Штаб дивизии был создан на основе штаба сводного десантного отряда Днепровской военной флотилии, прибывшего на Азовское море. Пехотные полки формировались из сводного десантного отряда Днепровской флотилии, отряда Красноводской морской базы, морского отряда имени Раскольникова и Нижегородского отряда моряков, а также 3-го Мариупольского флотского полуэкипажа. Черноморский кавалерийский полк создавался из эскадрона сводного десантного отряда Днепровской флотилии и сводного отряда управления формирования частей 1-й Конной армии, артиллерийский дивизион – на базе батареи сводного десантного отряда Днепровской флотилии, 1-й и 2-й морских батарей укрепленного района Азовского моря, а инженерные подразделения – из подрывной партии Азовской военной флотилии.
К концу августа в дивизию входили штаб, комендантская и музыкальная команды (77 человек), три морских пехотных полка – 1-й Днепровский (472 человека, 12 пулеметов; командир М. И. Кипперман, комиссар матрос А. Е. Шубин), 2-й Каспийский (793 человека, 15 пулеметов; командир матрос А. А. Грицай, комиссар матрос М. А. Набойченко, затем матрос А. А. Муравьев) и 3-й Черноморский (684 человека, 9 пулеметов, командир матрос М. А. Вавилов), а также Сводный кавалерийский отряд (364 человека, 9 пулеметов; командир К. И. Балод, комиссар матрос Э. А. Долгий), 1-й легкий артиллерийский дивизион в составе 1-й Черноморской, 1-й и 2-й Днепровских батарей (девять 76-мм орудий, 178 человек; командир Л. Ф. Михайличенко, комиссар матрос П. И. Ялинин), Служба связи (38 человек; начальник С. Д. Негрий, затем матрос С. М. Долинин) и саперная рота (136 человек, 1 пулемет; командир Э. И. Нейланд).
Вслед за 1-й Морской дивизией было решено формировать и 2-ю. Последняя должна была вобрать в себя тех матросов, которые по каким-то причинам не попали в 1-ю. Формирование 2-й Морской экспедиционной дивизии велось в Баку, куда стягивались старые кожановские отряды. 2-ю дивизию планировалось после сформирования бросить в самоубийственный десант на Крым. Однако 2-я дивизия так и не была сформирована: помешала ситуация на Юго-Западном фронте.
Возглавить 1-ю Морскую экспедиционную дивизию Троцкий поручил одному из своих любимцев – П. И. Смирнову. В историю флота П. И. Смирнов вошел как Смирнов-Светловский (Светловский – это литературный псевдоним). Новый комдив никогда на флоте не служил, не был он и кадровым военным. Смирнов принадлежал к плеяде молодых недоучившихся студентов, набранных Троцким в предоктябрьское время в качестве личной гвардии (к этой плеяде принадлежали друзья Смирнова – Раскольников, Рошаль и Жемчужников). Во время октябрьских событий 1917 года Смирнов был определен Троцким комиссаром одного из матросских отрядов, прибывших в столицу из Кронштадта, затем выпускал в Кронштадте газету, вместе с Троцким наводил порядок на Восточном фронте, даже некоторое время состоял в руководстве Волжской флотилией, но вскоре за некомпетентность был с этой должности убран. Зато вскоре отличился на должности председателя Ревтрибунала, а затем командовал Днепровской флотилией. И вот теперь, не имея ни малейшего опыта командования большими армейскими соединениями, Смирнов-Светловский был поставлен во главе Морской десантной дивизии. Впрочем, в задачи П. И. Смирнова не входила победа малой кровью. Наоборот, он должен был пролить ее как можно больше.
П. И. Смирнов активно участвовал в Октябрьской революции, был комиссаром одного из матросских отрядов, затем начальником штаба Кронштадтского сводного отряда моряков. В июле 1918 года П. И. Смирнов возглавил штаб формирующейся Волжской военной флотилии, а 17 апреля 1919 года стал командующим и комиссаром этой флотилии. В августе Смирнов стал уже командующим Днепровской военной флотилией. Под его руководством было осуществлено несколько операций против многочисленных банд, но реальных боевых действий с сильным противником флотилия не вела. За уничтожение банд П. И. Смирнов был награжден орденом Красного Знамени. В августе 1920 года П. И. Смирнов возглавил формирование 1-й Морской экспедиционной дивизии.
Из наиболее крупных матросских отрядов, первоначально влившихся в экспедиционную дивизию, следует отметить «особо действующий» отряд матроса В. Забелевича (более тысячи человек), переброшенный с Кубани. Немало было и небольших матросских отрядов, ранее воевавших на стороне Махно и других атаманов, то есть, по существу, самых настоящих банд. Впрочем, в матросской среде бандитское прошлое, как анархистское и левоэсеровское, не считалось большим прегрешением. Достаточно было рвануть на груди тельняшку и поклясться морской клятвой, чтобы получить полное прощение братвы.
К моменту формирования Морской дивизии обострилась обстановка на врангелевском фронте. В сентябре 1920 года войска Черного барона начали наступление с целью захвата Донбасса и северного побережья Азовского моря. Момент для взаимоуничтожения белогвардейцев и матросской массы был самый подходящий.