железнякова осторожная Н. Улановская так и не назвала. Однако известно, что после смерти А. Г. Железнякова команду бронепоезда возглавили матросы А. Романов и И. Просин. Впоследствии именно И. Просин и стал командиром бронепоезда «Имени Железнякова». Значит, если верить Н. Улановской, Железнякова убил именно И. Просин или же кто-то из двоих.
Анархист В. М. Волин в конце 30-х годов вспоминал: «Отправляясь из Петрограда на фронт, прощаясь со мной и зная, что, будучи анархистом, он (А. Г. Железняков
Современный историк и биограф А. Г. Железнякова С. Ромадин пишет: «Анализируя особенности устройства БПл и состав БЧ, осмелюсь предположить: выстрел Железнякову в спину был сделан прямо в БПл под грохот десятка одновременно работающих пулеметов и всецелой концентрации внимания экипажа на противнике, когда он начал подниматься в башню КНП или уже в ней находился. В последнем случае только половина торса располагается в башне, причем достаточно свободно, что бы стоящий рядом поднял револьвер и смог всадить пулю почти в упор выше нижнего среза цилиндра башни КНП. А там пусть разбираются, если захотят, куда во время отчаянного боя влетела пуля-дура в смотровую щель или в открытый люк. О том, что Железнякова убрали, многие догадывались сразу, но это просто не афишировали. Более того, имелся конкретный подозреваемый»…